基于网络药理学的椭圆叶花锚网络药理学的研究.docxVIP

基于网络药理学的椭圆叶花锚网络药理学的研究.docx

  1. 1、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。。
  2. 2、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载
  3. 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
  4. 4、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
  5. 5、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们
  6. 6、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
  7. 7、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
基于网络药理学的椭圆叶花锚网络药理学的研究 网络药理学是一门新兴的药理学分支学科。根据系统生物学和网络生物学的基本理论,通过使用相关数据库和算法进行深入挖掘、分析和总结,建立药物治疗对象和机制网络。由于它具有完整性和系统性,因此它特别适用于研究中藏药等药物的联合作用、靶点和作用方式复杂的药物作用机制。 1 仪器、仪器和仪器 Xevo G2-XS QTof液质联用仪(美国Waters公司);ACQUITY UPLC HSS T3(100×2.1 mm 1.8 μm)色谱柱(美国Waters公司);Secura513-1CN精密天平(德国赛利多斯);KQ3200DE型数控超声波清洗器(昆山舒美超声仪器有限公司);N1200BV-W小型浓缩系统(日本东京理化器械株式会社);Eyela CA-1115B冷却水循环装置(日本东京理化器械株式会社);Eyela FDU-2110冷冻干燥机(日本东京理化器械株式会社);Milli-Q超纯水仪(美国密理博),5810R台式高速冷冻离心机(德国艾本德)。 甲醇、乙腈、甲酸为质谱级(美国Fisher公司);氢氧化钠(ACS级)(美国Sigma公司);亮氨酸脑啡肽(StandardsKit for TOF G2-S)(美国Waters公司);蒸馏水(广州屈臣氏食品饮料有限公司);超纯水(Milli-Q超纯水仪制备);其它试剂均为分析纯。 2 方法 2.1 流动相a-1%苯甲酸乙腈溶液 椭圆叶花锚样品采集于青海地区,由青海师范大学曾阳教授鉴定为椭圆叶花锚( 色谱条件:Waters ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱(100 mm×2.1 mm,1.8 μm),体积流量0.3 mL/min,进样量1 μL,柱温40 ℃;流动相0.1%甲酸水溶液(A)-0.01%甲酸乙腈溶液(B);梯度洗脱条件:0~1 min,99%→90%A;1~10 min,90%→74%A;10~14 min,74%→34%A;14~16 min,34%→1%A;16~19 min,1%A;19~20 min,1%→99%A;20~23 min,99%A;。 质谱条件:电喷雾离子源正/负离子模式(ESI 利用UNIFI数据处理系统、Masslynx V4.1软件及文献比对,完成色谱峰对应化合物的定性分析,筛选确定椭圆叶花锚的化学成分。 2.2 chemrafta法提取sdf 通过Pubchem数据库(/)对鉴定的化合物检索查询Canonical SMILES号,未检索到的化合物利用ChemDraw将化合物结构式保存为SDF格式,将SDF格式文件导入OpenBabel获得Canonical SMILES号;将获得的Canonical SMILES号上传Swiss Target Prediction数据库(http://swisstargetprediction.ch/),点击Predict targets进行预测分析,输出化合物靶点信息 2.3 蛋白-蛋白相互作用 将“2.2”获取的潜在靶点导入String数据库(/),选择“Multiple protein”,物种选择“Homo Sapiens”,下载蛋白相互作用结果,导入Cytoscape 3.6.0软件,得到蛋白相互作用网络图。 2.4 go功能与kegg富集分析 将筛选出的椭圆叶花锚治疗肝炎的潜在靶点输入DAVID数据库(/)进行基因本体(Gene Ontology,GO)生物学过程分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,以 2.5 椭圆叶花锚化学成分-靶点-通路网络构建 利用Cytoscape 3.6.0软件构建椭圆叶花锚化学成分-靶点-通路网络图。其中,节点代表化学成分、靶点和信号通路,边用来连接化学成分、靶点和信号通路。 2.6 主要活性成分化学建模和数据对接 对筛选的椭圆叶花锚主要活性成分及核心靶点进行分子对接验证,并用治疗乙型肝炎药物Entecavir做对照分析。首先通过Chem 3D 19.0对主要活性成分化学结构进行优化,然后用AutoDock 4.2.6确定配体可旋转键等,之后从PDB数据库(/pdb)获得关键靶点的3D结构,运用PyMOL 2.3.4软件对蛋白质进行去水、去配体等操作,使用 AutoDock 4.2.6软件对关键靶点进行加氢和计算电荷等处理,最后利用AutoDock Vina 1.1.2软件进行对接,并用PyMOL 2.3.4软件对结果进行可视化处理。 3 结果 3.1 总离子流图 通过UPLC-Q-TOF-MS/MS技术分析得到椭圆叶花锚总离子流图,见图1。利用UNIFI数据处理系统、Masslynx V4.1软件及文献比对,完成色谱

文档评论(0)

182****8318 + 关注
实名认证
文档贡献者

该用户很懒,什么也没介绍

1亿VIP精品文档

相关文档