第十章药物生物信息学课件.pptVIP

六、 dbEST 是 EST 数据库 网址是： /dbEST 七、 TRANSFAC 关于转录因子及其结合位点的数据库 网址为： http://transfac.gdf.de/Transfac 八、 TRRD 真核生物转录调控数据库 网址： www.bionet.nsc.ru/trrd 九、 COMPEL 此数据库收集了脊椎动物在转录调节区 的调节元件信息 网址： www.gene-regulation . 十、 CUTG 密码子使用频度表（ CUTG ），是通过 Genbank 中 DNA 序列统计出来的 网址： www.kazusa.or.jp/codon 第四节 蛋白质序列数据库 一、 SWISS-PROT 数据库 该数据库力图提供高水平的数据注释信 息，包括对蛋白质功能、结构域的结构、 蛋白质翻译后的修饰、突变体的描述。 其目标是提供禁垦恩更详尽的、很少冗 余的数据，而且数据库中的连接可以直 结链接到其它资源上 数据库的网址为： www.ebi.ac.uk/swissprot 。 二、 PIR 数据库 PIR 是国际上最大的公共蛋白质序列数据 库，是一个全面的、经过注释的、非冗 余的蛋白质序列数据库。所有的序列都 经过整理，超过 99 ％的序列已经按蛋白 质家族分类，一半以上还按蛋白质超家 族进行了分类 数据库网址为： 三、 PROSITE 数据库 收集了生物学有显著意义的蛋白质位点 和序列模式，并能根据这些位点和模式 快速可靠地鉴别一个未知功能蛋白的蛋 白序列应该属于哪一个蛋白家族 网址为： www.expasy.ch/prosite 四、 PRINTS 数据库 是建立在蛋白质指纹技术之上的数据库。 蛋白质序列指纹图谱是基于多序列的对 比结果，它有比对结果得到一系列相当 保守的序列模体构建而成，用来表示蛋 白质家族特征 数据库网址为： www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS 五、 TrEMBL 数据库 翻译的 EMBL ，是 1996 年创建并增补到 SWISSPROT 数据库中 序列是一些免疫球蛋白和 T 细胞受体、少 于 8 个氨基酸的碎片、合成的序列、具有 专利的序列和不能编码真正蛋白的密码 子 网址为： ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database/trembl 六、 NRL-3D 数据库 包含在 PIR 数据库中，从蛋白质结构数据 库 PDB 中提取出来的序列构成的数据库 库 网址为： /pir/nrl3d.html 第五节 蛋白质结构数据库 除了生物序列数据库外，生物大分子的 三维结构数据库是另一类重要的分子生 物学数据库 蛋白质空间结构数据库是随着 X 射线晶体 衍射分子结构测定技术出现而出现的数 据库 PDB 是一个重要的蛋白质结构数据库， 在蛋白质序列数据库诞生之前的 20 世纪 70 年代就已经问世 PDB 数据库网址为： /pdb 第六节 蛋白质结构分类数据库 PDB 数据库中虽然有几千套数据，但其 中许多突变体的结构，以及高度同源结 构，蛋白质折叠模式是有限的，最著名 的结构分类数据库是英国研究小组建立 的，分别是 SCOP 和 CATH SCCP ： http://scop.mrclmb.cam.ac.uk/scop . CATH: www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath 第五节 常用生物软件 一、 Primer Premier5.0 Primer Premier5.0 是由加拿大的 Premier 公司开发的专业用于 PCR 或测序 引物以及杂交探针的设计，评估的软件 可以进行引物设计窗口、酶切分析、基 元分析（ Motif ） 二、 DNAStar 可以进行 ORF 的寻找、酶切位点分析、 同源序列比对等分析 三、 Bandscan 是一款对蛋白质电泳条带进行定量分析 的软件 四、 Winplas 一款质粒作图软件 五、 Oligo6.0 引物和探针的设计，质粒作图 六、 VectorNTI 序列组装和质粒作图 第十章 药物生物信息学 第一节 药物生物信息学概论 一、概念 生物信息学随着人类基因组计划的全面 开展和深入而出现的一门新兴的学科 2004 年 2 月已经有 170 多个生物的基因组 被测定，核苷酸数目达到 200 亿 对这些数