基于网络药理学探讨保元汤治疗扩张型心肌病的作用机制.docxVIP

基于网络药理学探讨保元汤治疗扩张型心肌病的作用机制 扩张性心肌病（cdm）是一种以左心室或双室心腔增大和心肌收缩功能降低为主要特征的心肌疾病。这是各种心脏疾病的“最终共同经历”，也是导致心力衰竭最常见的心肌病的“最终途径”。 根据DCM的临床表现及病程演变，可归属为中医“喘证”“心悸”“水肿”“心水证”“心衰”等范畴，其病机特点为本虚标实，本虚包括气、血、阴、阳亏虚，而气虚是该病最早期表现，也是该病最根本病机 1 材料和方法 1.1 保元汤活性成分筛选 借助中药系统药理学分析平台（TCMSP,http：///tcmsp.php）检索保元汤中各单味药的所有化学成分，根据口服生物利用度（OB)30%及类药性（DL)0.18条件筛选保元汤的活性成分。对TCMSP数据库未收录的肉桂，通过中药分子作用机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM,http：///batman-tcm/index.php）进行检索，以综合评分≥20、P0.5为条件进行初步筛选，得到相应的活性成分后在TCMSP中以OB30%及DL0.18为条件进一步筛选。此外，结合文献检索补充保元汤组方药材中的有效活性成分。利用Pubchem数据库（https：///）下载每一个活性成分的2D结构（sdf格式），并将其上传至SwissTargetPrediction数据库（http：//www.swisstargetprediction.ch/），选择物种为“Homo sapiens”，预测化合物的靶蛋白。对于Pubchem数据库中未收录的化合物，通过TCMSP数据库获取活性成分对应的靶蛋白。将所有预测的靶蛋白映射到Uniprot数据库（https：///），以校正为通用的靶基因名。利用Cytoscape 3.8.2软件构建“保元汤成分-靶点”网络图。 1.2 dcm作用靶点的获取 基于GeneCards数据库（https：///）、在线《人类孟德尔遗传》数据库（OMIM,https：///omim），以“dilated cardiomyopathy”为检索词获取DCM的作用靶点。通过微生信网站（http：///）获取药物与疾病的共同靶点，即保元汤治疗DCM潜在作用靶点。 1.3 “宝源汤成分、cdm目标”网络建设 1.4 蛋白-蛋白相互作用 将“1.2”项下获得的共同靶点导入String数据库（https：///），选择物种为“Homo sapiens”，设置Medium confidence0.4，分析蛋白相互作用关系，以tsv格式保存结果。将结果导入Cytoscape 3.8.2软件，构建PPI网络，通过“NetworkAnalyzer”工具对交集靶点进行拓扑分析，计算所有节点的Degree值的中位数，选择Degree大于2倍中位数的节点，提取Hithubs网络，根据接近中心性（Closeness Centrality）、介数（Betweenness Centrality）、Degree值筛选Hub基因。 1.5 同靶基因的转换 通过R 4.0.3软件安装“RSQLite”及“BiocManager”包，将共同靶基因转换为entrezID格式，并保存为id.txt文件。利用R 4.0.3软件，分别安装来源于BiocManager的“DOSE”“cluster Profiler”“pathview”包，以及“colorspace”“stringi”包 1.6 体外蛋白配体的设计 以Hithubs网络中度值排名前7位的Hub靶基因作为受体蛋白，从PDB数据库（https：///）中下载其3D结构（pdb格式），运用PyMOL 软件对受体蛋白进行去水、加氢、删除磷酸根、移除原始配体等操作，保存新受体蛋白及原始配体。以筛选出来的保元汤主要活性化合物及临床有效治疗DCM的药物为小分子配体，从PubChem数据库（https：///）下载配体的2D结构（sdf格式），用ChemBio3D Ultra14.0打开，优化力学结构，另存为mol2格式文件。利用AutoDockTools 1.5.6将配体及受体转换为pdbqt格式，寻找每一个受体蛋白的活性口袋，运行AutoDock vina 1.1.2进行分子对接 2 结果 2.1 mol002靶基因 通过TCMSP平台、BATMAN-TCM数据库检索，除去没有相应靶点及重复项后，共筛选到保元汤活性成分120个，其中黄芪17个，肉桂1个，人参19个，甘草90个。kaempferol（山柰酚，MOL000422,B1）是黄芪、人参、甘草共有的成分；isorhamnetin（异鼠李素，MOL000354,A5）、Jaranol（华良姜素，MOL000239,A4）、quercetin（槲皮素，MOL000098,A3）、Calycosi