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戈米辛D与α―葡萄糖苷酶相互作用研究
戈米辛D与α―葡萄糖苷酶相互作用研究
[摘要] 该文研究了戈米辛D与α-葡萄糖苷酶的相互作用。以PNPG作为底物测定戈米辛D的抑制率,戈米辛D的IC50为0.59 mmol?L-1,略高于阿卡波糖的IC50 1.95 mmol?L-1,其抑制类型为可逆非竞争性抑制,抑制常数Ki=4.026 g?L-1。通过AutoDock Vina分子对接研究了戈米辛D与α-葡萄糖苷酶的结合模式,结果显示,戈米辛D与α-葡萄糖苷酶的结合能量值为-7.7 kcal?mol-1,优于阿卡波糖的能量值-6.6 kcal?mol-1,且戈米辛D作用的氨基酸??基数目超过了阿卡波糖。经紫外光谱分析,发现戈米辛D与α-葡萄糖苷酶结合之后改变了酶二级构象中的芳香族残基微环境,使其极性减小。
[关键词] 戈米辛D; α-葡萄糖苷酶; 分子对接; 抑制率; 相互作用
[Abstract] This paper describes a study exploring the interaction between gomizine D and α-glucosidase. The inhibitory activity of α-glucosidase by gomizine D was determined using PNPG as substrates Gomizine D gave the IC50 value of 0.59 mmol?L-1, which was higher than that of acarbose (1.95 mmol?L-1). Gomizine D was a reversible and non-competitiveα-glucosidase inhibitor with an inhibition constant Ki=4.026 g?L-1. The binding mode between gomizine D and α-glucosidase was analyzed by AutoDock Vina molecular docking software. The lowest energy of Gomizine D binding to α-glucosidase was -7.7 kcal?mol-1, which was lower than that of acarbose (-6.6 kcal?mol-1). After binding with gomizine D, UV spectroscopy analysis displayed that the microenvironment of aromatic residue in the secondary structure of α-glucosidase was changed, and the polarity of protein was reduced.
[Key words] gomizine D; α-glucosidase; molecular docking; inhibition rate; interaction
研究小分子与靶蛋白的相互作用对揭示药物发挥疗效的实质有着重要意义。α-葡萄糖苷酶是一类能够从含有α-糖苷键底物的非还原端催化水解α-葡萄糖基酶的物质总称[1-3],它位于小肠刷状细胞表面,是人体中水解多糖的关键酶类。目前临床上广泛使用的α-葡萄糖苷酶抑制剂类降糖药主要包括阿卡波糖、伏格列波糖和米格列醇[4-5],然而,西药在有效降低血糖的同时也存在诸多的安全性问题和不良反应,因此,寻找安全、有效的降糖新药一直是研究热点。
参芪降糖颗粒是由人参、黄芪、五味子等传统中药材组成的复方制剂,临床上主要治疗Ⅱ型糖尿病患者的气阴两虚证,属于国家二级中药保护品种[6-7]。课题组前期利用超滤-质谱法从参芪降糖颗粒中筛选出一系列的降糖活性小分子,其中,戈米辛D,见图1,是五味子的一种木脂素类成分,对α-葡萄糖苷酶具有较强的抑制作用。为了进一步探讨戈米辛D的降糖分子机制,本文从抑制率、抑制类型、分子对接、紫外光谱等多个方面对戈米辛D与α-葡萄糖苷酶的相互作用进行了研究,以期开发新一代的降糖药物。
1 材料
小型高速离心机(艾本德中国有限公司),超声清洗器(昆山市超声仪器有限公司),恒温水浴锅(上海亚荣生化器厂),酶标仪(Tecan company),电子天平(梅特勒-托利多仪器有限公司)。
α-葡萄糖苷酶和阿卡波糖均购自Sigma公司,戈米辛D购自成都曼斯特生物科技有限公司,PNPG购自北京雅安达生物技术有限公司,碳酸钠购自太仓美达试剂有限公司,乙酸铵购自温州市化学用料厂
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