鱼腥蓝细菌异形胞分化调控关键蛋白质的结构与调节机制研究.pdfVIP

摘 要 摘 要 蓝细菌，又称蓝绿藻，是一种可以进行光合作用的原核生物。一些蓝细菌， 如丝状蓝细菌鱼腥蓝细菌，还可以进行固氮作用。鱼腥蓝细菌生长在淡水环境中， 在营养丰盛的条件下，藻丝中细胞以营养细胞形式存在。当环境中的化合态氮源 缺乏时，会沿藻丝以每 10 个营养细胞为间隔分裂出可以进行固氮作用的异形细 胞，将氮气固定为化合态的氮源，并传输给临近的营养细胞，从而帮助整个藻丝 渡过氮源匮乏的时期。因此，鱼腥蓝细菌是作为研究细胞分化良好的模式生物。 2-酮戊二酸（2-oxogluatarate, 2-OG）, 来自高度保守的三羧酸循环途径，不 仅是一个关键的代谢产物，同时也在许多细菌、植物甚至高等动物中，作为一种 信号分子。在蓝细菌中，2-OG 被证明是蓝细菌氮源缺乏的信号分子。而全局转 录因子NtcA 与信号传导蛋白被认为是2-OG 的感应蛋白。NtcA 属于Crp-Fnr 转 录因子家族，其典型的成员是结合cAMP 的CAP 蛋白。我们解析了鱼腥蓝细菌 PCC 7120 中NtcA 的apo-form（1.90 Å）、结合2-OG（2.60 Å）和结合2-OG 的 不可代谢类似物—2,2-二氟代戊二酸（2.40 Å）的三个结构。三个结构都是同源 二体的形式，每个亚基上有一个N 端的效应分子结合结构域和一个C 端的DNA 结合结构域，两个结构域之间由一个长的螺旋（C 螺旋）连接。2-OG 结合在效 应分子结合结构域的口袋中，这与CAP 蛋白的cAMP 结合位点相似，但是结合 的具体方式不同。通过结构比较分析可以推导出2-OG 结合引起NtcA 可能的信 号传递路径：2-OG 的结合导致C 螺旋之间形成更紧密的coiled-coil 构象，从而 使两个DNA 结合螺旋（F 螺旋）间的距离拉近以更适合DNA 识别。cAMP 的结 合使 CAP 蛋白的激活状态发生从无到有的改变，而我们解析的结构则解释了为 何NtcA 在apo 的状态也有DNA 的结合能力，而2-OG 的结合只是进一步提高这 一结合能力。这些结果为2-OG 调控的全局转录因子的功能提供了结构生物学的 依据。 PII 是细菌、古细菌和植物中高度保守的信号传导蛋白。有一个大的柔性环 状结构（T-loop），通过发生共价修饰或者结合不同的效应分子采取不同的构象以 调节不同靶蛋白的功能。PipX 是最早在单细胞蓝细菌Synechococcus PCC 7942 中鉴定出的PII 的一种结合蛋白，仅存在于蓝细菌中，并且PipX 与NtcA 也存在 相互作用。PipX 与PII 和NtcA 的结合是受2-OG 浓度调节的，这使得PII 间接调 节了NtcA 的转录活性。我们解析了PII–PipX 复合物 1.90 Å 的结构。PII 同源三体 通过三个T-loop 与三个PipX 结合。PII 与之前报导的Synechococcus 中的同源结 构类似，由反向平行四个 β折叠片的核心结构和侧面两个 α螺旋组成。PipX 则 I 摘 要 是一个新的结构，由五个扭曲的反向平行 β折叠片和两个 α螺旋组成，这与 PII 的结构很相似。每个PII 亚基的T-loop 像天线一样从核心结构伸出，以氢键介导 与两个PipX 分子之间的结合。此外，PipX 的 β片与的PII 核心结构间的相互作 用也为复合物的形成提供了一部分帮助。结构比较分析结果显示，PipX 与2-OG 在上的结合位点是重合的，并且与蓝细菌中PII 的 14 个特征残基有交集。我们利 用该复合物中PipX 的结构与前面解析NtcA 结合2-OG 的结构模拟出NtcA–PipX 复合物的结构，模型显示PipX 利用相近的区域与PII 和NtcA 产生相互作用。这 些结果为PII 是如何通过PipX 在2-OG 的浓度依赖下调节NtcA 的活性提供了结 构生物学依据。 本文的工作围绕鱼腥蓝细菌异形细胞分化早期调控蛋白的结构进行研究，为 异形胞分化的调节机制提供了新的结构基础。 关键词：蓝细菌、异形细胞分化、变构机制、2-酮戊二酸、氮代谢、全局氮调