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分子进化分析;1859年英国生物学家达尔文发表《物种起源》，第一次用大量事实和系统的理论论证了生物进化的普遍规律。;大规模的测序给进化研究带来了丰富的资源，使进化研究不仅能够基于宏观的表型，更能利用微观的分子结构，进化进入了分子进化阶段！
随着基因组数据的不断丰富，比较基因组学也在蓬勃发展。;序列比对与进化分析;有根树和无根树;;穷举一组序列的进化树;进化分析的步骤;最大简约法;最大简约法;最大简约法;Taxa;进化树;;距离法;计算方法：
Fitch and Margoliash Method (FM)
Neighbor-joining Method (NJ)
The Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean(UPGMA);Fitch and Margoliash Method;Fitch and Margoliash Method;;;Neighbor-joining Method;Neighbor-joining Method;Neighbor-joining Method;;Neighbor-joining Method;The Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean(UPGMA);The Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean(UPGMA);The Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean(UPGMA);The Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean(UPGMA);外类群（Outgroup）能提高预测的准确性
有助于确定根节点的位置
应与待分析的序列存在较大差异
必需与待分析的序列存在一定的相似性;距离值（D）的确定：
两两序列间碱基差异数目的百分比值
由序列比对程序产生的相似性分值(S)计算;不同进化速率的修正
随着序列差异的增加，同一位点可能发生多次突变或回复突变，看似保守的位点可能已经有个别序列发生过突变。;最大近似法;进化树的检验——自举(bootstrap)检验;进化分析软件;利用进化树进行重组分析;使用距离法逐段进行进化树的构建;逐段扫描
量化新序列在各段进化树中的位置
0G1, Ga+Gb+Gc…+Gn=1
G越大，表示新序列埋在某个基因型的分枝中越深。G很小则表示新序列不在这个基因型分枝中;AF461043;AB231908;Exercise;HOMEWORK
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