SELDI蛋白质芯片技术在肿瘤蛋白质组学研究中的应.doc

PAGE PAGE 1 SELDI蛋白质芯片技术在肿瘤蛋白质组学研究中的应 摘要 　　20世纪90年代开始实施的人类基因组计划（HGP），揭示了大量的基因序列，在基因的物质结构和遗传学上以及疾病与基因的关联上取得了很大的进展[1]。随着基因计划的完成，生命科学已进入后基因时代，研究的重点已从揭示生命所有遗传信息转移到从整体水平上对生物功能的研究 张青云1　孙丽21北京大学临床肿瘤学院，北京肿瘤医院检验科北京市肿瘤防治研究所免疫研究室，北京100036，2锦州医学院生物化学与分子生物学教研室，锦州，121000　　20世纪90年代开始实施的人类基因组计划（HGP），揭示了大量的基因序列，在基因的物质结构和遗传学上以及疾病与基因的关联上取得了很大的进展[1]。随着基因计划的完成，生命科学已进入后基因时代，研究的重点已从揭示生命所有遗传信息转移到从整体水平上对生物功能的研究。而以生命功能的主要执行者和体现者－－蛋白质为研究对象的蛋白质组学（proteomics）就显得越来越重要了。其中肿瘤蛋白质组学是从细胞整体水平上认识在肿瘤的发生、发展过程中蛋白表达谱的变化。为了达到这个目的，就需要高通量、快速简便的技术平台支持。蛋白质芯片SELDI-TOFMS（SurfaceEnhancedLaserDesorptionandIonizationtime-of-flightmassspectroscopy　表面增强激光解析电离－飞行时间－质谱）是一种新的蛋白质组学研究技术，正具有这种优势，可有效的应用于此项研究。本文综述了近年来SELDI－TOFMS在肿瘤蛋白质组学方面的应用及进展。　　1肿瘤蛋白组学的概念和研究内容　　1994年澳大利亚的Wilkins[2]首先提出了蛋白质组（proteome）的概念：即基因组所表达的全部蛋白质。它有别于传统的单个基因或单个蛋白的研究模式，从机体或细胞的整体水平上来阐明生物体全部蛋白质的表达、修饰、结构功能和相互作用。因此产生了一个新的研究领域——蛋白质组学（protemics）。其中肿瘤蛋白质组学主要是比较分析肿瘤组织细胞与正常的组织细胞、肿瘤在不同发展时期的细胞内整体蛋白质的差异，获得肿瘤异质性的信息。肿瘤蛋白质组学研究的主要内容有：建立各种肿瘤的蛋白质组数据库、寻找肿瘤相关蛋白质、分析肿瘤相关蛋白质的结构和功能，鉴定出肿瘤标志物，进而为肿瘤诊断、治疗、预防以及发病机制的研究提供新的依据。　　2SELDI－TOFMS技术简介　　其主要有三部分组成：蛋白质芯片（ProteinChip）、芯片阅读器（proteinchipreader）和分析软件。　　蛋白质芯片是SELDI－TOFMS的核心技术。根据芯片表面修饰的不同可分为：化学表面芯片和生物表面芯片。化学表面芯片又可分为疏水（hydrophobicsurface，H4）、亲水（normalphase，NP）、弱阳离子交换（weakcationexchange，WCX）、强阴离子交换（stronganionexchange，SAX）、金属离子鳌合（immobilizedmetalaffinitycapture，IMAC）等。这些芯片可以根据蛋白质的化学特性如疏水或亲水性及所带电荷而选择性的捕获特异蛋白质。其优点是①直接用粗生物样品进行分析，如血清，尿，体液②少量样品，只需0.5－5ul，或2000个细胞即可检测③高通量，操作自动化④可发现低丰度，小分子量蛋白质，并能测定疏水蛋白质特别是膜蛋白质⑤灵敏度高⑥同时快速发现多个生物标记物⑦在同一系统中集分离，纯化，鉴定，检测和数据分析为一体，快捷方便。而生物表面芯片可分为抗原－抗体、受体－配体、DNA－蛋白质、酶等芯片。其原理是抗原、抗体结合或供体、受体结合从而分离某一特异蛋白质。它的特点是①特异性高（如利用单克隆抗体芯片，可鉴定未知抗原/蛋白质，以减少测定蛋白质序列的工作量）②可以定量（如利用单克隆抗体芯片，由于结合至芯片上的抗体是定量的，故可以测定抗原量，但一般飞行质谱不能用于定量分析）；③功能广（如利用单克隆抗体芯片不仅可替代WesternBlot，还可以弥补流式细胞仪不足的功能，如将细胞溶解，可测定细胞内的抗原，而且灵敏度和特异性远高于流式细胞仪）。　　芯片阅读器，就是激光解析电离飞行时间质谱仪。其通过激光脉冲辐射将样品转化为运动的气态离子并按质荷（M/Z）大小进行分离，根据不同质荷比在电场中飞行时间长短不一，从而绘制出一张质谱图。　　分析软件，是用来处理实验所得的数据。通过对已知数据进行差异性分析，从而发现有鉴别意义的峰值变化。　　3SELDI－TOFMS技术操作步骤　　首先，被分析的样品直接点样到芯片阵列进行反应，样品中的蛋白特异性结合到具有生化特性的“芯池”上进行反应。然后冲洗芯片，把未