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MC1R基因编码区系统发育分析和正选择位点检测 　　摘要： 黑素皮质素受体1（melanocortin 1 receptor，MC1R）基因在黑色素细胞的表达上发挥重要作用，并与皮肤色素沉积密切相关。MC1R基因的选择压力分析对识别重要的功能位点具有深远影响。为研究不同动物MC1R基因在进化过程中是否受到正选择作用，基于位点模型对MC1R基因进行研究。结果表明，动物MC1R基因主要经历中性漂变和纯化选择作用，并且发现MC1R基因受到正选择作用的是编码29、191、253、304氨基酸的位点。本研究从分子进化的角度为MC1R基因调控黑色素的形成提供了一个新的思路。 　　关键词： MC1R；分子进化；亲缘关系；系统发育；正选择 　　中图分类号： Q756 文献标志码： A 文章编号：1002-1302（2016）03-0044-04 　　黑素皮质素受体1（melanocortin 1 receptor，MC1R）基因，也称为促黑素细胞激素受体（MSHR）基因，该基因只有1个编码区，由扩展位点（extension locus，E）编码，是控制动物黑色素合成的一个重要基因。哺乳动物的MC1R一般由310个氨基酸组成，有7个跨膜结构域，是G蛋白耦合受体-黑素皮质素受体（melanocortin receptor，MCRs）的家族成员之一[1]，该基因在黑色素细胞的表达上发挥重要作用，并与皮肤色素沉积密切相关。MC1R与α-促黑素（α-melanocyte stimulating hormone，α-MSH）和肾上腺皮质激素（ACTH）结合，增强了腺苷酸环化酶的活性，使环腺苷酸水平提高，进而提高酪氨酸激酶（TYR）表达，从而形成黑色素[2]。它们之间的结合使动物毛色或羽色的调控得以正常进行。目前，已知一些MC1R基因变异引起腺苷酸环化酶活化能力不同，并且与小鼠、牛、马、狐狸、家鸡等动物中的皮毛差异有关[3-4]。许多哺乳动物有着同源特征的MC1R基因已被描述，而对于鸟类来讲，MC1R基因色素性状的调控机理与哺乳动物相同[5]，因此MC1R基因通过控制真黑色素的数量来控制哺乳动物毛色及鸟类羽色，某些动物疾病的发生也与MC1R基因有关[6]。 　　正选择（positive selection）也称为达尔文选择（Darwinian selection），是指将具有提高个体适合度的有利突变的等位基因在某个群体中固定下来的选择作用，从而适应不同的生存环境[7]。对正选择的研究能更好地理解生物物种的进化过程。从基因水平上来检测适应性进化，这既有利于揭示生物的进化史，同时加深对该基因的结构和功能变异的理解[8]。 　　随着对MC1R基因的进一步深入研究，全面检测MCIR基因位点将对动物品种多样性的保护和利用提供依据。对MC1R基因的研究已经数年，传统研究大多集中在MC1R基因的结构、生物学功能和作用机理，往往忽略对其结构、功能和作用机理起决定作用的基因序列的研究。在这些序列中蕴藏着大量的生物信息，对今后MC1R基因的深入研究提供重要依据和参考。本研究对21种动物MC1R基因编码区进行分子进化分析，以期明确该基因在动物演化过程中是否发生了正选择作用，从而更加深入了解MC1R基因。 　　1 材料与方法 　　1.1 序列数据 　　本研究利用已有的MC1R基因序列数据进行研究，所有的数据来源于NCBI网站（http：///）GenBank数据库，下载20种哺乳动物45条MC1R基因的编码区（963 bp），再加上1条原鸡（AY220303.1 Gallus gallus）序列作为外群，总共21个物种46条MC1R基因序列（表1）。 　　1.2 方法 　　1.2.1 序列分析 利用Clustal W 2.1软件对MC1R基因的蛋白序列进行联配，再通过Pal2nal[9]在线工具生成密码子多序列比对，生成序列文件。使用Bioedit 7.0软件[10]对序列进行编辑并分别保存成FASTA格式和PHY格式的文件。用MEGA 6.0软件[11]将比对序列转化成NEXUS格式用于贝叶斯算法来构建系统发育树。利用DAMBE软件[12]进行碱基替代饱和度检验（test of substitution saturation），以确定序列是否适合建树，若建树所用的序列没有达到饱和，则可以建树并进行系统发育分析，若达到饱和则无建树的必要。通过该软件将比对后序列转化成PAML格式用于选择压力分析。 　　1.2.2 系统发育树的构建 通过PAUP4.0[13]和Modeltest3.7[14]计算出符合该序列的核苷酸最佳替换模型。基于赤池信息量准则（Akailke Information Criterion，AIC）选出的模型为TIM3+I+G，其参数结果用