生物信息学概论.pptx

生物信息学概论;9–16周 每周一 3-4节 1号楼C204 每周三 3-4节 1号楼C405 中文授课 Slides in English/Chinese 理论 + 实际操作演示 Reference books (Q811…);Biology (Biochemistry, Molecule Biology, Cell Biology) Computer Science Informatics Science Mathematics Physics Chemistry System Science … ;概论 DNA、RNA和蛋白质序列信息资源 序列比对与数据库检索 分子系统发生分析 基因组学与基因预测 蛋白质结构分析与预测 基因芯片和数据分析 Perl语言在生物信息学中的应用;培养具有学科交叉知识的复合型人才 为生物学工作者提供生物信息学工具的使用方法 为信息科学、计算机科学、数学领域工作者提供新的研究对象 为生物学工作者增加新的研究问题的思维方式与方法;考核办法;生物信息学是一门新兴的交叉学科。它是在计算机和网络大发展、各种生物数据库迅猛增长的形势下，研究如何组织实验数据、并从数据中提取生物学知识而发展起来的一门新学科。;NIH Definition of Bioinformatics: Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire, store, organize, archive, analyze, or visualize such data. NIH对生物信息学的定义： 为扩展对于生物、医学、行为或健康数据的使用，对于计算工具和方法的研究、开发和应用，包括获得、储存、管理、存档、分析或显现这些数据。;生物学的发展，使人们形成一个基本的共识：生命运动形态中的信息与支撑信息运动的物质（即生物大分子）的生化过程与物理作用对理解生命的本质是极其重要的，这里可能集中了生命的基本奥秘。;Bioinformatics可以帮助揭示(与生物大分子结构与功能、生化途径、疾病发生以及进化相关的）生物学问题所内含的基本机制。 生命的基本特征是以遗传作为维系纽带的个体发育与种群进化的世代递进。 支配和联接这些基本特征的要素则是遗传信息，它将漫长的进化过程完整地记录在DNA序列的信息文库之中，以后再通过信息中心法则在不同水平上调控与表达的交互作用中展开生命的历程。;(1) 海量的实验数据;(2) 人类社会面临的重大问题和挑战;(3) 复杂疾病对生物科学的挑战;(4) 简单的低层次系统-复杂生物系统;(4) 简单的低层次系统-复杂生物系统;(4) 简单的低层次系统-复杂生物系统;(5) 科学研究的方式发生变化;(5) 科学研究的方式发生变化;;从生物学来，到生物学去。 应用数学、物理学、信息学等多学科交叉知识研究生物的基础科学问题。;思考题;生物信息学自诞生之日起，计算机似乎就注定要成为其核心工具。 飞速发展的电子计算机技术仍然赶不上生物学科海量信息的快速积累的脚步，光计算机，量子计算机和生物计算机学科成为计算机技术新的发展方向。 互联网汇总着人类的文明，并成为人们生活的主题。 计算机几乎应用在所有学科上，尤其是研究生物大分子的分子生物学和以量化生物为目的的生物信息学。 计算机硬件 计算机网络 系统环境 数据库技术 计算机语言;CPU：体系架构、主频、摩尔定律、多线程、多核心… 内存：容量、运行频率、多通道… 显卡：运行频率、位宽、架构、功率… 内置存储（硬盘）：介质、容量、接口… 外置存储：软盘、光盘、优盘、蓝光光盘 ;国际互联网 域名系统（gov, edu, org, com…） TCP/IP协议 HTTP、FTP和BitTorrent Telnet和SSH Pop3、IMAP和SMTP;大型机，中型机，小型机和微机。 Server，Workstation，PC，Laptop，mobile UNIX操作系统以其稳定的计算环境和良好的多用户支持成为企业内部和研究所采用的平台； MacOS/iOS：早期的Macintosh机由于具有优良的图像支持能力的图形界面环境而广泛应用于图形计算等领域； Windows 95/98/NT/2000/XP/Vista/7/8：Microsoft的Windows操作系统成为PC上的主流操作系统； Linux：源代码开放的完全免费的UNIX兼容系统，在生物信息学分析已经显示出巨大的生命力，并成为发展的趋势。从事