从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究.pdfVIP

维普资讯 第 35卷 第 11期 西北农林科技大学学报 (自然科学版) Vo1．35 NO．11 2007年 11月 JournalofNorthwestA ＆ FUniversity(Nat．Sci．Ed．) NOV．2007 从绵羊 UniGene数据库中筛选 微卫星标记的初步研究 闫秋 良 ，张英汉 ，李宏滨 ，魏彩虹 ，杜立新 (1西北农林科技大学 动物科技学院，陕西 杨凌 712100；2中国农业科学院 北京畜牧兽医研究所 ，北京 100094) [摘 要] 为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记 ，利用 SSRIT和 SSRFinder软件对绵羊 UniGene数据 库的4081个簇进行搜索，筛选绵羊 EST-SSRs标记。结果表明，从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星 136个，含 有微卫星的序列 121个 ，占整个 EST序列数据库 的3．O ，其 中双碱基重复 47个 ，三碱基重复 54个 ，四碱基重复 3 个 ，五碱基重复 4个 ，六碱基重复 28个 。在这些微卫星序列 中，AC／TG重复在双碱基类型 中最丰富，CTG重复在三 碱基类型中最常见，分别 占双碱基和三碱基微卫星序列总数 的64 和 29％。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引 物 3O对 ，在设计 的3O对 引物 中，2O对引物有扩增产物 ，且条带清晰，其 中有 2对引物在小尾寒羊品种 内呈现多态 。 [关键词] 绵羊；表达序列分析 ；微卫星 ；SSR [中图分类号] $826．2 [文献标识码] A [文章编号] 167l一9387(2007)11-0015一O4 AnalysisofmicrosatellitemarkersfrOm sheepUniGene YAN Qiu一|iang ，ZHANGYing—han ，LIHong—bing ，W EICai—hong ，DU Li—xin (1CollegeofAnimalSciencesandTechnology，NorthwestA F University，Yangling，Shaanxi712100，China； 2InstituteofAnimalSciences，ChineseAcademyofAgriculturalSciences，Beijing100094，China) Abstract：Inthisstudy，SSRsmarkersweredevelopedbybioinpormcoticsmethodsandatotalnumber of4081sheep unigenesequencesweredownloaded．TheseUniGenesequenceswerescreenedforthepres— enceofperfectmicrosatellitesbyusingSSRIT andSSRFindersofttools．A totalnumberof136SSRswere identifiedfrom 121EST sequences．ThefrequencyofEST containingSSR is3．0 ．Thetrinucleotiderepeat motifisthemostabundantSSR ，accountingfor39．71 ，followed by34．56 fordinucleotiderepeats．A— mongthedinucleotiderepeats。AC／TGwasthemostabundantrepeatmotif，accountingfor64 ofalldinu— cleotiderepeats．W hileCTG wasthemostabundanttypeinthetrinucleotiderepeattypes，accountingfor 2