细菌化学趋向性受体聚集体的相互作用-物理化学学报-北京大学.PDF

物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) July Acta Phys. -Chim. Sin. 2014, 30 (7), 1347-1353 1347 [Article] doi: 10.3866/PKU.WHXB201404301 细菌化学趋向性受体聚集体的相互作用 余大启1,2 涂豫海2,3 来鲁华1,2,* 1 2 ( 北京大学化学与分子工程学院, 分子动态与稳态国家重点实验室, 北京分子科学国家实验室, 北京100871; 北京大学定量 生物学中心, 北京100871; 3IBM T.J. Watson Research Center, Yorktown Heights, NY 10598, USA) 摘要: 细菌化学趋向性受体的最小结构单元为二聚体, 在细胞膜上这些二聚体会聚集成大团簇. X射线晶体结 构和低分辨电镜结构测定表明, 这些团簇有两类不同的形式, 一种是在晶体结构中观察到的倒金字塔式二聚体 的三聚体重复形成的聚集, 另一种为由二聚体尾部相互盘绕形成的拉链状聚集. 有关拉链状聚集的详细分子模 型目前尚不清楚. 本文使用蛋白质-蛋白质对接的方法研究了大肠杆菌丝氨酸化学趋向性受体Tsr 二聚体之间 的相互作用. 分子对接计算表明, 倒金字塔式聚集和拉链状聚集的基本复合物都是可以出现的, 相应复合物的 分子动力学模拟表明这些结构都具有一定的稳定性. 对于所获得的拉链状聚集体的基本复合物结构模型进行 了详细的二聚体作用界面分析, 发现二聚体间主要通过静电和疏水作用形成复合物, 其中Arg388、Phe373 和 Ile377 是形成拉链状聚集的关键作用残基. 所建立的Tsr 拉链状聚集的结构模型有助于揭示细菌化学趋向性受 体在细胞膜上聚集的分子机制, 为进一步的聚集理论及模拟研究提供了基础. 关键词: 化学趋向性受体; 聚集体; 分子相互作用; 蛋白质-蛋白质对接; 分子动力学模拟 中图分类号: O641.3 Molecular Interactions of Bacterial Chemoreceptor Assemblies YU Da-Qi1,2 TU Yu-Hai2,3 LAI Lu-Hua1,2,* 1 ( Beijing National Laboratory for Molecular Sciences, State Key Laboratory for Structural Chemistry of Unstable and Stable Species, College of Chemistry and Molecular Engineering, Peking University, Beijing 100871, P. R. China; 2 Center for Quantitative Biology, Peking University, Beijing 100871, P. R. China; 3IBM T.J. Watson Resear