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不同品种鸡fabp基因多态性分析
脂肪是影响肉质特性的重要因素之一。这是身体的主要成分之一。这是维持正常生活活动所必需的物质。它在维持动物的正常生理功能和生理代谢方面发挥着重要作用,因此需要充分的脂肪储备。鸡体内脂肪蓄积的主要部位是脂肪组织,一定含量的皮下脂肪使胴体外观较好;肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)被认为与肉质及口感呈正相关,会影响肉品的多汁性、嫩度及风味。在机体的脂肪代谢过程中,脂肪酸结合蛋白(Fatty Acid Binding Protein,FABP)起着重要的生理功能,参与细胞内脂肪酸的摄取,协助将脂肪酸运至进行β-氧化的场所,以及甘油三酯和磷脂的合成部位。FABP主要在对脂肪酸有高度需求的组织(如心肌、骨骼肌等)和脂肪细胞中表达,能在该类组织细胞中沉积甘油三酯,从而增加肌内脂肪。因此,把FABP基因作为影响鸡肉质性状的候选基因加以研究,旨在弄清不同鸡种FABP基因的遗传变异、基因型分布差异,继而以此为分子遗传标记进行辅助选择,为培育肉质细嫩、风味独特的优质鸡奠定基础。
1 材料和方法
1.1 白羽鸡血工酶样品
供试动物为湖北红鸡、金水乌鸡、武定鸡、青脚麻鸡、矮黄鸡及隐性白羽鸡6个品种,各60只,共360个血液样品,采自湖北省农科院畜牧兽医研究所家禽试验基地。0.2 mol·L-1EDTA抗凝,1 mL血液用0.1 mL EDTA轻轻混匀,制备全血样品。
1.2 k-l-1和sds-1的制备
基因组DNA的提取根据孟安明的方法,稍加调整,即取50μL鸡全血,加入450μL 1×SET溶液,8μL 25%SDS和15μL蛋白酶K(10 mg·mL-1,充分混匀后,50℃恒温摇动40 r·min-1)消化过夜。经酚仿抽提与乙醇沉淀,获得基因组DNA,干燥后加入50~100μL TE(pH8.0)于55℃培养箱中过夜,以使DNA充分溶解,将获得的DNA样品分成两份,一份于4℃备用,另一份于-20℃保存。
1.3 fabp基因第2内含子的扩增
在GeneBank上查到,在鸡脂肪cDNA文库中有一段523bp序列(BI067866)与猪、牛等哺乳动物FABP基因第2外显子和第3外显子碱基序列之间有数十个碱基相当保守,在此保守区设计引物用于扩增鸡FABP基因第2内含子,采用Primer3.0软件设计引物,由上海基康生物技术有限公司合成,引物序列为:上游引物5′-agcaccttcaagaacacagaga-3′,下游引物5′-gaccagcttgcctccatcta-3′,预计PCR扩增产物大小约2kb。
1.4 pcr反应体系
PCR反应程序为:95℃预变性5min,94℃变性30 s,62℃退火30 s,72℃延伸2 min,经34个循环,72℃延伸10 min。PCR反应体系:反应总体积为25μL,各组分浓度为d NTPs0.2 mmol·L-1,Mg2+1.5 mmol·L-1,上下游引物各0.5μmol·L-1,Taq酶2.5U,模板DNA1μL。扩增产物用0.8%琼脂糖凝胶电泳,凝胶成像系统检测,Marker(M1)用200bp DNA Ladder(华美生物工程公司)。
1.5 酶切反应及产物
选用HhaⅠ、HaeⅢ、HinfⅠ、Bam HⅠ、EcoRⅠ和PstⅠ6种限制性内切酶对鸡FABP基因第2内含子扩增产物进行单酶切。酶切反应体系:反应总体积为12μL,其中含8μL PCR产物,1.2μL限制性内切酶10×Buffer,2.3μL高压灭菌双蒸水,0.5μL(5~8U)限制性内切酶,于37℃消化过夜。酶切产物用1.2%琼脂糖凝胶电泳,凝胶成像系统检测,Marker选用M1和M2(pBR322DNA/MspⅠMarkers),均为华美生物工程公司产品。
对PCR产物进行电泳检测,结果见图1,由图1可见,扩增片段的特异性较好,大小约为2kb,表明PCR扩增获得了目的片段。
2.2 ha酶切片段
经6种不同内切酶对PCR产物进行单酶切的结果表明,仅HhaⅠ的酶切片段存在多态性(图2,有AA和AB两种基因型)。所检测的6个鸡群体中,FABP基因第2内含子HhaⅠ-RFLP的基因型频率与等位基因频率的分布情况见表1。
2.3 不同蛋用品种湖北红鸡与其他品种的群体功能差异
经独立性χ2检验(表2),FABP基因HhaⅠ-RFLP的基因型分布,蛋用品种湖北红鸡与其他品种间存在显著或极显著差异,群体中B基因频率占明显优势;矮黄鸡与隐性白羽肉鸡2个肉用品种鸡与其他品种间也存在显著或极显著差异,2个品种的优势基因为A基因。
2 结果
2.1 pcr扩增结果
3 fabp基因片段的扩增、分析及显著性研究问题
结合胴体外观、肉质口感及6品种鸡的不同经济用途分析,A基因在2个肉鸡品种中占优势,B基因在蛋鸡
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