特异性抗肝癌单链抗体HscFv4—16的分子模建.pdfVIP

维普资讯 · l246 · 理杂志 ChineseJ—ournalofPathophysiology 2007~23(6)：1246-1248 — 【文章编号] 1000—4718(2007)06—1246—03 特异性抗肝癌单链抗体 HscFv4—16的分子模建 叶 刚 ， 杨冬华 ， 汤绍辉 ，‘ 周 曼 ， 丁世华 ， 罗静兰 (t暨南大学第一附属医院消化内科，广东 广州 510632；广州市肿瘤医院，广东 广州510ooo) 【摘 要] 目的：模建特异性抗肝癌单链抗体 HscFv4—16的三维结构，为高亲和力的抗肝癌单链抗体的人 源化设计提供结构信息。方法：采用同源模建技术，在SGI图形工作站上，通过 Accelrys公司InsightlI软件包 的 Hornology模建分子结构，用 Discover进行分子力学和动力学优化，最后用 Prostat验证模拟结构的合理性。结果： HscFv4—16结构6个CDR襻位于Fv段的N端，形成一个与抗原结合的口袋，口袋深 l5．6A。用Prostat验证 ，模建 的三维结构的81．3％的 和 分布于Ramachandran图的核心区域，模板 1NQB的为83．2％。结论 ：成功模建特 异性抗肝癌单链抗体 HscFv4—16的三维结构，模拟结构合理可靠。 【关键词] 肝肿瘤 ；抗体，肿瘤 [KEYWORDS] Liverneoplasms；Antibodies，neopl~lsm 【中图分类号] 11363 【文献标识码] A 肝癌是一种常见的恶性肿瘤，起病隐匿，进展快，转移 商用软件包完成。 早，预后差，目前临床早期诊治仍较难。单链抗体 (single 2 方法 chainfragmentvariable，scFv)分子量小 ，容易进入病灶组织的 2．1 搜索同源结构参考蛋白 将 VH、VL基 因序列与基因 周围循环及在肾内清除快；缺少恒定区(Fc段)，不与具有Fc 数据库 (EMBL+GenBnak4-DDBJ)中已知的基因做同源性分 受体的非靶细胞结合 ，因此在体内定位诊断时背景低 、图像 析 ，确定VH和VL的同源结构参考蛋白。 清晰，在肿瘤的影像分析、导向治疗 、新药设计等多个领域具 2．2 确定 VH和 VL结构域的SCR区和 LOOP区 用 Insight 有广阔的应用前景。本课题组于2001年采用噬菌体表面展 Ⅱ的HOMOLOGY程序包，进行结构 比对，通过主链碳原子 示技术构建了库容为2．1×10抗肝癌噬菌体单链抗体库，随 co【均方根位移(RMS)比较，结构叠合 RMS1A的区域确定 后成功将库容扩大至5．3×10，并采用集落挖掘法筛选出一 为参考蛋白的结构保守区(SCR)，结构叠合 RMS1A的区 株特异性抗肝癌的单链抗体，命名为HscFv4—16… (Gen— 域确定为结构可变区(LOOP区)。 Bank登录号：DQ640759)。 2．3 scFv空间结构模建 将参考蛋白的SCR坐标赋值给 目 蛋白质的功能与其空间结构有着密切的关系，因此，掌 标蛋白相应的SCR；在环区结构库中搜寻 目标蛋白的非保守 握蛋白质的结构信息对于研究蛋白质的功能及作用机制具 结构；完成侧链安装，修复N、C末端结构；在模建结构的两对 有重要意义。X射线晶体学方法和多维核磁共振技术是 目前 Cys残基之间加上二硫键 。 测定蛋白质结构的主要方法，然而蛋 白质结构的测定远远赶 2．4 结构优化 采用能量极小化和分子动力学两种方法使 不上基因组测序速度。分子模拟技术为蛋 白质的结构预测 预测的结构在能量和物化上趋于合理。用InsightlI的DIS- 和功能测定提供了一种崭新的手段，它在蛋白质的结构预测 COVER程序包进行优化。对环 区先后采用最 陡下 降法 和模建工作中占有举足轻重的地位 。本研究采用同源蛋 (Stee