朗德鹅肝脏中miRNA表达分析和靶基因预测.pdfVIP

朗德鹅肝脏中miRNA表达分析及靶基因预测 王来娣，郑云，邵丹，朱振鹏，张宜辉，张蕊，张军，龚道清+ (扬州大学动物科学与技术学院，扬州225009) 引言 miRNA是一类长约20．24个核苷酸的非编码单链RNA分子，它广泛存在于各种 生物体中，主要通过与靶基因3’UTR结合导致转录失稳或翻译抑制发挥作用。其 在细胞增殖、分化、凋亡和肿瘤发生等基本生物过程中起着重要的作用。肝脏是 脂肪酸合成的主要场所，它在动物的脂质代谢过程中发挥了重要的作用。国外关 于人和小鼠的肝脏相关miRNA的研究已取得一定进展。鹅肝填肥技术20世纪八十 年代传入中国，研究表明，填饲可导致鹅肝中脂肪代谢平衡的破坏，使得脂肪在 肝脏中异常沉积，形成肥肝。目前我国鹅肥肝产业已逐步发展为一项新兴产业。 考虑到miRNA的重要作用以及鹅肥肝产业的发展，进行鹅肝中miRNA研究对于系 统识别鹅肝脏中的miRNA以及开展肝脏脂肪代谢研究具有重要意义。 材料方法 供试动物为4只60日龄体重相近的健康朗德鹅公鹅，2只用玉米填饲，2只为对 照组。20天后屠宰后均采集肝脏迅速放入液氮，稍后冻存于．70℃超低温冰箱中。 诺生物科技有限公司利用Illumina澳0序平台进行二代测序分析。对所得序列通过 行靶基因预测。利用DAVID网站对汇总的靶基因进行GO及代谢途径富集分析。 结果 中完全匹配的有134种。参考鸡基因组得至JJ39个预测miRNA，根据本实验室前期所 测得的鹅转录组结果预测得到58个miRNA。由于尚无鹅的基因组信息，我们参考 的相关miRNA的靶基因进行预测，取两两交集去重后共1198个靶基因作为下一步 分析的靶基因集。经GO分析发现靶基因的生物学过程显著富集在9个生物学过程 基因主要涉及泛素介导的蛋白水解通路、Wnt信号通路、TGF．B信号通路、 MAPK信号通路等共6条代谢途径。 讨论 高通量测序技术为我们开展dxRNA的研究提供了一个很好的平台。我们将所 得鹅的序列参考近缘物种鸡miRNA信息共得到鹅miRNA201种，初步构建了鹅 miRNA文库，进一步丰富了miRNA数据的物种范围。肝脏中脂质的合成，转运和 贮存直接受到基因调控的影响，而miRNA对多数基因具有调控作用。因此，我们 根据所得鹅肝脏miRNA进行靶基因预测及相关分析，GO分类结果表明这些靶基 因富集于20个可能与肝脏物质代谢相关的过程中，NPathway分析表明它们主要集 中在6条信号通路，其中Wnt信号通路、TGF．p信号通路等可能与肝脏脂肪代谢具 有较密切的关系，上述结果为后期研究鹅肝脏脂肪miRNA调控机制奠定了基础。 关键词：miRNA，鹅肥肝，靶基因，预测 致谢：本研究由江苏高校优势学科建设工程资助项目，江苏省高校自然科学基金 (11KJB230005)资助。 木通讯作者：龚道清，男(1966一)，博士，教授，家禽遗传育种与营养，yzgon90163．COrn