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盐桥对细菌类蛋白耐热的影响 离子去除机制（iun）或salt桥是蛋白质结构中的一个静电作用。长期以来，它被认为是影响蛋白质稳定性的重要因素，在蛋白质的折叠、结构和功能方面发挥着重要作用。然而,盐桥对于蛋白质耐热性的贡献问题一直是人们讨论的焦点。 MAVES等进行组合突变试验研究了来自耐热菌Sulfolobus solfataricus的蛋白质CYP-119的耐热性。通过一系列的定点突变试验并与野生型CYP-119进行比较,在进行的13个定点突变中,大多数突变改变了分子表面的带电荷氨基酸残基,而这些氨基酸参与了盐桥的形成。他们发现突变后的蛋白质比野生型蛋白质稳定性差,认为盐桥对蛋白质稳定性没有提高作用。STROP 等研究了Pyrococcus furiosus红素氧化蛋白(PFRD-XC4)中2个表面盐桥对稳定性的贡献,发现一个盐桥有稳定蛋白质的作用,而另一个盐桥对蛋白质耐热性有负作用。 另外的观点认为盐桥是耐热蛋白质的主要稳定因素。MERZ等对Thermotoga maritima中的吲哚甘油磷酸合成酶(tIGPS)的2个盐桥进行了突变。一个盐桥连接着N端和蛋白质内核,另一个盐桥存在于螺旋结构之间,2种盐桥都能提高蛋白质耐热性。KAWAMURA等破坏了Bacillus stearothermophilis的DNA结合蛋白HU中的Glu34-Lys38盐桥,该蛋白质的耐热性降低,说明盐桥对这种蛋白质有稳定作用。 由此可知,盐桥对蛋白质耐热性的影响作用不能一概而论,应该对盐桥进行详细分类,研究盐桥数目和类型对蛋白质耐热性的作用。本文以NCBI (National Center for Biotechnology Information) COG ( Cluster of Orthologous Groups of Proteins)数据库中具有全基因组的单细胞微生物中三维结构已知的蛋白质为研究对象,细致地分析了古细菌和细菌的耐热性与盐桥的关系,并阐明了盐桥对古细菌和细菌耐热性作用的异同点。 1 材料和方法 1.1 蛋白质三维结构 在NCBI COG数据库中共有66个具有全基因组的单细胞微生物,然而并不是所有微生物的每个蛋白质序列都对应着三维结构。已知蛋白质三维结构的微生物有36种,挑选的微生物及其蛋白质所对应的PDB(Protein Data Bank)号参见文献,共有7种超高温古细菌(127个具有三维结构的蛋白质);2种高温古细菌(34个具有三维结构的蛋白质);1种超高温细菌(120个具有三维结构的蛋白质);25种常温细菌(258个具有三维结构的蛋白质)。 1.2 盐桥网络的模拟 带正电荷的氨基酸为Lys、Arg和His而带负电荷的氨基酸为Asp和Glu。当带相反电荷的2个原子之间的距离小于4A。4A。时,它们之间可能形成盐桥。而当3个以上带电残基侧链基团聚集一起时,被称为盐桥网络或离子对网络。首先通过ccp4-5.0.2 (Linux)计算蛋白质中每个原子与其他原子之间的相互作用;再用Perl编程分解出原子作用距离小于4A。4A。且为带电荷氨基酸的原子,根据带电荷氨基酸与其他带相反电荷氨基酸形成的盐桥数目 大于1时按1个计算的原则来统计盐桥数目。本文主要统计了盐桥总含量、盐桥网络占盐桥总数的比例、盐桥中带各种电荷氨基酸的比例、总带电荷氨基酸形成盐桥的比例以及各带电荷氨基酸形成盐桥的比例(这里的盐桥数目为某类蛋白质中每100个氨基酸残基所含有的盐桥数目)。 2 结果与讨论 2.1 盐桥的形成和盐桥、高温和高温蛋白质的关系 表1列出了所有与盐桥相关的参数值及其随蛋白质耐热性的变化趋势。 从表1可知:对于古细菌类微生物,超高温蛋白质中的总盐桥含量和盐桥网络的比例都高于高温蛋白质,但不是显著性变化。从盐桥中各带电荷氨基酸的比例来看,Arg的比例显著降低,Lys的比例显著升高,His的比例没有显著变化,Glu和Asp的比例也没有显著变化但变化比较大,1个升高,1个降低。这表明超高温蛋白质和高温蛋白质在形成盐桥时所使用的带电荷氨基酸具有倾向性。将所有的带电荷氨基酸看作一个整体,分析蛋白质链中的带电荷氨基酸有多少参与盐桥的形成(并非所有的带电荷氨基酸都可以形成盐桥),发现带电荷氨基酸形成盐桥的比例没有显著变化。而对于每个带电荷氨基酸形成盐桥的比例,Asp形成盐桥的比例有显著提高,因此在形成盐桥方面,超高温古细菌对Asp的利用率比较高。 对于细菌类微生物,总盐桥含量和盐桥网络的比例都有显著的升高,表明盐桥是耐热性的主要贡献者。从各带电荷氨基酸在盐桥中的比例看,Lys和Glu的比例显著升高,His和Asp的比例显著降低。因此在形成盐桥时,耐热蛋白质尽量采用带正电荷的Lys和带负电荷的Glu,而常温蛋白质尽量采用带正电荷的His和带负电荷的As