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软件MOE和计算机辅助药物设计本科教学 　　摘要：该文分“商业软件与开源软件的比较”、“国际公认四大‘计算机辅助药物设计’商业软件的比较”和“软件MOE在计算机辅助药物设计本科教学中的作用”三部分，逐步论证了在《计算机辅助药物设计》本科教学中使用商业软件MOE的必要性。 　　关键词：分子操作环境 本科教学 软件 　　中图分类号：R914 文献标识码：A 文章编号：1007-9416(2011)07-0176-02 　　 　　“计算机辅助药物设计”是诞生于20世纪60年代，自20世纪80年代开始，得到迅速发展的一个新兴、前沿和综合的研究领域。其研究内容围绕药物研究的两个研究对象:受体和配体，可以分成:(1)虚拟小分子生成;(2)大分子结构预测;(3)定量构效关系;(4)药效团模型;(5)分子对接;(6)全新药物设计和;(7)动态模拟（分子动力学/随机动力学/蒙特卡洛）七大块[1]，涵盖了从基因、蛋白一直到药物的整个药物研发过程。尽管具有如此“广博”且“操作性强”的特点，国内已经有多个高校将《计算机辅助药物设计》课程列入了本科生培养计划，比如同济大学、上海交通大学均有多年开设该本科专业课程的经验。 　　《计算机辅助药物设计》课程教学效果的好与差跟多个因素有关，比如:与该课程在本科生整体培养计划中位置、该课程自身的培养计划（教案）、教学团队的搭配、教学模式、教学形式和教学条件等都有关系[2]。经多年的教学实践，在综合考察了下面三个因素，笔者所在的教学团队（同济大学生命科学与技术学院《计算机辅助药物设计》本科课程教学团队）最后选择了国际著名“计算机辅助药物设计”套装软件MOE（Molecular Operating Environment）[3]用于辅助该课程的教学[4]。 　　1、商业软件vs开源软件 　　很多人都把开源软件和免费软件混为一谈，为此在继续下面讨论前，有必要对这三个名词的定义作一比较: 　　(1)免费软件泛指一切不用金钱买回来的电脑软件。开发者一般是因兴趣或以分享性质而发放[5]。 　　(2)开源软件是一种源代码可以任意获取的计算机软件，这种软件的版权持有人在软件协议的规定之下保留一部分权利并允许用户学习、修改、增进提高这款软件的质量[5]。 　　(3)商业软件是在计算机软件中，指被作为商品进行交易的软件[5]。 　　由以上定义，可以看出:开源软件强调的是指在推出软件的同时，附上该软件的源代码，通过授权允许用户可以更改/自由再散布/衍生该软件，很明显，开源软件并不拒绝商业收费;而免费软件强调仅仅是将软件免费提供给用户使用，并不保证软件的源码公开，更谈不上可供用户修改等权利;因此，免费软件不一定是开源软件，而开源软件也可以是商业化的。 　　可能是不同领域用户的需求不一样，导致了软件的发布形式不同。在公共服务领域，一般只存在商业软件和免费软件两种形式;而在学术领域，尤其是医药领域，则主要存在商业软件和开源软件两种形式。事实上，“计算机辅助药物设计”的研究群体中，长期存在“商业软件拥护者”与“开源软件拥护者”两大阵营。结合“计算机辅助药物设计”所在领域自身的特点，与之相关的商业软件和开源软件分别具有如下优缺点: 　　(1)开源软件的优点:1)软件可免费获得;2)源代码开放，可进行二次开发。 　　(2)开源软件的缺点:1)用户要有一定的软件开发实力才可以更新开源软件;2)软件原作者不保障有时间及时更新或修改其软件;3)绝大部分开源软件功能不够全面，性能也不够稳定，有些开源软件甚至有一定的功能缺陷。 　　(3)商业软件的优点:1)软件定期更新时间有保障;2)售后服务好;3)产品比较成熟。 　　(4)商业软件的缺点:1)费用贵;2)二次开发受限，或者只能由软件企业来完成。 　　这样一来，在“计算辅助药物设计”各领域相关算法还不够成熟的上世纪末期，即使是商业软件，其功能也显得十分的薄弱，加上购置费用昂贵，导致“计算机辅助药物设计”领域的研究人员绝大部分都选择使用开源软件。那时候，开源软件的较为方便的“二次开发”和“免费”特点得到充分体现。 　　步入21世纪以后，经过大批杰出学术和企业的研究人员的多年不懈努力，“计算机辅助药物设计”中的大部分算法已趋于成熟，再加上同类产品因相互竞争而大幅降价后，商业软件与开源软件相比，已经明显处于优势。这时候，无论是企业用户还是学术用户均不再为了节省费用，而放弃购买商业软件。凭借着商业软件的功能全面，算法较新且性能稳定等优势，用户们可以不再关心软件本身，而将注意力完全集中到其所研究的工作当中，这一点在竞争如此凶猛的现今显得尤为重要。 　　很明显，在《计算机辅助药物设计》本科教学中，使用性能稳定和功能全面的商业软件是更好的选择，尽管在教学当中，完全抛开开源软件的