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CD163mini-binder的从头设计及其抑制PRRSV

复制的活性评价

摘要

PorcinereproductiveandrespiratorysyndromePRRS

猪繁殖与呼吸综合征（，）是由

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PorcinereproductiveandrespiratorysyndromeVirus，

PRRSV）引起的传染性疾病，给猪养殖业带来了巨大的经济损失，目前还没有有效的

防治措施。PRRSV进入细胞的方式是通过病毒上的囊膜蛋白与细胞表面受体结合，以

膜融合的方式将遗传物质释放到细胞质中。其中，富含半胱氨酸的清道夫受体-CD163

PRRSVCD163-SRCR5PRRSV

是进入细胞中最关键的受体，而是能与受体结合最关

键的结构域。在此之前，SRCR5的结构已被成功解析，并且通过实验确定CD163

SRCR5是介导病毒进入细胞的关键的结构域，是极具药物设计潜力的靶标。

CD163mini-binder

本研究使用从头设计的方法，针对靶点设计小结合蛋白（），

从而阻断PRRSV与宿主之间的相互作用，对抗病毒大分子药物的开发具有重要意义。

CD163SRCR5Rosettabinder

本文以受体的结构域为靶点，基于的蛋白设计通用流

程，设计出能够与CD163-SRCR5具有高亲和力的结合蛋白，从而阻断蛋白与PRRSV

表面膜蛋白的互作。使用RosettaFastRelax模块对靶蛋白结构进行优化，然后计算该蛋

“”“”

白表面氨基酸的疏水性。选择该蛋白表面上相对平坦、有序的疏水区域，作为

binder“”3“”binder

蛋白结合的热点区域，选取个疏水性热点氨基酸作为设计的靶向

结合位点。然后从设计得到的binder蛋白数据集中选取排名前五的结构进一步使用分

MolecularDynamicsMD

子动力学（，）模拟方法进行评估。通过模拟和计算得到三个

稳定的binder-CD163复合物结构并且具有相对较低的结合自由能，后续将目的基因连

pET-22bbinder134

接至载体并表达了对应的蛋白，分别命名为，，，并探究了蛋白在

体外抑制PRRSV增殖的情况。

binder134CD163

结合自由能分析结果显示、、蛋白与结合后的复合物体系具有

PRRSV20μMbinder134

很高的稳定性。体外抑制实验表明显示在浓度时，、、对

PRRSV38%100%19%10μMbinder1