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基于ssr分子指纹和商品信息构建水稻品种身份证 推广水稻优良品种对确保中国的粮食安全，满足人们的多样化需求具有重要意义。然而, 随着水稻品种数目急剧增多和种质交流日趋频繁, 以及品种多家繁育、多元经营的既定格局, 种子市场中的“品种雷同”现象较为严重, “套牌”“冒牌”现象屡屡发生, 不仅给水稻品种选育、试验、质量和市场管理以及产权保护带来诸多困难和混乱, 更会给农业生产造成严重损失。因而, 亟需建立一套准确可靠、操作简便的品种区别和鉴定技术体系, 为水稻品种管理提供技术支撑。 随着DNA指纹鉴定技术的发展和日趋完善, 将DNA指纹 (特别是SSR指纹) 数字化, 构建农作物品种分子身份证, 使品种的区别、鉴定和对比更加方便直观。倪西源等 上述研究对水稻、油菜、大豆等农作物品种的资源评价、利用和保护等起到了重要作用。然而品种是育种工作的产物, 是农业生产资料, 具有商品属性, 单纯遗传学意义的分子身份证并不能完全反映一个品种包含的商品信息, 也难以区分近等基因系或代换系等。另外, 目前的SSR检测方法主要是PAGE电泳, 其条带大小依靠肉眼估测, 易出现误读, 而毛细管电泳可以得到扩增片段实际大小, 其结果更为精确、灵敏、高效, 非常适用于大批量品种的检测分析。因此, 本研究提出了一种新的水稻品种身份证构建策略, 即利用毛细管电泳SSR荧光标记分析, 获取水稻品种的指纹信息, 将指纹信息与水稻的商品信息等相结合, 构建水稻品种身份证, 为水稻种子质量的追溯和管理提供技术支撑。 1 材料和方法 1.1 水稻品种特性,由省 安徽省审定 (或主推) 水稻品种标准样品127份, 由安徽省种子管理站提供, 其中籼型三系杂交稻67 份, 籼型两系杂交稻22 份, 籼型常规稻19 份, 粳型三系杂交稻6 份, 粳型常规稻13 份, 样品种子及水稻品种的特征特性等资料, 由安徽省种子协会收集整理。 1.2 引用srr标记 用于水稻品种指纹分析的48 个SSR标记引物 1.3 提取和检测dna 水稻种子发苗1 周后 (三叶期) 取幼苗, 利用CTAB法提取单株水稻基因组DNA 1.4 pcr扩增产物的荧光检测 按文献[11]进行PCR扩增, 每样品扩增4 个单株, 反应总体积为10 μL。参照文献[12-13]进行扩增产物的荧光检测: 将PCR产物稀释40 倍, 在96 孔板的各孔中分别加入9.05 μL去离子甲酰胺、0.05 μL LIZ-500 分子量内标和1 μL稀释后的PCR产物, 95℃变性5 min, 于4℃放置10 min, 4000 转min 1.5 ssr扩增片段的精确分子b 用Data Collection软件收集原始数据, 用Genemapper软件分析收集的原始数据, 比较各峰值的位置与其泳道中的LIZ-500 分子量内标, 获得SSR扩增片段的精确分子量 (bp) 。 1.6 水稻品种身份证的构建 将水稻品种的DNA指纹信息编码, 再结合品种的基本商品信息及可能具有的特异基因信息, 构建127 份安徽省审定 (或主推) 水稻品种的身份证, 并利用在线条码生成器 (/barcodegenerator.aspx?LANG=zhcn) 和二维码生成软件Encoder2 以条码表述构建的水稻品种身份证。 2 结果与分析 2.1 ssr标签组合的确定 在前期研究 2.2 水稻ssr指纹编码 读取127 份水稻品种的12个SSR荧光标记的指纹数据, 并对指纹数据进行数字化编码。例如, 杂交水稻“皖稻185” (皖品 的SSR指纹编码如下, 12 个标记在“皖稻185”中的扩增产物, 经由毛细管电泳其直接读取的片段大小 (bp) 为81/81、153/161、180/180、132/134、70/74、119/125、157/157、158/158、137/139、136/143、93/100、113/113 (按标记所在染色体由小到大排序, 水稻为二倍体, SSR扩增只有1 条主带时, 须重复记录一次) , 转换成24 位的指纹码为3358 2278 3514 6666 4558 1322, 其中第1、2 位的“3、3”表示标记RM1 在‘皖稻185’中的扩增片段 (81/81 bp) 在其等位基因梯度 (多态性片段) 中排第3 位, 第3、第4 位的“5、8”表示标记RM6 的两个扩增片段 (153/161 bp) 在其等位基因梯度 (多态性片段) 中分别排第5 位和第8 位 (表1) , 其余20 位类推。 常规籼稻“早籼788” (皖稻2008001) 的SSR指纹编码如下, 12 个标记在“早籼788”中的扩增产物, 经由毛细管电泳其直接读取的片段大小 (bp) 为107/107、159/159、19