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黄麻应用核心种质的构建与鉴定 黄麻是世界上最重要的纤维纤维草本植物。黄麻属(Corchorus)有100多个种,在生产上有栽培价值的有圆果种黄麻(C.capsularis L.)和长果种黄麻(C.olitorius L.),两者皆为二倍体(2n=14)。其纤维具有产量高、纤维质地柔软的特点 核心种质(core germplasm)有利于提高种质资源的利用效率。不同研究者构建了多种作物的核心种质,如水稻 在众多的分子标记技术中,简单重复序列SSR(simple sequence repeat)具有多态性高、数量丰富、重复性好等特点,是一种比较理想的遗传标记 为鉴别核心种质或应用核心种质之间的差异,越来越多的研究者利用分子标记来构建DNA指纹图谱。目前指纹图谱的构建方法有聚丙烯酰胺凝胶电泳法 本研究从不同来源的黄麻种质资源遴选出应用核心种质,并通过SSR荧光标记毛细管电泳技术构建黄麻应用核心种质的DNA分子身份证,以促进黄麻种质资源的高效利用及快速分子鉴定,并为黄麻优异基因的挖掘奠定良好基础。 1 材料和方法 1.1 试验材料 从300份黄麻种质资源 1.2 福建桃源试验 依据《黄麻种质资源描述规范和数据标准》 该应用核心种质分别于2018年5月1日和2019年5月8日在福建省三明市尤溪县福建农林大学洋中科教基地农场(东经118°28′44′′,北纬26°17′22′′,海拔174 m),按2行区种植,行长3.5 m,行株距1.20m×0.10 m,采用单因素随机区组设计,边行种植2行保护行,田间管理同大田。 1.3 提取的dna 采用改良的CTAB法提取黄麻基因组DNA 1.4 sr索引 46对预选引物序列信息见附表1,所用的SSR引物包括编号Cc ID 参照徐益等 1.5 核心引物的筛选 从供试材料中随机选12份材料,通过PAGE银染法对备选的46对SSR核心引物进行初筛,每个引物进行3次重复,选取多态性高、重复性好的引物合成荧光引物。用PIC＿Calc 0.6软件计算多态性信息量(PIC)。 1.6 分子身份证编码 采用SSR荧光标记毛细管电泳技术,用获得的核心引物分析该应用核心种质,用3730XL测序列分析仪读取数据,获得SSR扩增片段的精确分子量,并进行数字+英文字母编码。将每对引物扩增所有样品的不同带型,按分子量从大到小用数字1～9依次表示,超出9的用英文字母A～Z依次表示,构建字符串形式的DNA分子身份证。将对应字符串导入在线条码生成器(/html/BCG code128b.php),生成可供扫描的条形码DNA分子身份证;将应用核心种质的基本信息、形态特征特性、品质数据、DNA分子身份证代码等文本信息输入在线二维码生成器(https://cli.im/),生成可扫描的二维码DNA分子身份证。 2 结果与分析 2.1 应用核心种质的构建 通过包含61份品种(系)的应用核心种质农艺性状精准鉴定,筛选出纤维产量高(包括高秆、茎粗、鲜皮厚、单株鲜皮重)、纤维品质好(包括高纤维素含量、低木质素含量、高纤维强度、高纤维支数)、抗逆(包括抗炭疽病、抗盐、抗旱、高发芽率、抗种子老化)、生育期适宜、适宜机械化(抗倒伏)等应用核心种质,加上6份骨干亲本,按特性可分为16个应用型,即16组(表1)。剔除不同组内同一种质,共61份品种(系)。 2.2 核心引物筛选 从该应用核心种质的61份品种(系)中随机挑选12份作为模板,采用9%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物。针对备选的46对SSR核心引物进行初筛,得到12对多态性高且条带清晰的引物,如表2所示。利用SSR荧光标记毛细管电泳技术及这12对核心引物扩增61份应用核心种质。共检测到140个多态性位点,等位位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.8223～0.9499。 2.3 核心种质dna分子身份证编码及编码组合 12对核心引物对该应用核心种质进行SSR荧光标记毛细管电泳,3730XL测序列分析仪读取分子量数据。图1为引物Cc ID071(FAM)荧光毛细管电泳检测到的19种特征带型,对应的片段大小分别为104/113、108/129、112/128、113、113/117、113/125、113/126、113/128、113/129、114、114/126、114/129、116/125、117、119/126、122、125、126、129 bp。图2为引物Cc SSR024(HEX)荧光毛细管电泳检测到的4种特征带型,对应的片段大小分别为196、197、199、200 bp。表3为各核心引物5uf0a2端标记的荧光基团、扩增得到的多态性条带总数、多态性片段大小及编码汇总。 利用毛细管电泳多态性片段及编码信息构建DNA分子身份证。对毛细管电泳结果按表3进行数字+英文字母编