肺炎链球菌中HtrA和PpmA的结构研究-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

中国科学技术大学学位论文原创性声明 本人声明所呈交的学位论文,是本人在导师指导下进行研究工作所取得的 成果。除已特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含任何他人已经发表或 撰写过的研究成果。与我一同工作的同志对本研究所做的贡献均已在论文中作 了明确的说明。 作者签名： 签字日期： 中国科学技术大学学位论文授权使用声明 作为申请学位的条件之一，学位论文著作权拥有者授权中国科学技术大学 拥有学位论文的部分使用权，即：学校有权按有关规定向国家有关部门或机构 送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以将学位论文编入《中 国学位论文全文数据库》等有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描 等复制手段保存、汇编学位论文。本人提交的电子文档的内容和纸质论文的内 容相一致。 保密的学位论文在解密后也遵守此规定。 □公开 □保密（ 年） 作者签名： 导师签名： 签字日期： 签字日期： 第一章 第一章 肺炎链球菌中温度依赖的蛋白酶 A 的结构研究 PAGE PAGE 1 第一章 肺炎链球菌中温度依赖的蛋白酶 A 的结构研究 1.1 引言 1.1.1 概述 蛋白质在细胞内被合成之后就会遭受许多不同的环境压力，包括高温，化 学，病原体或是免疫系统活动，所有的这些环境变换都会导致蛋白质的损伤。 损伤后的蛋白质在一般而言会导致在细胞内的大量积累和聚集，从而导致它们 正常的三维结构的丢失，最终导致蛋白质活性丧失。这种情况下，适当的及时 清除这些损伤无活性的蛋白质，或者是帮助其回到有功能的活性状态对于保证 细胞的生存能力起重要必不可少的作用。这种蛋白质质量控制体系对于所有的 生 物 组 织 的 生 存 都 是 极 其 必 须 的 (Gottesman et al.1997; Wickner et al.1999)。 在细菌的细胞之中存在着许多的蛋白质复合物例如 ClpXP(AP), HslUV, Lon, 和 FtsH，它们参与了这个蛋白质的质量调控体系，主要以 ATP 依赖的方式降解 失活的蛋白质(Gottesman et al.2003)。这些 ATP 依赖的蛋白质复合物主要是 分为两个大的功能组件，一个是 ATP 酶组件，另一个是蛋白酶域组件。ATP 酶 组件由多亚基的 ATP 酶构成，参与捕捉，解折叠，和迁移底物蛋白到蛋白酶组 件。然而，与之不同的是，在格兰氏阴性菌的细胞周质间隙中发现了一种不依 赖 ATP 的蛋白酶，也就是 HtrA/DegP(Gottesman et al，2003)。 HtrA 蛋白质家族是丝氨酸蛋白酶家族中一类独一无二的蛋白酶。它以寡聚 蛋白的状态存在，这类蛋白酶家族的主要特征体现在结构上：包含一个催化的 功能域和一个或是几个 C 末端的 PDZ 功能域。PDZ 功能域参与了蛋白质与蛋白 质之间相互作用，它可以优先绑定到靶蛋白的 C 末端的 3 到 4 个氨基酸残基上。 近期信息学分析表明 HtrA 蛋白质家族是细胞生存所必需的一类核心蛋白酶，对 细胞的生存起必不可少的作用（Page et al，2008）。 1.1.2 温度依赖的蛋白酶 A 的已知结构和可能的催化机制 HtrA 的同源蛋白已经在许多物种中被鉴定出来，包括格兰氏阴性菌，格兰 仕阳性菌，植物以及哺乳动物。尽管这些同源蛋白一般表现为蛋白酶的活性， 特别多为丝氨酸蛋白酶的活性，但是它们的生理功能和生物结构却相当的不同。 下文将具体举例解释近期在 HtrA 同源蛋白的结构和功能的研究进展。 DegP 是第一个被鉴定在细胞抵抗高温环境中起重要作用的 HtrA 蛋白家族 成员(Lipinska et al.1988; Strauch and Beckwith.1988)。随后，一大批 HtrA 同源蛋白在不同的生物组织中被发现。这些 HtrA 家族蛋白通常包含两个保守的 蛋白区，一个是胰凝乳蛋白酶类似蛋白酶区，另一个是 C 末端的 PDZ 区，其通 常有一个到几个 PDZ 结构组成。此外，某些 HtrA 家族蛋白还包含 N 端的其他的 特殊蛋白区，比如跨膜区或者是胰岛素生长因子结合区（IGFBP）。在大肠杆菌 中，有三个 HtrA 家族蛋白，分别是 DegP, DegQ,和 DegS(图 1.1A)。这三个蛋 白在蛋白酶区中存在高度的序列同源性。不同的是，DegP 和 DegQ 有两个 PDZ 区，而 DegS 只有一个 PDZ 区(图 1.1)。此外，许多存在于格兰仕阳性菌，蓝藻 以及哺乳动物中的 HtrA 同源蛋白也都仅有一个 PDZ 区 (图 1.1B)。 图 1.1 HtrA 蛋白家族成员信息学