生物信息学第11章蛋白质结构与预测2.ppt

* * 六、 结构比对 1. 结构比对 2. 软件 3. 结构相似性 4. 结构相似性搜索 1、 结构比对 要在关系非常疏远的蛋白序列之间找到正确的、有生物学意义的比对是很难的，因为它们只含有极少比例的相同残基。但在这种情况下，结构信息能帮上忙，因为进化往往尽量少地改变结构。叠加相似结构的骨架以发现相同结构残基的过程被称为结构比对。 Structural Alignment 2、 软件 DALI: http://www.ebi.ac.uk/dali 3、 结构相似性 结构比对方法通常会创建衡量结构相似度的尺度。最常见的衡量尺度是RMSD（root mean square difference），许多程序都用这个标准，它是指最佳结构重叠中比对残基的α碳原子间位置的均方差。 RMSD = [sum(di2)/N]0.5 4、 结构相似性搜索 我们常常需要搜索序列数据库以查询某一序列的相似序列，同样，有时我们也需要搜索结构数据库以查询与某一结构相似的结构，这也是很有意义的。 Web-based search engines: DALI; SSAP;TOPS;VAST and RCSB 七、 已知三维结构的蛋白分类: CATH 和 SCOP 1. 为什么进行蛋白结构分类? 2. 分类的例子 3. 结构种类 4. 折叠或拓扑 5. 同源体与相似体 6. 超折叠 1、 为什么要将蛋白质进行结构分类? 蛋白质结构在进化中要比蛋白质序列保守得多。因此，根据结构的标准对蛋白质进行分类是把蛋白质划分为各种家族的最有效的方法，可以揭示远距离的进化关系。 蛋白质结构分类的方法主要依据：序列比较方法和结构比较方法。 2、 Example Classifications CATH: http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath SCOP: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 3、 Structural Class (CATH, SCOP) C A T H Structural Class (CATH) Root AlphaBeta Few SSEs Beta Alpha Barrel Roll TIM barrel FMN linked (1gox) Aldolase Class II (1dos) C A T H Structural Class (SCOP) Root md l β α TIM barrel Aldolase FMN linked oxidoreductases Class II aldolase (1dos) Glycolate oxidase (1gox) Class Fold Super-family Family α/β α +β m s c p d 4、 折叠或拓扑 所有的分类都是将具有同样的整体折叠或拓扑的蛋白归为一类。具有同样的折叠或拓扑类型的蛋白质或多或少地都含有同样的SSEs（secondary structure elements），以同样的方式相连接并位于同样的相对空间位置。 CATH （拓扑）和SCOP折叠水平把蛋白质分成具有相同总体折叠的组。 5、 同源体与相似体 Homologs (homologous proteins) 是从某一共同祖先趋异进化而来的蛋白，它们相互关联，并具有同样的折叠。 Analogs (analogous proteins) 有同样的折叠，但关于共同祖先的其他证据却不充分。 6、 超折叠 Super-folds （超折叠）是指在进化中可能不止出现一次的蛋白质折叠。普遍认为它们具有物理化学性质上的某种优势，在SCOP与CATH中它们以含有几个同源超家族的折叠（SCOP）或拓扑（CATH）的形式存在。比如TIM桶和免疫球蛋白的折叠。 Root md l β α TIM barrel Aldolase FMN linked oxidoreductases Class II aldolase (1dos) Glycolate oxidase (1gox) Class Fold Super-family Family α/β α +β m s c p d 超折叠 八、蛋白质结构预测简介 1. 为什么要预测结构? 2. 什么是结构预测? 1、 为什么要预测结构? 结构预测是有意义的，因为通过实验来确定结构仍然要比通过实验确定序列慢得多。 为什么要预测结构? 结构预测帮助我们理解蛋白质的功能和作用机制，对合理的药物设计也是很有意义的。 Rational structure-based drug design Levinthal和Anfinsen的早期工作使得结构预测成了又一个极有发展