生物信息学及其在作物抗性基因研究中的应用.pdfVIP

植物抗病性 27l 生物信息学及其在作物抗性基因研究中的应用★ Bioinformaticsandits in of resistance cropper applicationsstudy 孙琳琳蒋继志 (河北大学生命科学学院， 保定071002) 摘要：生物信息学已成为整个生命科学发展的重要组成部分，是生命科学研究的前沿领域。本文介 绍了生物信息学研究对象、技术，数据库，研究现状等，并对生物信息学在农作物抗性研究中的应用进 行了综述。最后对生物信息学的发展前景展望作了展望。 关键词：生物信息学；数据库；农作物抗性 数学、信息学、计算机科学为主要手段，以计算机硬件、软件和网络为主要工具，对大量 原始数据进行存储、管理、注释、加工，使之成为具有明确生物意义的生物信息。只有通 过生物信息学的计算处理，才能从众多分散的生物学观测数据中获得对生命运行机制的详 细和系统的理解。 抗性是影响作物生长发育的重要因子，要真正有效地提高植物抗性，必须系统、综合、 高效的利用抗性基因。因此，需要详细地研究抗性基因的结构和性质，挖掘更多的抗性基 因，并使其得到更加合理、有效的利用；提高基囚的转化和利用效率，并使其得到合理的 表达和调控，减少对植物某些性状的影响。生物信息学在抗性基因研究及新抗性基因鉴定 的应用中发挥了重要的作用。 1国内外研究现状 国外一直非常重视生物信息学的发展，各种专业研究机构、生物科技公司、制药工业 ¨l。欧美西方等发达国家在生物信息方面已有了较长时间的积累。早在60年代，美国就建 I和Pauling早 ’基金资助：河北省自然科学基金资助项目(300081)，河北省生物工程重点学科资助项目． 第一作者：孙琳琳(1982一)，女，在读硕士，E-mail：SUn一2001com 通讯作者；蒋继志(1960--)，男，教授。博导。E-mail：jiangjizhi@yahoo．com 272 中国植物病理学会2006年学术会议论文集 在1962年就将序变异分析与其演化关系联系起来，开辟了分子演化的崭新研究领域；1964 、 在我国，生物信息学随着人类基因组研究的展开才刚起步，目前还处于初级阶段【2】， 但在一些领域已取得了一些成绩：中科院生物物理所的陈润生研究员在EST序列 (expressedsequencetags，EST)拼接方面以及在基因组分子进化方面，天津大学的张春 霆院士在DNA序列的几何学分析方面，北京大学的罗静初和顾孝诚教授在生物信息学网 站建设方面【31。北京大学于1997年3月成立了生物信息中心；中科院上海生命科学院也于 2000年3月成立了生物信息学中心，分别维护着国内两个水平较高的生物信息学网站。目 前生物信息学网站已有不少(表I)【41。我国生物信息学正在蓬勃发展。 表1我国常用生物信息学网站 2生物信息学的重要研究领域 2．1生物计算与分析 利用数学、信息科学的各种方法对生物数据进行分析处理和计算，获取生命过程的内 在联系和本质规律，是生物信息学的重要研究内型51。这将可以预测蛋白质结构，明确蛋 白质功能；对多个基因序列进行比对，找出其相似性；识别基因编码区和非编码区并进行 序列分析【6】。序列分析是生物信息学的一个重要任务。发现新序列后，必须应用序列数据 以及RAPID，PHAT和SPLAT算法。 2．2基因组学和蛋白质组学研究 基因组学和蛋白质组学的实质就是分析和解读核酸和蛋白质序列中所表达的结构与 功能的生物信息。这方面的研究已成为生物信息学的主要研究内容之一，同样，生物信息 学也成为基因组和蛋白质组研究中必不可少的工具，其作用主要表现在：基因组信息结构 的计算分析；模式生物全