分子模拟分子动力学简介.pptx

分子模拟与分子动力学简介什么是分子模拟什么是分子模拟分子模拟是在分子模型的基础上用计算机做实验，“计算机实验”通过模拟微观粒子的运动来计算宏观性质牛顿力学量子力学统计力学等温度压力黏度传递性质表面张力．．．．分子间的作用模型分子模拟的双重性质分子模拟具有理论和实验的双重性质理论实验理论的正确性模拟方法的选择理论的更新模拟参数的正确性模拟分子模拟不能完全取代实验分子模拟的大致分类与自然界相比的准确程度电子模拟（量化计算，DFT）分子模拟（分子动力学，蒙特卡洛）10-1510-910-6110-3时间（秒）10-9颗粒方法10-7流体力学10-510-3尺度（米）量子力学模拟：ab initio模拟电子云原子结构能量性质，化学键等信息薛定谔方程量子化学计算一般处理几个到几十个原子常见软件：GAUSSIAN，NWCHEM等 密度泛函（DFT）可以算到上百个原子常见软件：VASP分子级别的模拟分子水平的模拟以分子的运动为主要模拟对象采用经验性的原子间作用函数模拟微粒之间的作用一般情况下不考虑电子转移效应，因而不能准确模拟化学成键作用发展最早1950s，Alder，劳伦斯利物默实验室，分子动力学模拟32个原子1950s，Metropolis，洛斯阿洛莫斯实验室，蒙特卡洛模拟32个原子 分子级别的模拟应用的领域很广广泛应用于化学，物理，生物，化工，材料，机械，治药等领域简单易学蒙特卡洛方法蒙特卡洛是一种优化方法通过蒙特卡洛算法来寻求能量最优点随机方法通过系综平均来求取宏观性质模拟的是平衡状态，不涉及时间效应（KMC除外）优点是可以跨越时间因素，缺点是得不到有关时间信息的性质分子动力学分子体系（几百~几亿）宏观性质求解牛顿运动方程可以模拟平衡状态，也可以模拟中间状态可以获得有关时间的信息受时间的限制，无法模拟缓慢过程CPMD:考虑量子效应的分子动力学同时考虑原子核的运动（牛顿力学）和电子的运动（量子力学）能同时准确模拟物理作用和化学键作用目前来说CPMD可以处理的体系还很小（几十个原子）颗粒方法（Coarse Grain）将分子基团（几个或者几十上百个原子）当成单个的微粒来处理微粒之间的作用也是通过类似于分子动力学的位能函数来描述可以模拟更长的时间跨度分子级别模拟CG级别模拟量子级别模拟电子原子原子核分子动力学势能模型分子动力学的核心：牛顿运动方程总能量动能分子的总能量为动能与势能的和，分子的势能通常可表示为简单的几何坐标的函数。分子动力学对势能函数的依赖性：所有从分子动力学计算出来得到的宏观性质最终都取决于势能模型简单分子的势能模型质点处理r例：甲烷，某些惰性气体UUUrrr方阱模型阶梯模型复杂分子的势能模型?键的伸缩键的弯曲键扭曲13524 非键作用分子内部各原子（基团）之间的范德华力、静电力一般要计算1-4（相隔超过两个键的原子或基团对）复杂分子的势能模型qqq分子之间的范德华力分子之间的静电力例子：丙烷HH10个键伸缩项18个键弯曲项8个键扭曲项27个范德华力作用27个静电作用CHHHCHCHH分子动力学力场以简单的数学形式表示的势能函数成为力场。经典力学的计算以力场为依据，力场的完备与否决定计算的正确程度。复杂分子的总势能一般可分为各种类型势能的和。一个简单力场的函数形式：键伸缩Morse类键长模型平衡键长参数键长能量阱深参数胡克类键长模型键长平衡键长参数键弯曲胡克类键角模型U平衡键角参数键角键扭曲扭矩障碍参数U扭动360度所经过的能量最低点的次数范德华力一般力场中最常见的非键势能形式为Lennard-Jones(LJ)势能Lennard-Jones模型UUrσε不同类别原子之间的LJ作用混合规则BAB通常都取1A静电力U一般情况下只考虑点电荷之间的作用力不考虑极化作用所带来的长程项的作用氢键、交叉项等为增加精度，一些力场对氢键定义了专门的势函数，有一些力场还增加了交叉项。力场 力场 = 解析式+参数 力场具有可移植性 力场可以较准确地预测其用来进行参数化的性质，其他性质的预测可能不准确 力场是经验性的，精度和速度的折中模型参数的获得通过量子化学模拟回归得到点电荷范德华力键伸缩、键弯曲、键扭曲实验数据回归键伸缩键弯曲范德华力分子动力学程序的一般步骤读入模型参数，模拟控制参数数据产出初始化能量优化平衡根据所有分子的当前坐标计算个分子的受力（位能函数）根据受力更新分子的坐标在此过程中收集用来计算宏观性质的有关信息避免局部分子重叠，并不是动力学模拟简单小型体系气体的模拟小分子体系，不需要复杂的势能模型几百到几千个分子，分子分布稀疏，大部分是短程作用一般用一台微机就可以处理，计算时间几分钟~几小时 简单的液体，不涉及太多的界面性质小分子体系，势能模型不是很复杂几百个分子，可能涉及到静电作用，可能需要长程校正用微机也可以处理，计算时间一般几