元基因组学研究.pdfVIP

2023年第22卷第4期 元基因组学研究 □宫路路李洁 【内容摘要】人体肠道内定值着多种多样的微生物,这些微生物对人体健康影响很大 。研究发现,健康人群与患病人群在畅道微生 物群落组成上存在着差异性 。元基因组学研究的出现，为找出这些差异提供了可能 。元基因组学研究微生物群落结 构组成不需要将微生物个体分离出来，而是作为一个整体进行元基因组测序研究 。通过对元基因组测序数据分析，得 到微生物群落结构，为疾病诊断提供依据。 【关键词】肠道微生物;基因组学；疾病诊断 [基金项目】本文为科研项目 （编号：遵市科合HZ字 〔2019〕198号、遵市科合HZ字 〔2019]207号、遵市科合HZ字 〔2021] 229号） 研究成果。 【作者简介】宫路路 （1985-）,男，遵义医药高等专科学校副教授,硕士;研究方向:微生物与分子生物学 【通讯作者】李洁 （1988— ）,女，遵义医药高等专科学校副教授,硕士;研究方向:微生物、有机化学 —、引言 的腐败菌、其菌群也会失调”冏。原发性肝癌患者肠道内会 有学者提出，人是一种 “超级生物体” ，由人体自身细胞和 微生物多样性降低,物种丰度改变,肠道内菌群失衡,呈现特定 人体肠道内微生物细胞组成 。人体肠道内微生物细胞的基因 性差异⑴〕 。骨质疏松症患者肠道内菌群失调〔勿 。类风湿关 组被视为 “人的第2基因组” ，它们参与人体的营养、代谢和免 节炎患者口腔与肠道菌群某些代谢过程异常皿益生菌分泌 疫过程，是影响人体健康的重要因素⑷。 的大麻素影响宿主神经作用，干预宿主能量代谢冋，借助益生 人体肠道内微生物群落种类与数量会随着机体健康状况 菌可进行肥胖干预治疗〔勿等 。以上是患病人群体内微生物变 的变化而变化 。肠道内微生物与人体之间形成互利共生关系： 化，健康人群体内微生物群落也具有一定的参考价值 。Hiseni 人体为肠道内微生物提供生存环境 、营养，肠道微生物促进人 等对5, 700个健康人体肠道亚基因组进行研究,利用肠道元基 体消化、代谢、免疫⑵ 。肠道内微生物还与一些疾病密切相关, 因组数据重新构建基因组，创建健康人肠道原基因组集合皿〕， 如高血压⑶、动脉粥样硬化⑷、冠心病⑸；甚至常见的肥胖亦 为患病人群肠道微生物变化提供坐标参考。 可通过肠道微生物移植而 “传染”[6] O 三、肠道微生物用于疾病辅助诊断 人类肠道内部分微生物可通过微生物纯培养方法分离培 利用元基因组测序研究，构建肠道内微生物物质代谢通 养,然后利用分子生物学技术进行菌种鉴定 。通过分离菌株的 路，对照正常人群和患病人群肠道中微生物物质代谢变化,为 鉴定结果,可分析出微肠道生物的群落结构 。然而在进行微生 疾病诊断、治疗提供依据。 物培养时，有些微生物难以分离培养，或者已经死亡，造成了微 Liu等利用肠道微生物群宏基因组测序、非靶向代谢组学, 生物纯培养技术在群落结构分析上的局限性期；这样只对部 对402名绝经后早期中国妇女进行短链脂肪酸（SCFA）靶向代 分菌群进行分析，得出结果和结论也会有局限性呵。 谢组学和人类全基因组测序，发现肠道微生物群在宿主代谢活 元基因组，即某个环境中微生物群落的全部基因组，指生 动中起着重要作用时。 境中全部微小生物遗传物质总和,包含能够培养和不能够培养 Chu等对102名痛风患者和86名健康对照者的307份粪 微生物基因〔回，由Handelsman提出 。通过将某个环境中所包 便样本进行元基因组分析,发现肠道生态失调与宿主尿酸盐降 含所有微生物个体基因组作为一个整体，结合高通量测序 解和全身炎症失调有关，可作为痛风非侵入性诊断标志物。 技术对该基因组测序，从而比较全面地反映微生物群落结构信 Niccolai等测量了一组30种炎症细胞因子血清和粪便样 息，然后加以分析