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细菌与真核生物中氨酰-rna合成酶的研究进展 蛋白质结构与功能关系是生物因素的基本问题之一。在细菌和真核生物的进化过程中，蛋白质的序列和结构会发生变化。随着这些变化，蛋白质的功能会发生不同程度的变化。然而,蛋白质结构与功能在其分子进化中的这种变化关系是非常复杂的,并非一成不变。研究表明,蛋白质往往是以结构域为单位而独立进行演化和执行功能的,但是,许多天然蛋白质是由多个结构域所组成,因此,在多结构域蛋白质中的各个结构域既可具有独立的功能,也可与其它结构域共同执行某种功能。通常,具有类似结构和功能的同源结构域具有类似的进化机制,而由同源的结构域组合而成的蛋白质往往被认为是由功能类似或相同的“祖先”分子演化而来。 氨酰-tRNA合成酶(aminoacyl-t RNA synthetase aa RS)是蛋白质合成过程中的一类重要蛋白,通常aa RS至少包含一个催化核心结构域(catalytic centra domain,CCD)和一个结合反密码子的结构域(anticodon-binding domain,ABD)(图1)。根据CCD结构的不同,存在于所有生命有机体中的20种常见aa RS被分为I类(aa RS-I)和II类(aa RS-II)(Martinis et al,1999)。此外,有的aa RS还具有结合Zn的结构域(Zn-domain)、插入结构域(insert domain)或校正结构域(editing domain)等。由于aaRS通常由多种不同的结构域构成,因此,各结构域的不同进化机制和模式导致了细菌和真核生物中aaRS进化的差异。目前,许多有关aaRS结构特点、作用机制及其进化规律的研究结果已被相继报道。本文通过综述细菌与真核生物aaRS基因进化机制与模式、氨酰化途径以及结构和功能进化方面的一些研究进展,就有关aaRS进化多样性的意义和目前研究所存在的问题进行了讨论,以期能对更进一步理解和认识蛋白质的结构、功能与进化之间的复杂关系有所启迪。 1 类lysrs的基因序列 通常认为,基因的复制、融合与交换(或基因水平转移)是改变基因组遗传信息的三种主要因素。在进化过程中,编码aaRS的基因同样经历了基因的复制、融合以及基因的转移等事件,这些事件在不同物种中甚至同一物种的不同aaRS之间频繁发生、交错进行,导致了细菌与真核生物中编码aaRS基因进化机制的差异。aaRS基因的转移主要体现为结构域之间的转移,例如,Ⅰ类LysRS(即LysRS-Ⅰ,存在于大多数古细菌及少数细菌中)与GluRS拥有由两个全α螺旋结构域组成的结构类似的ABD(图1A);而OB-fold类型的ABD(图1B)则存在于AsnRS、AspRS和Ⅱ类LysRS(即LysRS-Ⅱ,存在于大多数细菌及所有真核生物中)中;在Ⅱ类aa RS中,His RS、Thr RS、Pro RS以及古细菌和真核生物Gly RS也都具有一个类似α/β结构的ABD,位于CCD之后,而大多数细菌Gly RS的ABD仍未确定(Siatecka et al,1998)。基因复制导致了细菌和真核生物中具有不同催化专一性的aa RS的形成,如,真核生物中的Asn RS可能是由古细菌Asp RS基因复制的结果;而某些细菌的Gln RS则被认为是由真核生物Glu RS通过基因复制和水平基因转移而来(Woese et al,2000)。通常真核生物拥有两套起源不同的aa RS核基因(aar S),分别编码线粒体和细胞质aa RS,根据内共生理论,线粒体aa RS可能来源于α-蛋白菌,然而最近的研究表明,除了来源于α-蛋白菌之外,线粒体aa RS可能存在其它进化途径(Brindefalk et al,2007)。在古老的线粒体基因组中,aa RS的编码基因可能经历了基因丢失过程,少数aar S基因转移到了核内,而大多数则发生了丢失,其功能被古细菌起源的aar S基因所取代(Ribas de PouplanaSchimmel,2000)。例如,所有真核生物的Val RS都起源于细菌,但其线粒体中的valS基因很可能就是被古细菌的val S基因所取代(Hashimoto et al,1998)。与ValRS的进化模式不同,细胞质中的AlaRS是由真核生物线粒体中alaS基因进化而来的(Chihade et al,2000)。由于现今aaRS的编码基因是由其“祖先”基因通过多种进化方式交错而产生的,因此,如何从纷繁复杂的基因组信息中寻找能清晰解释这些进化事件的线索,仍是一个极具挑战性的课题。而通过分析细菌与真核生物中aaRS的进化事件,认识其基因的不同进化模式,对于理解aaRS结构与专一性将是非常有帮助的。 2 asnb基因 细菌和古细菌功能基因组的研究表明,并不是每一种生物中都需要全套的20种