小鼠NPC细胞RFX1ChIPSeq数据剖析.docVIP

小鼠NPC细胞RFX1ChIPSeq数据剖析 　　摘要：利用NCBI数据库中小鼠Embryonic Stem Cells （ESC）与Neural Progenitor Cells （NPC）的基因芯片结果及NPC时期的RFX1ChIPSeq数据，进行有关RFX1的分析，结果表明：RFX1结合位点富集在1，2，4，5，7，9，11染色体上，Y染色体上最少，其他染色体上比较均衡；在基因组中结合位点分布区域主要在基因的promoter区域，约有53.2%，其次是intergentic，占22.5%，body区域，占13.1%，enhancer区域，占11.2%.说明RFX1是以结合在基因的promoter区为主要形式对目的基因进行调控.同时在DAVID数据库中用生物信息学方法探索了RFX1靶基因的生物学功能分类. 　　关键词：神经先祖细胞；RFX1；ChIPSeq 　　中图分类号：Q341 文献标识码：A 　　转录因子RFX1（regulatory factor X1）是RFX基因家族（小鼠基因组中含有7个RFX家族成员）第一个被发现的成员，以结合蛋白的形式存在于主要组织相容性复合物分类II基因（major histocompatibility complex （MHC） class II）启动子中＼[1＼]，且在人类基因组中具有大量的结合位点＼[2＼].前人的研究表明RFX1是RFX家族中最典型的成员，在各种组织中都有表达，尤其在哺乳动物脑组织中表达量特别高＼[3＼]，其除了控制乙肝病毒I型增强子＼[4＼]及与纤毛起源形成有关外，有可能还对靶基因的活性具有重要的调控作用. 　　RFX1含有一个Cterminal抑制区域，与二聚化功能域相重叠；含有一个Nterminal激活区域，主要在基因的启动子区对基因起到抑制或激活作用＼[5＼].以往研究表明RFX1不是一个常规的转录因子，早期可能没有活性，当它的启动子与其他因子形成复合物时被激活或抑制[6-7].除了MHCII基因外，几个潜在靶基因可能被RFX1与临近的RFX2，RFX3共同调控.RFX1激活白介素5受体α基因＼[8＼]、促进大鼠神经特异性基因烟胺比林谷氨酸运载体类型3基因的表达＼[9＼]，敲除线虫中与RFX1同源基因，呈现严重的感觉器官缺陷症，说明RFX1在神经系统中具有一定的作用，可能参与调控了感觉神经的分化过程＼[10＼].RFX1与HDAC1（Histone deacetylase）相互作用抑制COL1A12和ID2的表达＼[11-13＼].RFX1通过与HDAC1及DNMT1（DNA methyltransferases）相互作用抑制分化抗原CD11a与CD70的表达，在系统性红斑狼疮综合症中有重要的作用＼[14＼].RFX1抑制cmyc基因、增殖细胞核抗原PCNA（proliferating cell nuclear antigen）、微管相关蛋白MAP1A、成纤维细胞生长因子FGF1的表达＼[15-18＼].Xie等2008年通过生物信息方法预测RFX1在人基因组中含有15 319个结合位点＼[19＼]，小鼠中敲除RFX1导致胚胎早期致死＼[20＼]，人类染色体含有RFX1的一段19p13.12缺失，会导致多种先天性畸形，包括耳聋、泪道狭窄、斜视、双侧颈静脉窦、先天性心脏畸形、胼胝体发育不全、小脑蚓部发育不全＼[21＼]，说明RFX1在生物进程中具有重要的调控作用.然而RFX1转录因子在靶基因中的结合位点特殊性及其相关调控机制还不完全清楚. 　　因此本文利用剑桥大学NCBI数据库（http：//）中小鼠ESC与NPC的基因芯片结果及NPC时期的RFX1ChIPSeq数据，在DAVID（the Database for Annotation， Visualization and Integrated Discovery）（http：///home.jsp）数据库中进行有关RFX1的结合位点及其靶基因功能分类等相关的生物信息学分析. 　　1材料与方法 　　11材料 　　NCBI数据库（http：//）中小鼠Embryonic Stem Cells （ESC）与Neural Progenitor Cells （NPC）的基因芯片结果及NPC时期的RFX1ChIPSeq数据，在DAVID（the Database for Annotation， Visualization and Integrated Discovery）（http：///home.jsp）数据库中进行分析. 　　12实验方法 　　表达谱数据信号值使用的是文章已经处理好的数据，Normalized signal intensity in log2；差异表达基因使用samr程序筛