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嗜热古细菌代谢网络的拓扑结构与功能 1 叶绿体和蓝细菌代谢网络的结构 近年来，复杂的网络理论被用来研究真实的网络，并通过图论、计算机模拟等方法研究了网络的结构特征、网络生成机制和网络发展规律。为在系统层面研究生物网络提供了一个新平台。对代谢网络复杂的拓扑结构的研究,已成为最近几年的热点问题之一。 Zhu和Qin通过网络指数、度分布以及motif表达谱3个拓扑属性,发现古细菌与酿酒酵母以及6种细菌的代谢网络具有不同的图拓扑性质。Wang和Zhu等通过连接度、路径长度以及聚集系数等拓扑属性,分析得知叶绿体和蓝细菌的整个代谢网络具有小世界网络特征。Jeong等统计了分别属于古细菌、细菌和真菌的43个生物体的代谢网络的度分布,发现这些网络的度分布服从幂率分布p(k)～k-r,幂指数r大约为2.2,表明代谢网络属于无标度网络。Ma等分析了80种生物的代谢网络,列出了20种连接度最高的基本代谢物,这些代谢物包括糖酵解途径中的丙酮酸(pyruvate)、3-磷酸甘油(glycerate-3-phosphate)、乙酰辅酶A(acetyl-CoA)、6-磷酸果糖(D-fructose 6-phosphate)等,在不同生物体中这些代谢物控制着整个代谢网络的结构。 产甲烷细菌是一类特殊的生理群,是自然界碳素物质循环中厌氧生物链的最后1个成员,是一类能够将无机或有机化合物发酵转化成甲烷和二氧化碳的古细菌。为了从系统水平上来描述、解释常温古细菌MAC与嗜热古细菌MKA这2种产甲烷菌的功能及特点,本文重构了这2种菌的代谢网络,所有的代谢反应是使用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的Web服务从KEGG数据库中提取,并且所有的通用代谢物(除水外)被保持。本研究将通过常温古细菌MAC和嗜热古细菌MKA的代谢网络的拓扑特征的比较,试图从系统水平上分析这些特征蕴含的功能意义。 2 材料和方法 2.1 不能生长的土壤 常温古细菌MAC和嗜热古细菌MKA是2种产甲烷的古细菌,前者古细菌MAC适合生长温度是35℃～40℃之间,50℃以上不能生长,pH值范围是6.5～7。而后者古细菌MKA是耐高温的菌,需生长在无氧,以及CO2和H2的环境下,且生长温度范围是84℃～110℃,最适合生长温度是98℃,pH值范围是5.5～7,最适的pH值是6.5。本文重构了它们的代谢网络,数据均从KEGG数据库获取。 2.2 网络拓扑属性 大型网络中识别其中的重要节点是1个基本问题,如今有很多度量值(measure)已被用于复杂网络的节点的等级化,通过这些度量值可以定量描述网络在某方面的拓扑性质,从而对复杂网络进行分析和比较。其中最常见的是中心性测度(centrality measures)。中心性测度在药物靶点的识别上有重要应用,基于网络的拓扑可以给出中心性与重要性(essentiality)之间的关系,对于1个物种来说,某一基因或蛋白质的重要性是指没有它,该物种就不能生存。 节点度中心性(degree centrality)是最常用的中心测度,此外常用的节点测度还包括紧密度中心性(closeness centrality)、介数中心性(betweenness centrality)、核数中心性(core centrality)、子图数中心性(subgraph centrality)、偏心度中心性(eccentricity centrality)、特征向量中心性(eigenvector centrality)等。节点的中心测度可衡量节点在网络中的影响能力的大小,通过网络的拓扑属性可了解该对象获得、控制信息及资源的能力。 本文用Networkx分别计算了代谢网络的度、度的中心性、紧密度中心性以及介数中心性等参数值。Networkx是基于Python的软件包,为创建、操作、研究复杂网络的结构特性、动态特征和功能特点而设计的。 2.2.1 eedni 在无向图中,1个顶点ni的度(degree) d(ni)是与ni相连接的边的数目。 其中,L是网络的所有边数。L(ni)是与节点ni相连的邻节点的边的条数。 2.2.2 评估的中心 度的中心性是中心性度量中最基本的1个度量值,可由它来度量网络的重要性。 其中,d(ni)表示节点ni的度,g表示节点的个数。 2.2.3 节点ni与nj 其中,g是网络的节数总数,,i≠j,d(ni,nj)是 节点ni与nj的最短途径。此度量值用于定量描述图中某个节点与所有其它节点的相近似的程度,也就是说重要的节点通常会与网络中的其它节点靠近,并快速通信。 2.2.4 重要节点的定义 介数中心性是网络中经过某一节点的最短路径值的归一化,此度量值用于定量描述节点的影响力,也就是说,如果某一节点与网络中的其它节