MiR-21靶基因预测和生物信息学分析 (1).pdfVIP

第31卷第6期 生 物 学 杂 志 Vo1．31 No．6 2014年 12月 J0URNALOFBIOLOGY Dec，2014 doi：10．3969／j．issn．2095—1736．2014．06．089 MiR．21靶基因预测和生物信息学分析 麦秀英，徐 柳，李 萍 (西南交通大学 生命科学与工程学院，成都610031) 摘 要 为了利用生物信息学方法预测miR-21的靶基因及其功能，为后续研究miR-21及其靶基因在结肠癌发生 中的作用机制奠定基础。研究通过 miRBase获取并分析 多个物种的miR一21的序列特征；应用TargetScan、PicTar， miranda及miRecords4种在线工具预测 miR-21的靶基 因，结合已证实的靶基因，对靶基 因进行功能注释和信号通 路富集分析；通过查找文献，综述miR．21的功能，结合功能注释和信号通路富集分析为进一步研究mir-21在结肠癌 发生 中的作用提供理论基础 。 关键词 miR-21；靶基 因；生物信息学；结肠癌 中图分类号 Q343．12 文献标识码 B 文章编号 2095—1736(2014)06—0089—05 Bioinformaticanalysisandprediction ofM iR-21targetgenes MAIXiu—ying，XU Liu，LIPing (SchoolofLifeScienceandEngineering，SouthwestJiaotongUniversity，Chengdu610031，China) Abstract TopredictmiR·2·1targetgenesandtheirfunctionsthroughbioinofrmaticanalysisandtoestablishthebasisforthestudyof themechanism ofmiR一21anditstargetgenesincoloncancer，miR一21targetgeneswerepredictedbyTargetScan，PicTar，miRanda andmiRecords．Combinedwithvalidatedtargetgenes，thegeneswereanalyzedbyGO(geneontology)andpathwayenrichment； Keywords miR-21；targetgenes；bioinformatics；coloncancer 微小 RNA(microRNA，miRNA)是一类 内生的非编 基因进行功能富集分析和信号通路富集分析，为深入 码调控单链小分子 RNA，长度约22～25个核苷酸，其 研究miR-21在癌细胞中的调控机制做理论分析。 通过与靶基因mRNA的3非翻译区(3untranslatedre- 微小RNA(microRNA，miRNA)是近年来生物领域 gion，3UTR)的不完全性互补配对 ，引起转录抑制或 中最重要的发现之一 ，其调控体内多种重要的细胞进 者下调 ，从而参与调节基因表达、生长发育和维持机体 程包括细胞分化 、增殖、凋亡和肿瘤 的形成 。其中 正常生理功能…。miRNA．21是肿瘤细胞中表达量上 MiR-21是研究较多的miRNA，研究结果表明其多与肿 调最普遍 的microRNA，其大多数靶基 因都是抑癌基 瘤的发生有关，包括食管癌、乳腺癌、胶质瘤、肝癌及结 因 。通过功能抑制发现，miR一21几乎牵涉致癌的每 肠癌等。结肠癌的发生及发展与 miR-21及其靶基因 个领域 ：促进细胞的增殖，浸润和转移 ，基 因组不稳定 有着密切的关系，敲低结肠癌 HT．29细胞中miR-21会 和突变 ，炎症 ，复制永生化，代谢异常，血管生