高性能计算在基础科学研究中的应用.pdfVIP

PERsPEcTlVEII 科研信息化技术与应用 第2卷第4期 2011年77J 高性能计算在基础科学研究中的应用 王普勇，王涛 上海超级计算中心，上海 201203 基础科学研究是高性能计算最主要的应用领域之一。本文基于上海超级计算 中心在科学计算方面的实践，介绍了高性能计算在计算化学、固体物理和纳 米材料、计算生物学和药物设计、天文物理等几个主要领域方面的应用，并 对其应用特点进行了分析。 高性能计算；基础科学；应用 WangPuyong，W angTao ShanghaiSupercomputerCenter，Shanghai201203，China BasicscientificresearchisoneofthemostimportantapplicationfieldofHigh PerformanceComputing(HPC)；BasedonthepracticesofHPC inShanghai SupercomputerCenter(ssc)，thispaperintroducesapplicationsofHPCindifferently basicscientificresearchfieldssuch ascomputationalchemistry，solidstatephysics andnanomaterials，computationalbiologyanddrug design，andastrophysics，etc-一 Characteristicsoftheseapplicationsarealsoanalyzed． Highperformancecomputing；Basicscientificresearch；Application 14 科研信息化技术与应用 第2卷第4期 2011年7月 _PERSPECTIVE ‘ 盈圆 1．引言 规模的微观系统、越来越长时间的微观过程、越来 越精细的微观现象，从而极大的增强了对 自然的认 理论推导和科学实验长期以来一直是人们研 究 知能力。 和探索 自然 的两大方法，但随着高性能计算技术和 本文基于上海超级计算 中心在科学计算方面 应用 的迅猛发展，计算模拟 已成为科学研究中不可 的实践 ，介绍了高性能计算在计算化学 、固体物 缺少的第三种方法 。高性能计算在基础科学研究、 理和纳米材料 、计算生物 学和药物设计 、天文物 工业工程、公益事业 、国防安全等各个领域的广泛 理等几个主要领域方面 的应用 ，并对其应用特 点 应用 ，解决了一些重大、关键、挑战性 的重要科学 进行 了分析。 和工程 问题，对支撑科技创新、推动经济发展起到 了重要作用 。 2．计算化学应用 近年来，高性能计算的应用需求增长很快 ，其 发展速度远远超出了人们 的预期。据统计 ，高性能 传统的计算化学主要是研究原子和分子尺度的 计算应用需求增长每年翻倍 ，1O年增长1000倍。以 小分子体系的行为和相互作用 。在这个领域里使用 上海超级计算中心为例 ，首 台超级计算机神威I于 的计算理论主要包括HartFee-Fock方法 (HF)、 2O01年 1月投入运行 ，总计算能力为3，840亿次 ， 密度泛 函理论 (DFT)、多体扰动理论 (MBPT)、 共480个CPU，约21月后用满 ；第二 台集群架构超 组态相互作用理论 (CI)和藕合簇理论 (CC)等 。 级计算机曙光4000A于2004年12月投