第25章 基因结构分析的基本策略-陈娟.pptVIP

第二十五章基因结构分析的基本策略;主要内容： 第一节 基因序列结构的生物信息学检索和比对分析※△ 第二节 基因转录起始点的鉴定 第三节 启动子的结构及功能分析 第四节 编码序列结构分析※△ ;第一节 基因序列结构的生物信息学检索和比对分析 Section 1 Bioinformatics Search and Alignment of Gene Sequences;就是在数据库中对基因序列或DNA序列进行 比对分析，以其能够推测出其结构、功能及在进化上的联系. 比对方法： 1. 双序列比对 2. 多序列比对;序列比对的结果： 取代 插入 缺失;NCBI数据库 (National Center of Bioengineer Information);1. 各种数据库的介绍;(2) Genome;(4) Taxonomy;(6) 文献数据库;2. NCBI数据库检索 ;例如：人EPO基因序列检索;向下拉寻找符合目标的条目;点击此条打开连接;向下拉寻找关注的内容;凡是连接的地方都可以点击查看;Entrez： 是一个用以整合NCBI数据??中信息的搜寻和检索工具 ;Entrez:;BLAST:;BLAST程序;点击核酸序列blast，在框内输入序列：;选择搜索条件：;选择特殊程序：;比较两个序列之间的相似性：;第二节 基因转录起始点的鉴定;主要内容： 一、基因转录起始点的序列特征 二、基因转录起始点的序列分析;一、基因转录起始点的序列特征;II 型启动子的TSS： 没有明确的保守序列 有一种趋势，即mRNA 的第一个碱基是A，其侧翼碱基倾向于是嘧啶 与mRNA第一个碱基对应的位置标记为-1区 -3 ~+5区域被称作起始子 (initiator);二、基因转录起始点的序列分析;1. cDNA克隆测序;2. cDNA末端快速扩增技术(RACE);Deep-RACE：;5?-RACE adaptor;3.连续分析基因转录起始点 ;(1) 5 ′ SAGE;Gppp;;(2) CAGE;AAAAAAn;;第三节 启动子的结构及功能分析;主要内容： 一、启动子的结构分析 二、启动子的功能分析;启动子（promoter） 是一段能被蛋白质识别的、参与特定基因转录调控的DNA序列 II型启动子通常位于结构基因的上游 共通序列(consensus sequence)是其特征性序列;+10;一、启动子的结构分析;（一）利用PCR技术克隆启动子;2. 利用TSS钓取启动子;3. 利用环状PCR钓取启动子;（二）利用核酸-蛋白质互作方法研究启动子;1. 用足迹法研究启动子;（1）酶足迹法 (Enzymatic footprinting) ;DNase I 足???法;;（2）化学足迹法 (Chemical footprinting) ;1）羟自由基足迹法 （Hydroxyl radical footprinting） ;2）体内基足迹法 （In vivo footprinting） ;;2. 用电泳迁移率变动实验研究启动子;;3.用染色体免疫沉淀技术研究启动子;（三）生物信息学预测启动子;1. 启动子的结构特征;2. 启动子的预测分析;二、启动子的功能分析;常用的报告基因;2. 报告基因的应用;启动子捕获技术 (promoter trapping)：是一种研究启动子活性的筛选方法 基本流程： 构建启动子捕获载体 观察报告基因的表达 ;第四节 编码序列结构分析 ;编码序列 (coding sequence)： 通常是指能体现在蛋白质氨基酸序列中的基因信息 ;一、基因编码序列的结构特征;（一）开放阅读框架;分析一段DNA序列中是否存在ORF： 从理论上说，一般需要对双链DNA序列的6种阅读框架进行分析，每一条链分析三种阅读框架 例如：;（二）mRNA选择性剪接的序列特征 ;（三）基因外显子的序列特征;二、基因编码序列的结构分析;小结：