基于高分辨率熔解曲线技术快速筛选黄瓜SNP_1.pdfVIP

分子植物育种，2011年，第9卷，第5期，第642—647页 MolecularPlantBreeding，2011，Vo1．9，No．5，642—647 技术主题 UpgradedFeature 基于高分辨率熔解曲线技术快速筛选黄瓜 SNP 兰青阔 。张桂华 王永 赵新 朱珠 孙玉河z 郭永泽 程奕 1天津市农业科学院中心实验室，天津，300381；2天津科润农业科技股份有限公司黄瓜研究所，天津，300192 通讯作者，wyzl2007@yahoo．com．cn 摘 要 为筛选用以黄瓜纯度检验和品种鉴定的SNP位点，以l7个黄瓜杂交品种及其 34份亲本为SNP 筛选群体，利用高分辨率熔解曲线(highresolutionmelting，HRM)技术筛选SNP位点。本研究通过HRM 分析 和焦磷酸测序确认，获得CLA0(TT／一)、CLA1(C／T)~I]CLA6(A／G)~个SNP位点，群体中多态信息量(PIC)分 别为 0．549、0．366和 0．477；并对市售 l2个杂交黄瓜种分型鉴定，结果表明，三个 SNP位点适用于其 中 11个 市售品种的纯度鉴定，具备用于品种鉴定的潜能。 关键词 黄瓜，SNP标记，高分辨率熔解 曲线 DiscoveryofSingleNucleotidePolymorphism inCucumberBasedonHigh ResolutionMeltingAnalysis LanQingkuo ZhangGuihua WangYong ZhaoXin Zhuzhu SunYuhe GuoYongze Cheng Yi 1CentralLabofTianjinAgricultureAcademySciences，Tianjin，300381；2TianjinKemelCucumberResearchInstituteofTianjinAgricultureAcade- myofScience，Tianjin，300192 Correspondingauthor,wyzl2007@yhaoo．com．cu D0I：10．3969／mpb．009．000642 Abstract InordertoexploreSNPsitesforcucumberpuritytestandcultivaridentification，highresolutionmelting (HRM)wasusedtoscreeningSNPsitefromthegroupincluding17cucumberhybridandtheirparentslines．By HRManalysisandPyrosequencingconfirmation，wegotthreeSNPsites，namedCLAO(TT／一)，CLA1(C／T)and CLA6(A／G)，whosepolymorphisminformation(PIC)were0．549，O．366andO．477respectively．AndthethreeSNP sitesaresuitedtopuriyt testfor91．7％ofthe12commercialcucumberhybridcultivarsandhavethepotentiality ofrcultivaridentification． Keywords Cucumber，Singlenucleotidepolymorphism (SNP)，Highresolutionmelting(HRM) 蔬菜种子纯度和真实性是种子质量的重要指标， 并结合 SNP标记和焦磷酸测序技术用于甜瓜品种鉴 其鉴定方法有 田间形态试验、同工酶标记、RAPD、 定；Jung等(2010)3I]用AlleleSpecificPCR(AS．PCR) SSR(李丽和郑晓鹰，2009)等技术，但在操作性、稳定 方法从 conservedorthologsetlI(coslI1markers中 性、多态性等方面不能满足 目前的需要。单核苷酸多 筛选出40个辣椒 SNP位点，能完全鉴定 17个甜椒 态~(singlenucleotidepolymorphism，st,w)，是指在基 品种，能区分81个辣椒品种中的79个。 因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列 高分辨率熔解曲线(highresolutionmelting，HRM) 多态性，主要有密度高、遗传稳定性好、具有代表性、 技术是近年来在传统突变检测方法的基础上发展起 分析易自动化等特性，已成为继 SSR之