生物信息学第10章基因预测与引物设计.ppt

第十章 基因预测与引物设计 原核生物的基因特征 分析待测序列与已知蛋白质或基因的相似性 GRAIL软件是利用BP神经网络识别基因编码序列 Codon Preference程序用密码学方法分析序列 GENSCAN预测左边的序列为一个真核基因的第一个外显子。 Presentations 生技第六组：用实例演示GENSCAN基因预测 生制第六组：用实例演示Primer Premier5引物设计 生科第六组：用实例演示Oligo6引物评价 * 1.基因特征 2.基因预测的算法 3. 引物设计 4.基因预测软件与引物设计软件 目录 1. 基因特征 真核生物的基因特征： （1）真核生物基因组中有大量非编码序列，而且这些非编码序列中有大量的重复序列。 （2）真核基因的编码区不连续。 （3）真核基因转录和翻译在时空上分隔。 真核生物基因的特征位点：启动子、CpG岛、polyA尾、起始密码子，等等。 2. 基因预测的算法 蛋白质序列数据 EST数据 /seqtags/cn/seqtagsHome.do?method=estIndex 相似性比较 /nbt/journal/v25/n8/fig_tab/nbt0807-883_F1.html 隐马尔可夫模型 /bcmm/Informatics/Jan20/GRAIL.htm 神经网络方法 /seqtags/cn/seqtagsHome.do?method=estIndex 密码学方法 估算结果1 Estimate 1: ≈ 5,885 估算结果2 Estimate 2: 6,000 估算结果3 Estimate 3: ≤ 5,645 [1] Coffeau, A. et al. (1996) Science, 274: 546. [2] Heumann, K. et al. (1997) MIPS Database [3] Zhang, C. -T. and Wang, J. (2000) Nucleic Acids Res., 28: 2804. 天津大学张春霆院士用z-曲线模型估算酵母的蛋白质编码基因,有至少95％的精确度 部分摘自张春霆2001年北京大学生物信息学讲习班讲稿 Z-曲线法 3. 引物设计 引物设计是要找一对能有效扩增模板DNA序列的核苷酸片段。引物设计一般需要考虑引物末端、引物分子内部、引物的组成与解链温度、引物长度等问题。 已知某基因5’末端序列（5’ATGGGGATTGGCGTAAACTCAGATCC CA……）和3’末端序列（……GCAGAGTTCACCTCTAGAAATTAA 3’）可分别设计上游引物和下游引物如下： 上游引物：5’-ATGGGGATTGGCGTAAACTCAG-3’ 下游引物：5’-TTAATTTCTAGAGGTGAACTCTG-3’ 4. 基因预测软件与引物设计软件 /GENSCAN.html 基因预测软件：GENSCAN caagcgtcac cagcgctttt atagatttag ccacttatga tactattgaa aaacatcttt atggcggtga ttcagctgtg gcttattttg tacgagaaac taaaaaatgt acttggttca gcaaattacc ggtgctttta acgcgttgtt cagggtcgcc taattttgac caagaatttt ccgttaatgt ttcccggggc ggagattacg taatcaacgc ctggatgaca gtgcgtatac ctgccgttaa attgaaaact agcaatcgga tgaatgccaa cggcacgatt cgatggtgta aaaatttgtt tcacaatttg gtcaaacaga cgtccgttca atttaatgat ttggtggctc aaaaatttga aagttatttt cttgatttct ggtccgcatt tggcatgtgt ggatctaagc gaacgggtta cgataacatg attggaaata ccactgatat gacgcaaccc gtcgattcca gcggtcaatt acctgaaaaa gtgttggtat tacctttacc ttatttcttt tcccgggaca gcggtgtagc tttacccagc gctgcgctgc cttataatga aataagatta acttttcatc tcagagattg gactgaattg cttatttttc aaaac