数字实验室迈向无纸化.docVIP

数字实验室迈向无纸化 冯诗齐/编译 ● 这回并不只是说说而已，本文叙述的实验室管理软件和电子记事本——从追踪试剂供给到分享实验报告等——正在迈向—个无纸化实验室的时代。几十年来人们一直在追求的目标，现在看来最终要实现了。 　　斯坦福大学詹姆斯·H·克拉克中心 　　 詹姆斯·H·克拉克中心的地下室拥有现代影像学实验室的全套装备：一台X射线扫描仪在工作着，旁边是一台专用于扫描小鼠大脑的微型磁共振成像仪(MRI)。这种仪器是中心所在的加州斯坦福大学研究人员一直在期待的设备。 然而有一台“设备”的缺席引起了人们的注意：这就是毫不起眼的纸质记事本。米歇尔·詹姆斯(Michelle James)在用她的iPad做笔记、检查实验计划和观察她的有关阿尔茨海默氏症的早期检测技术的实验进程。4个月前，詹姆斯第一次将这种设备带到实验室，实质上它已经取代了她之前用于记录的纸质记事本。“纸张并不能为我提供什么，”詹姆斯声称。 “纸张并不能为我提供什么”开始在越来越多的实验室中践行着，一些研究团队已经扔掉了纸质记事本而从谷歌上下载软件。比如，作为共享文档的免费工具、电子表格和日历等；另一些人则发现，专为实验室设计的软件已经“进化”到能够可靠地完成一系列的任务，从追踪试剂的供给到分享实验报告。这个无纸化实验室的时代，人们几十年来一直在追求，看来最终要实现了。 采纳者说，一个实现无纸化的实验室为其提供了真正的优势；实验人员说，数字记事本能帮助他们追踪其实验的更多细节，特别在项目文档适合他们的需要时，实验室负责人能够更有效地追踪和关注项目的进展，或联机访问或与同事共享。甚至，数字化记事本可以帮助研究人员从系统存储的数据中发现其中的关联，或提取结果。加州帕罗奥图市Syapse公司创始人乔纳森·赫希(Jonathan Hirsch)说，他们开发的软件被詹姆斯用来管理和分享其成果，“或更好地了解你的数据中究竟是什么让人们真正兴奋。” 再次走向无纸化 如果有关无纸化办公这些话语听似很耳熟，这是因为过去曾多次宣告过纸质记事本已寿终正寝。据《美国化学会志》报道，十年前无纸化实验室就已“新生”；生物信息学专家道格拉斯·佩里(Douglas Perry)2005年在《自然》一期新闻特写中这样写道，电子记事本已“准备就绪”(见Nature 436，20–21，2005)。 然而，大多数早期电子记事本其软件程序影响有限，使用不很方便。例如，有些软件只针对特定的文件类型，或数据的输入机制十分繁琐。尽管这些不足并没有使电子记事本的研制停滞不前，但从学术研究的角度看，在某种意义上这些不足却是一个破坏因素。马萨诸塞州波士顿哈佛医学院(HMS)的生物工程师斯里兰·考苏里(Sriram Kosuri)曾用过许多不同的软件包，他说：“我们对尝试过的这一切真的很厌烦。”. 事情发生了变化，这要感谢那些易于使用和配置的，或免费或便宜的共享工具的出现，从Dropbox的存储系统到谷歌和其他公司提供的产品，以及快速可靠的互联网连接和基于云的存储——它们提供一种快速廉价的方式构筑起实验室的基础结构，便于共享方法、数据或其他记录。 在哈佛医学院的威廉·史(William Shih)合成生物学实验室里，通过运用维基百科免费软件MediaWiki创建的页面，研究人员将记录存储到受密码保护的关联页面上，项目组成员可以对这些页面进行编辑。例如，随时可以对一项正在进行中的实验的页面更新，便于关注实验计划中的变化，或插入最新结果的图片。 项目组成员可以通过笔记本电脑或iPad登录到该网站，“甚至通过手套中的一根手指，我们仍然可以获取触摸屏的灵敏度，”史说。当研究人员想要简单地表述自己的意见——这在从事自组装纳米结构研究的实验室中是一项重要过程——他们会使用价值不到10美元的Adobe Ideas软件，便于在触摸屏上构建详细的图案。 然而，这些通用工具并不总能满足研究人员的需要。比如，一些记事软件不能很好地处理图表，包括实用性较强的MediaWiki在内，一些用户认为其界面在输入文本时显得不是很方便。这就意味着创建一个优秀的数字化记事本——既要有灵活性，又要按照研究人员的需求定制——的竞争依然在进行。 乔纳森·格罗斯(Jonathan Gross)是这场角逐的领跑者之一，当他还是耶路撒冷希伯莱大学的植物学研究人员时，就开始研制实验室软件，并得到他的大批同事的追捧。2007年，他创办了一家名为BioData的公司，专门从事实验室管理软件的开发(2010年BioData被Nature出版集团的一家姊妹公司Digital Science收购)。 格罗斯软件的早期用户、哈佛医学院的儿科肿瘤学和血液病学专家亚历克斯·肯特西斯(Alex Kentsis)说：“在使用BioData之前，我们只能采取权宜之计。”他的团队用格罗斯软