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第十二讲 蛋白质分子设计（一）;蛋白质分子设计的概念和意义 蛋白质设计的分类 蛋白质设计的基础 蛋白质分子设计的流程 蛋白质分子设计思路 本节小结;一、蛋白质分子设计的概念和意义 1、概念 实现蛋白质分子改造目标的一整套方法、计划、措施和指导方针。 以蛋白质结构和功能的关系为基础，通过蛋白质模型和结构预测等方法， 构建具有新功能的蛋白质模型的技术。 如何理解 ？ 分子设计包括：目标、思想、程序、方法、措施、验证和分析一系列过程。 是蓝图 — 如：建筑工程的设计蓝图 —宏伟构思和诱人的前景 是理论 — 理论上的设计——指导实践过程 是实践 — 实践上的验证——提出问题 与建筑工程的蓝图不同——实施验收 (也有豆腐渣工程——不是设计的问题) 是设计—实践—验证—再设计—再实践—再验证的过程 是一个设计—验证反复进行的过程。 获得新功能蛋白质分子及其分子模型 2、意义：（通过分子设计、人工改造蛋白） 理论上：解析蛋白质结构和功能关系 实践上：满足生产实践的需求;蛋白质分子设计是蛋白质工程领域的核心问题与前沿领域 是一门新兴的研究领域，是众多学科的交叉 结构生物学、信息生物学、分子生物学、蛋白质化学、细胞生物学、免疫学等 随其他学科的发展而不断地发展，其内容也在不断地更新。 设计和实践成功的实例：DNA结合蛋白、血红素结合蛋白、氧化还原活性蛋白;天然蛋白的缺陷 生物进化过程中，自然选择了数量众多、种类各异的天然蛋白质。 天然蛋白质在特定的条件下应用，(适合于生物环境) 改造蛋白的优势 工业生产—高温高压条件，其结构和功能改变，达不到理想的效果。 为了更好地发挥蛋白质的作用，需要对蛋白质进行人为改造。 如：药物、食品工业和污水处理中的酶、疫苗、生物传感器等进行蛋白分子设计改造，发挥良好的作用。 如：经改造稳定性好的酶，可从价格便宜的棕榈油中生产出价格昂贵的可可脂，创造很高的经济效益。;如：荷兰一家公司设计了一种与漂白剂一同起作用的去污酶（对酶上两个氨基酸修改，使这种酶具有较高抵抗力），在洗涤过程中不受破坏。 如：医学上，蛋白质工程也具有广泛的应用前景。比如，用人工手段去改造蛋白质，开辟了诊断和治疗癌症的新途径。 单链抗体—核素——免疫影像？ 单链抗体—毒素——免疫治疗？ 我国的蛋白质工程达到国际先进水平， 如：重组人胰岛素和溶血栓药物、重组人尿激酶等。 对这些蛋白质改造离不开蛋白质分子设计。 因此，蛋白质分子设计在生产实践中具有重要意义; 二、蛋白质设计的分类; 三、蛋白质设计的基础;2、蛋白质空间结构直接决定蛋白质的功能 一级结构不能完全了解蛋白质分子的生物学活性和理化性质 多肽链并非呈线形伸展，而是折叠和盘曲构成特有的稳定的空间结构 蛋白质的生物学活性和理化性质主要决定于空间结构的完整性 ？ 去折叠——变性，一级结构未发生改变—功能完全丧失—空间结构的作用 ？蛋白质去折叠的方法——物理、化学因子 蛋白的性质和功能，很难仅用蛋白质的一级结构的排列顺序来解释 理解蛋白空间结构和功能关系对蛋白质分子设计才是最重要的 蛋白质一级结构——高级结构——功能关系，是蛋白质分子设计的基础;;四、蛋白质分子设计的流程;;1、设计构建蛋白质突变体模型 收集素材——构建原蛋白质模型： 掌握和了解蛋白质的一级结构、高级结构、功能域，理化特性、 结构和功能的关系、以及同源蛋白的相关信息。 数据来源：查阅文献和相关数据库。 对于已知结构蛋白质，同源建模法或直接构建模型。 未知结构的蛋白质，要么先解析其晶体结构，要么根据已知的氨基酸序列进行结构预测。 设计突变体——建立突变体模型——借鉴现有的经验（规则） 改变蛋白质结构 ：优化蛋白的 稳定性、抗氧化性、对重金属稳定性、pH稳定性、酶学性质 如：Hartley等（1986年）完成有关蛋白质一些重要性质的设计目标及解决办法表 具有一定的参考价值。（Next ） 考虑不同氨基酸对蛋白质二级结构的影响（第七讲结构预测） Chou和Fasman对29种蛋白一级结构和二级结构之间的关系进行统计分析，发现： a—螺旋最强生成者：Glu、Met、Ala、Leu；最强破坏者：Gly、Pro； β-折叠最强生成者：Gly、Ala、Ser； β-转角最强生成者：Gly、Pro、 Asp、Ser；最强破坏者： Ile、Val、Leu。;蛋白质重要性质设计目标及解决办法;2、建立和优化突变体模型（能量优化以及蛋白质动力学分析） 利用能量优化以及蛋白质动力学分析的方法——预测 修饰后的蛋白质的结构 将预测结构与原始蛋白质的结构比较 利用蛋白质结构—功能或结构—稳定性相关知识 预测新蛋白可能具有的性质和功能;3、获得蛋白质突变体 蛋白质分子设计仅停留在理论层面上，没有试验证据，这种设计是没有任何意义的。 根