哮喘患儿外周血单个核细胞全基因组表达谱的差异研究.pdfVIP

· l294 · 中国病理生理杂志 ChineseJournalofPathophysiology 2013，29(7)：1294-1301 [文章编号] 1000-4718(2013)07—1294—08 哮喘患儿外周血单个核细胞全 基 因组表达谱的差异研究 孔 倩， 黄花荣△，吴葆菁，李雯静， 陈 纯 一 (中山大学孙逸仙纪念医院儿科 ，广东 广州510120) [摘 要】 目的：筛选哮喘患儿与对照组儿童外周血的基因表达谱差异，寻找与哮喘防治相关的靶基因。方 法：从5名哮喘患儿和5名对照组儿童外周血单个核细胞中提取总 RNA，利用全基因组表达谱芯片进行检测，选 取经非配对t检验计算所得P≤O．05、同时基因表达变化≥2倍的差异表达基因，以荧光定量 PCR(qRT-PCR)验证 芯片结果。通过生物信息学软件对初步筛选的差异基因进行层次聚类分析和GeneOntology(GO)功能分类分析。 结果：从45033条表达基因谱中筛选出哮喘患儿与对照组儿童差异表达2倍以上且 P≤O．05的已命名基因758 个(含上调基因345个，下调基因413个)，其GO生物学过程功能分类主要涉及免疫反应、对外部刺激的反应、信号 转导及分子功能的负性调节、细胞死亡、凋亡及其调节等。其中有29个基因与哮喘、气道炎症或气道重构有关，且 变化趋势与文献报道一致 (含上调基因14个，下调基因15个)，并可被层次聚类分析划分为9类。qRT-PeR验证 结果与芯片结果一致。结论：用全基因组表达谱芯片可以筛选出哮喘患儿与对照组儿童外周血单个核细胞中的 差异表达基因，进一步的数据挖掘很可能寻找到与哮喘防治相关的靶基因或靶通路。 【关键词】 哮喘；全基因组表达谱芯片；差异基因表达；儿童 [中图分类号] R725．6 [文献标志码] A doi：10．3969／j．issn．1000—4718．2013．07．026 Profilingofdifferentialexpression inasthmaandhealthychildren’Spe— ripheral bloodmononuclearcellsbywhole-genomemicroarray KONGQian，HUANGHua—rong，WUBao-jing，LIWen-jing，CHENChun (DepartmentofPediatrics，SunYat—senMemorialHospital，SunYat—senUniverstiy，Guangzhou510120，China．E-mail： hhrvivi@21cn．com) [ABSTRACT] AIM_．Tocomparethedifferencesofwhole-genomeexpressioninperipheralbloodmononuclear cells(PBMC)betweenasthmachildrenandhealthycontrols．METHODS：Thesubjectswere5easesofashtmachildren nad5casesofhealthycontro1．TotalRNAWasextractedfromPBMCandsubjectedtomicroarraynaalysiswithNimbleGen humna geneexpressionarray．Unpaired￡一testalgorithm Was usedtoscreenthedifferentiallyexpressedgeneswhenP≤0．05 nadfoldchnage≥2．Real-timequnatitativePCR(qRT-PCR)Was performedtoverifyhtemieroarrayresults．Classifiea- ti