江淮流域鸭种分子生物地理演化过程分析.pdfVIP

2007中国禽业发展大会 江淮流域鸭种分子生物地理演化过程分析 汤青萍1 李慧芳1 张汤杰2常洪2陈宽维1张晶鑫2徐文娟1 (1．中国农业科学院家禽研究所，扬州225003； 2．扬州大学动物科学与技术学院，225009) 家鸭(山“phtyrhynchos 河鸭属。我国的水禽饲养历史悠久，至少从西周开始就饲养鸭了，至明清时期，我国养鸭最多的是长江 中下游流域以及珠江流域和四JIf成都平原。同时我国也是水禽资源遗传多样性最丰富的国家，其中鸭 地方品种27个，这些家鸭品种是人们为使鸭更快“进化”培育出的符合人类需要的群体，其卵用和肉用 生产力都较高。另一方面物种的遗传多样性的分布格局还同自然地理环境条件、社会经济条件以及生 态特点等有密切关系，江淮流域湖塘星罗棋布，土地肥沃，气候温暖湿润，雨量充沛，也培育了江淮流域 鸭种高度的生产力。 布格局的历史原因和演化过程的一门学科。由于动物体内的线粒体蜊A(rrnDNA)具有母系遗传、变异速 率快、拷贝数目多的特点，常将其作为研究物种系统进化的首选。近年来，线粒体DNA(mtDNA)作为分子 标记及群体遗传学等方法和原理的运用，使得分子系统发育生物地理学可以进一步从种内水平上分析 种群地理格局的形成过程，分化历史，探讨种群现有分布格局的形成原因。我国有丰富的水禽资源，但 这方面的研究工作还比较薄弱，本研究采用线粒体D—loop区序列来分析我国江淮流域不同地理9个家 鸭品种之间的关系，研究家鸭的生物地理学过程，并探讨其品种的分化。 一材料与方法 1样品的采集和DNA提取 我们于2004年选取长江中下游流域和淮河流域的9个地方品种鸭，共采集106份血样，一20。C冰箱 保存。采集地的具体地理位置和样本数见表1。我们按照相对较大的地理位置将总共106个样本分为 三个大的地理单元，即长江南(攸县麻鸭)、长江北(沔阳麻鸭、荆江麻鸭和恩施麻鸭)和东线(高邮鸭、巢 湖鸭、淮南麻鸭、文登黑鸭和微山麻鸭)。 表1本研究使用的鸭样本 280@中国毒牧业协会禽业分会 征文选萃 2DNA扩增和序列测定 组合，分别为L78GTIATIIGGTrATC,CATATCGTC．；HT／4 别表示轻链和重链，其后面的数字代表引物3’端在鸡线粒体DNA全序列中的位置。该片断位于鸭线粒 PRISM 10mln,4。C保存。采用柱式胶回收试剂盒回收PCR产物，回收产物在ABI3730测序仪上进行测 序。 3数据处理 测序结果通过C,hlD㈣软件读取，并对测序结果的每条结果进行人工逐碱基读取和反复核对，以确 Arms 保准确无误。DNAman6．0．40软件对所有样本序列排列同源序列，并且与C．enBank platyrhynchos属 线粒体DNA 数模型应用最大拟然法构建单元型系统发生树，系统发生时，以美洲黑鸭为外群。单倍型的歧点分布 (Mismatch distribution)分析以及中性检验用ARLEQUIN3．01完成。 二结果与分析 整合在核基因组中的线粒体假基因专指线粒体起源并失去功能的核序列，在使用通用引物扩增时 可能会从总DNA模板中优先扩增出来线粒体假基因，这不仅增加研究工作的难度，有时甚至会给动物系 统发育和群体遗传研究带来负面影响， 导致得出错误的结论。动物线粒体假基 因(Numts)一般小于600bp，本实验未用 通用引物进行扩增，测序结果图也未观 察到多峰现象。综合分析表明，本实验 投有动物线粒体假基因的干扰。 l江淮流域鸭线粒体DNA单倍型度 其在种群中的分布 本研究对江淮流域9个家鸭品种的 106只样本的线