全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的dna甲基化遗传标记法医学专业论文.docxVIP

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全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的dna甲基化遗传标记法医学专业论文

河北医科大学 河北医科大学 学位论文使用授权及知识产权归属承诺 本学位论文在导师(或指导小组)的指导下,由本人独立完成。 本学位论文研究所获得的研究成果,其知识产权归河北医科大学所 有。河北医科大学有权对本学位论文进行交流、公开和使用。凡发表 与学位论文主要内容相关的论文,第一署名为单位河北医科大学,试 验材料、原始数据、申报的专利等知识产权均归河北医科大学所有。 否则,承担相应法律责任。 , 一 警篙一孽冀 研究生签名:揣情新签章弘也级学院领导粹蘸蓬|i;| b.olg年≥月;o日 河北医科大学研究生学位论文独创性声明 本论文是在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果,除了 文中特别加以标注和致谢等内容外,文中不包含其他人已经发表或撰 写的研究成果,指导教师对此进行了审定。本论文由本人独立撰写, 文责自负。 研究生签名:杜情情 翩摊和衫 沏心年弓月;o日 万方数据 目 目 录 IIIII I I 11 11 1 lUl II III Y2785430 中文摘要 1 英文摘要 4 英文缩写 8 研究论文全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记 前言日Ⅱ茜 ... 9 材料与方法 ..10 结果 ..15 附图 ..19 附表 一 27 讨论 ..37 结{念 ..41 参考文献 ..41 综述DNA羟甲基化研究进展 .46 致谢 ..56 个人简历 ..57 万方数据 中文摘要全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记 中文摘要 全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记 摘 要 目的:同卵双生个体(monozygotic twin,MZT)的鉴别在法医DNA 分型领域仍是一个未解难题,当一些案件确定MZT为犯罪嫌疑人或被控 父时,尚无科学可行的DNA检验手段将其有效甄别,不能为案件的侦破 提供有价值的证据线索,是当前法医物证学领域亟待解决的难题。尽管目 前有些研究发现,MZT之间也存在基因序列的差异。比如拷贝数变异 (copy number variation,CNV)的差异、SNP差异或DYZl基因差异,但 是这种差异在表型一致的MZT之间很罕见,在MZT之间寻找这样的基 因序列差异如同大海捞针。而另一种遗传标记DNA甲基化也许能够提供 更多的差异信息用于MZT的区分。目前已有大量研究表明无论表型存在 差异的MZT,如肥胖症、精神疾病或癌症的差异,还是表型一致的MZT, 二者之间都存在基因组范围或基因特异的甲基化差异,为DNA甲基化用 于区分MZT个体提供了有利的理论依据。本研究拟应用甲基化免疫共沉 淀(methylated DNA immunopreci.pitation,MeDIP)测序技术,检测4对 不同年龄的表型一致的MZT个体全基因组甲基化谱,从全基因组水平筛 选出4对MZT共有的甲基化差异区域,作为区分MZT个体的候选序列。 方法:按照知情同意原则,采集了4对同卵双生予外周血样本,每位 受试者均签署知情同意书并填写了相应的调查问卷。应用QIAamp DNA Blood kit(Qiagen)提取血液样本的全基因组DNA。双生子的一致性通过 19个STR位点进行检验。基因组DNA采用MeDIP测序技术分析全基因 组甲基化谱。应用Off-Line Basecaller software(OLB V1.8)进行图像分析和 测序峰图的读取。经过Solexa CHASTITY质量筛选器的筛选后,用 BOWIE软件(V2.1.O)将reads与人类基因组(UCSC HGl9)进行比对, 可唯一比对的序列信息用于后续标准信息分析及个性化分析。MeDIP score用每干碱基含有的reads数作表示,小于8.3 1 reads/kb者定义为未甲 基化,大于374.44 reads/kb者定义为完全甲基化,二者之间为部分甲基化。 结果: l全基因组甲基化状态分布 万方数据 中文摘要1.1 中文摘要 1.1 CpG岛(CGI)区域甲基化状态 在27841个CGI区域,8个样本的部分甲基化、完全甲基化及未甲基化 的区域数分别为1 1324-18050、4189—5474及5164~l 1336,分别占总区域 数的40.67%~64.83%、15.05%~19.66%及18.55%-40.72%。可见CGI区域完 全甲基化状态所占比例最低,大多处于部分甲基化或未甲基化状态。其中 启动子区CGI完全甲基化所占比例最低,仅为1%~2%左右,未甲基化所占 比例最高,达30%,-,60%,反映启动子区CGI甲基化程度较低;而基因内 CGI完全甲基化所占比例达35%-45%左右,甲基化程度较高;基因间区 CGI甲基

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