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环境 DNA 在溪流中的动态变化及鱼类检测中的应用 摘要 随着测序技术的进步，环境 DNA （environmental DNA , eDNA ）技术作为近 几年来研究生物多样性的方法引起了广泛关注并且为鱼类监测提供了一种新的 工具。然而，运用 eDNA 对鱼类多样性进行研究，大多是在欧美或者日本开展 的，尤其在山区溪流鱼类检测方面，国内并没有开展此类研究。由于国内外淡水 鱼类区系具有差异性（我国长江中下游鱼类以鲤科为主），并且山区溪流水流流 态多样，因此需要进一步了解鱼类 eDNA 在溪流中的动态变化以及应用 eDNA 宏条形码技术检测溪流鱼类的有效性。基于上述问题设计了两个野外试验：（1） 将青鱼 （Mylopharyngodon piceus ）圈养在河源溪流的鱼笼中，于不同流量和生物 量时期在笼子下游等间隔采集水样，利用实时荧光定量（qPCR ）技术检测不同 距离下的 eDNA 拷贝数，从而了解在溪流中距离、流量和生物量这三个主要因素 对鱼类 eDNA 浓度的影响，弄清溪流中鱼类 eDNA 的动态变化。 （2 ）在溪流不 同河段采集水样，使用两种通用引物（Mifish 和 Teleo 引物）检测各样点鱼类物 种组成并与传统捕捞方法进行比较。从而筛选验证常用的鱼类 eDNA 通用引物 应用于国内溪流鱼类检测上的有效性并了解 eDNA 宏条形码技术和传统捕捞方 法在溪流鱼类物种组成检测方面的差异性。研究的主要结果如下： （1）利用 qPCR 技术探究距离、流量和生物量对 eDNA 动态变化的影响， 发现：1）在 5 个采样时期的所有样品中（n=55 ）共有29 个样品中检测到了青鱼 的eDNA 。2020 年 8 月，eDNA 信号可检测的距离最远，为笼子下游 42 m 。2019 年 9 月至 2019 年 12 月 4 个采样期的可检测距离分别为 35 m 、35 m 、28 m 、28 m 。2 ）距离，流量和生物量对eDNA 拷贝数的影响均为显著（p ＜0.05 ）。其中 距离和流量对 eDNA 拷贝数的影响呈显著负相关，生物量对 eDNA 拷贝数的影 响呈显著正相关。3 ）随着距离的增加eDNA 拷贝数呈指数分布且在短距离内急 剧下降（p ＜0.01 ）。 （2 ）利用 eDNA 条形码技术检测溪流鱼类物种组成，发现：1）使用 eDNA 宏条形码技术在整个河段共检测到鱼类 7 种。其中使用 Mifish 引物和 Teleo 引物 检测出的鱼类物种数分别为 7 种和 4 种。2 ）12s-1 （Mifish ）测序文库在上游检 测出的物种数（6 种）小于传统捕捞物种数（7 种），在中、下游样点检测出的 物种数（6 种和 7 种）大于传统捕捞物种数（均为 5 种），不同河段有其不同的 特有检测物种。12s-2 （Teleo ）文库检测出的物种数，在所有样点均小于传统捕 捞和 12s-1 （Mifish ）测序文库检测出的物种数，并且相对于传统捕其在整个河段 I 捞特有物种数均为 0 。3 ）在剔除捕捞误差较大的底栖鱼类的情况下，测序 OTU 丰度与捕捞生物量间呈显著线性相关关系 （P ＜0.05），而OTU 丰度和鱼类捕捞 丰度之间未呈显著相关关系（P ＞0.05 ）。 上述研究结果表明，在山区溪流中距离、流量、生物量对 eDNA 在溪流中的 动态变化产生显著影响且 eDNA 拷贝数在数十米内呈急剧下降趋势。在山区溪 流鱼类组成调查方面，Mifish 引物在溪流鱼类扩增方面具有更好的效果并且将 eDNA 技术应用于溪流鱼类调查上具有一定的可行性，可对传统捕捞方法进行补 充。 关键词：eDNA 动态变化；eDNA 条形码技术；山区溪流；鱼类多样性 II 目录 第一章 绪论1 1.1 鱼类多样性现状1 1.2 传统捕捞方法2 1.3 环境DNA 的研究进展4 1.3.1 eDNA 概述4 1.3.2 eDNA 应用5 1.3.3 eDNA 的未来研究方向7 1.4 研究目的、意义