结直肠癌相关长链非编码RNA的筛选与功能研究-外科学专业论文.docxVIP

PAGE PAGE 1 结直肠癌相关长链非编码 RNA 的筛选与功能研究 中文摘要 目的：筛选并验证结直肠癌相关 lncRNA 和 mRNA 表达谱同时进行初步生物信息学 分析。 方法：1.lncRNA 芯片杂交与数据提取：选取 5 对结直肠癌组织，提取 RNA，质量 检测合格后，合成 cDNA、纯化标记，标记效率检测合格后，进行芯片杂交，芯 片扫描、图像数字转换、数据归一化处理，设置 fold change≥2 为筛选标准，获 得 lncRNA 和 mRNA 差异表达谱。 2.qRT-PCR 验证芯片结果的可靠性：选取变化倍数较大并且在基因座中相对位置 为 intronic antisense、natural antisense 或 bidirectional 的 6 个 lncRNAs(2 个上调 的 lncRNAs:ENST00000421055、ENST00000441270；4 个下调的 lncRNAs:uc003 hws.1、ENST00000565575、ENST00000563660、NR_040058)进行 SYGB Green I qRT-PCR 检测，并用 GAPDH 做内参照。 .差异表达 mRNAs 集合的 GO 分析:GO 分类依据 Gene Ontology (www.geneontolo ),分为基因的生物学进程、细胞组件和分子功能,GO 功能的显著程度用 P 值 表示，P 值越小，功能富集程度越显著（P0.05 有统计学意义）。 .差异表达 mRNAs 集合的 KEGG 分析:生物学途经分析基于 KEGG 数据库 (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, HYPERLINK http://www.genome.jp/kegg) http://www.genome.jp/kegg)，KEGG 生物学 途径的富集程度用 P 值表示，P 值越小，生物学富集途径越显著（P0.05 有统计 学意义）。 结果：1.lncRNA 与 mRNA 差异表达谱:差异表达 lncRNAs 共有 11724 个（上调 49 08 个 lncRNAs，下调 6816 个 lncRNAs），差异表达 mRNAs 共有 7339 个（上调 3 860 个 mRNAs，下调 3479 个 mRNAs）。 2.qRT-PCR 验证芯片结果的可靠性:GAPDH、ENST00000421055、ENST0000044 1270、uc003hws.1、ENST00000565575、ENST00000563660、NR_040058 的 PCR 反应均呈特异性扩增，2 - △△ CT 法计算其在 5 对结直肠癌组织中的表达结果与芯 片检测结果一致。 3.差异表达 mRNAs 集合的 GO 分析:差异表达的 mRNAs 集合主要富集在 20 个细胞 生物学进程、20 个细胞组件和 20 个分子功能中，上调 mRNAs 集合富集度最高的 生物学进程是 mitotic cell cycle，含有 mRNAs210 个，富集度最高的细胞组件 是 cytosol，含有 mRNAs508 个，富集度最高的分子功能是 protein binding，含 有 mRNAs1386 个；下调 mRNAs 集合富集度最高的生物学进程是 multicellular o rganismal process，含有 mRNAs962 个，富集度最高的细胞组件是 extracellul ar region，含有 mRNAs421 个，富集度最高的分子功能是 actin binding，含有 mRNAs81 个。 4.差异表达 mRNAs 集合的 KEGG 分析:差异表达的 mRNAs 集合主要富集在 20 条信 号通路中。上调 mRNAs 集合富集度最高的生物学通路是 Cell cycle (human)， 含有 mRNAs124 个，下调 mRNAs 集合富集度最高的生物学通路是 Systemic lupus erythematosus (human)，含有 mRNAs137 个。 结论： 1.获得结直肠癌相关 lncRNAs 和 mRNAs 差异表达谱:通过 lncRNA 芯片技术获得了 11724 个 lncRNAs 和 7339 个 mRNAs。 2.qRT-PCR 验证芯片结果的可靠性:运用 SYGB Green I qRT-PCR 检测 ENST00000 421055、ENST00000441270、uc003hws.1、ENST00000565575、ENST00000563660、 NR_040058 在 5 对结直肠癌组织中的表达结果与芯片检测结果一致，证明了芯片 检测结果可靠。 3.