马铃薯基因组编码区域SSR位点的分布、特征和所编码蛋白功能分析.pdfVIP

分子植物育种，2015年，第 13卷，第 1期，第 171—177页 MolecularPlantBreeding，2015，Vo1．13，No．1，171—177 技术主题 TechnologyFeature 马铃薯基因组编码区域 SSR位点的分布、特征和所编码蛋白功能分析 孙亭亭 王大伟 陈乐 王卫峰 龚达平 陈雅琼 孙玉合 中国农业科学院烟草研究所，烟草行业烟草基因资源利用重点实验室，青岛，266100 通讯作者，yhsun@163．com 摘 要 在不同物种 中，微卫星(simplesequencerepeats，SSR)序列的数 目、类型及其分布情况有很大差异 。 本研究利用Perl语言开发用于探寻编码区SSR位点的程序，并用 SSRHunter软件验证，来分析马铃薯基因 组编码区中SSR位点的分布情况。结果显示：在马铃薯的562l8条编码区序列中，检索到2920条共含有 3512个 SSR位点的序列，其中2519条序列只含有一个 SSR位点(占86％)；含三核苷酸、六核苷酸重复单 元的SSR数 目最多，分别为 2358和 1075个，两者 占总数的98％，其他类型的重复单元 出现次数较少 ；构成 微卫星序列的不同重复单元有 603个；六个核苷酸的重复单元重复次数一般最少为三个，三核苷酸GAA重 复单元重复次数最高，为 193次。在 自然选择规律下，编码区中SSR序列长度趋向于密码子的整数倍。运用 Pfam数据库对含有SSR的编码序列进行功能分类，其中最多的是RPW8抗性蛋 白功能。可利用SSR序列的 特异性，筛选马铃薯不同物种的相关编码序列。 关键词 马铃薯，SSR，简单重复序列，基因编码区，生物信息学 CharacteristicsandDistributionofSSR LociintheCodingRegionofPotato GenomeandFunctionalAnalysisofTheirEncodingProteins SunTingting W angDawei ChenLe W angW eifeng GongDaping ChenYaqiong SunYuhe KeyLaboratoryofTobaccoGeneResources，InstituteofTobaccoSciences，ChineseAcademyofAgriculturalSciences，Qingdao，266101 Correspondingauthor，yhsun@163．corn DOI：10．13271~．mpb．013．000171 Abstract Theamount，typeanddistributionofsimplesequencerepeats(SSR)showgreatdifferencesindifferent species．Thisresearch usesPerllanguageto develop theprorgam using forexeploring SSR lociin encoding regionandsoftwareSSRHuntertoverify，thatistoanalysetheSSR locidistributioninpotatogenomeencoding area．Thefollowingresultshow：2920ofallthe56218potatocodingsequencesarefoundcarrying3512SSR lociintotalandamongofallofthesequencescarryingSSR loci，2519sequencescarryjustoneloci(That represent86％ ofallthesequencescarryingSSR loci)；SSR locicontainsTri-n·ucleotideorHexa-n·ucleotide repetitiveunitshavethelargestnumber，theamountofthem is2358，1075respectively，thatmeansthesum of them represent98％ ofalltheSSR loci，whiletheresttypeofrepetitiveunithavelessoccurrence；Thequantity ofthedifferentrepeatswhichmakeup SSR lociis603；Hexa—nucleotiderepetitiveunithasatleastthree repetitionsandTr