利用转录组测序析大豆矮小突变体中差异表达基因.pdfVIP

万方数据 Transcriptome Analysis of Differentially Expressed Genes by RNA-Seq in a Dwarf Soybean Mutant A Dissertation Submitted to Shihezi University In Partial Fulfillment of the Requirements for the Degree of Master of Natural Science By Zhang Feng (Genetics) Dissertation Supervisor: Prof. Huang Xian-zhong Prof. Tian Zhi-xi June, 2014 万方数据 万方数据 万方数据 万方数据 摘要 植株高度是农作物的一个重要农艺性状。在对小麦、玉米以及水稻等农作物的研究中发现，改 善植株高度、利用矮化基因进行遗传育种，对于农作物的产量提高起到了非常重要的作用。植物的 矮化性状具有非常复杂的分子机制。通过对植物矮化基因的研究表明，矮化基因主要可以分为2 类： 由单基因控制质量性状遗传和由多基因控制的数量性状遗传。植物激素方面，多数植物的矮化突变 与植物激素赤霉素（GA）以及油菜素甾醇类（BRs ）这两种激素密切相关，还有少数植物矮化突变 是与生长素（IAA）有关。 目的：以大豆矮小突变体和野生型为研究材料，通过RNA-Seq 技术分析大豆野生型和矮小突变体的 转录组差异，分析差异表达基因，探究大豆致矮机制。 方法：运用RNA-Seq 技术测序分析大豆野生型和突变体的转录组差异；运用半定量RT-PCR (semi-quantitative RT-PCR)和实时荧光定量PCR (quantitative Real-time RT-PCR, qRT-PCR)技术检测差 异表达基因的表达量；并通过功能注释和生物信息学分析推测可能导致矮小表型的差异表达基因。 结果：（1）通过对矮小突变体喷施GA ，可以部分恢复其野生表型。（2 ）运用RNA-Seq 技术测序分 3 析结果显示，共获得大约263 M reads 。在大豆矮小突变体的根中，共有408 个基因表达上调，256 个基因表达下调；在大豆矮小突变体的子叶中，共有 1438 个基因表达上调，1619 个基因表达下调。 在子叶和根中共有的 129 个差异表达基因，其中52 个基因为表达上调，77 个基因为表达下调。（3 ） 有多个与植物激素相关的基因差异表达，其中Glyma19g01590 与植物激素GA 调节有关，生物信息 学分析表明差异表达基因Glyma19g01590 的开放阅读框有594 bp，推测编码197 个氨基酸，该蛋白 具有GASA (Gibberellic Acid-Stimulated in Arabidopsis)保守区域，GASA 保守区域与GA 调节有关。 半定量RT-PCR 实验表明Glyma19g01590 在突变体中的表达水平明显高于野生型，qRT-PCR 实验表 明Glyma19g01590 在突变体的表达量大约是野生型的24 倍。 结论： RNA-Seq 技术测序分析结果表明在大豆矮小突变体的子叶和根中，共有 129 个差异表达基 因，其中52 个基因为表达上调，77 个基因为