生物信息学课程教学大纲.docVIP

生物信息学课程教学大纲 课程编号课程名称：生物信息学/Bioinformatics 学时：32学时(理论32，实验0) 学分：2.0学分 适用专业：农学　　　　　　　　　 开课学期：5 开课部门：生命科学与资源环境学院 先修课程：普通生物学、生物化学、微生物学 考核要求：考查 使用教材及主要参考书： 教材： 吴祖建主编，《生物信息学分析实践》，科学出版社，2010年 参考书： 1、陈铭主编，《生物信息学》（第二版），2016年 2、刘娟主编，《生物信息学》，高等教育出版社，2014年 3、许忠能主编，《生物信息学》，清华大学出版社，2008 4、Westhead et al.,Bioinformatics，科学出版社，2003； 5、Pevzner，Computational Molecular Biology, MIT Press，2000； 6、Durbin et al.,Biological Sequence Analysis,清华大学出版社，2002 一、课程的性质和任务 生物信息学是应用信息科学研究生物体系和生物过程中信息的存贮、信息的内涵和信息的传递，研究和分析生物体细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程的中各种生物信息，或者说是生命科学中的信息科学。生物信息学是数学、统计、计算机与生命科学的交叉新兴学科,它广泛地渗透到生物学的各个研究领域中，更是生物工程研究中不可缺少的重要工具。随着人类基因组计划的快速发展，生物信息学技术在功能性基因的发现与识别、基因与蛋白质的表达与功能研究方面都发挥着关键的作用。本课程从生物信息学的基本理论和技术出发，结合该学科应用研究的教授，使学生能扎实掌握生物信息学的基本理论、国内外研究的前沿进展以及如何为经济建设和社会发展服务等内容。 二、教学目的与要求 本课程使学生了解生物信息学的基础知识，生物信息数据库的使用，生物信息工具的应用，熟悉生物信息学学科的发展和现状，熟悉几种主要数据库的内容、注释、检索，掌握常用数据库搜索工具的使用方法，了解上述方法在实际研究中的应用（包括基因序列信息分析、基因预测、分子进化及系统发育树和蛋白质结构预测等重要问题）。 三、学时分配 章节 课程内容 学时 1 生物信息学简介 2 2 生物信息学的生物学基础 2 3 数据库检索 4 4 引物设计及测序结果分析 4 5 核酸序列分析 6 6 蛋白质序列分析 4 7 分子进化与系统发育分析 6 8 RNA序列分析 4 合计 32 四、教学中应注意的问题 1．尽量采用多媒体课件和网络教学平台等现代化教学手段辅助教学，丰富教学内容，提高学生学习兴趣、帮助学生理解，提高教学质量。教学过程中采用大量的图片，FLASH动画以及电影的形式提高教学效果。 2．课堂教学与学生的课后复习、讨论及专题讲座相接合，并注意教学过程中与学生的互动，随时了解学生对教学的意见和要求，不断改进教学方法和教学手段。 五、教学内容 第一章：生物信息学简介 1．基本内容 生物信息学的兴起和发展背景，生物信息学的概念、主要内容、研究意义和学科特点，以及当前生物信息学所面临的巨大挑战等。 2．教学基本要求 了解该学科与生物学、计算机技术与数学基础等学科之间的关系，掌握生物信息学的概念、研究内容、任务和发展过程。讲授生物信息学的研究内容和进展以及与其他学科的关系。 3．教学重点难点 重点：生物信息学的定义、基本概念及其发展现状；生物信息学研究的基本内容、基本原理与生物学基础；计算机在生物学研究中的应用。 难点：信息的内涵；生物大分子序列和结构的信息功能；生物信息学的交叉学科和大科学特点。 4．教学建议 课程大部分内容的讲授需要采用多媒体课件进行教学，并实时演示相关软件操作和网络数据库检索流程等课程的重点内容。 第二章：生物信息学的生物学基础 1．基本内容 细胞；蛋白质的结构和功能；遗传信息的载体；分子生物学中心法则；.基因组；基因表达调控；.基因工程初步认识 2．教学基本要求 理解和掌握生物学研究的层次、分子生物学基础、了解人类基因组计划的具体含义，掌握生物信息学的生物学基础知识。系统讲授生物学研究的层次、分子生物学基础、人类基因组计划等方面的知识和研究进展。 3．教学重点难点 重点：蛋白质、DNA结构；中心法则；核酸的组成；DNA 复制、转录和RNA 转译；基因表达的调控机理；简要学习基因组结构、基因工程等有关内容。 难点：基因组结构、基因表达调控机制 4．教学建议 把这些知识与生物信息学内容密切联系，从生物信息学角度灵活学习基础生物学知识 第三章：数据库检索 1．基本内容 DNA、RNA与蛋白质序列数据库；蛋白质结构数据库、蛋白质分类数据库CATH与SCOP；基因与蛋白质表达数据库；蛋白质相互作用数据库；其他数据库 2