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古细菌代谢网络的模块化研究 1 网络结构的研究 随着大规模分子相互作用数据的不断涌现，生物群落越来越受到重视。作为目前众多生化网络中研究最为广泛的一种,代谢网络受到众多研究者们的关注。代谢网络是生物体真实代谢系统的抽象,由代谢物和催化这些代谢物发生转化的酶所组成的。自2000年Jeong等在Nature上发表利用复杂网络理论研究代谢网络的结构组成的论文以来,许多学者引用该文献并对代谢网络的拓扑结构进行了深入的研究。这些研究不仅提供了代谢网络的结构组成信息,而且提出了生物体代谢网络的演化过程和生命进化的猜想。研究代谢网络不仅能帮助人们认识代谢系统的发展演化和物种的系统发育过程,也直接或间接指导着细胞代谢功能的分析和药物靶标的选择。 网络的模块化是指模块内的边连接密集,而模块之间的边连接稀疏的网络拓扑结构性质。人们发现,许多真实世界的网络,包括社会网络、技术网络、以及生物学网络都能很自然地划分为社团或模块。大多数社会网络具有“社团结构”(community structure),即网络的顶点可划分子集合,使得同一集合内的顶点间连接稠密,而不同集合之间的顶点连接稀疏。类似地,在生物学系统中,细胞以一种模块化方式执行其功能,同时人们发现生物学模块与生物学网络中稠密连接的子网络相对应。模块化应所使所得模块内部连接尽可能地多,而模块间的连接尽可能地少。 文献利用Newman的社团结构发现方法,研究了古细菌代谢网络的模块性与生长条件的关系,说明古细菌中网络的模块性和栖息地变化之间没有关系,而与生长条件、营养要求、最佳生长温度有关。文献也利用了Newman的算法,研究了细菌代谢网络的环境变化与模块化的关系,根据它们的自然栖息地变化程度将117个细菌进行分类,发现环境变化大的生物体的代谢网络呈现出比生存条件稳定的生物体网络更大的模块化。侯静等使用马尔可夫聚类算法和模块退火算法对叶绿体和蓝细菌的代谢网络进行了聚类,挖掘了其保守的功能模块,并对其网络结构进行了比较分析。赵静,陶林等从网络拓扑结构的角度分析了75个物种的全基因组代谢网络,提出了展开蝴蝶结模型,通过对蝴蝶结的强连通体部分的可逆性参数和主核的研究,发现其呈模块化,而随机网络不具有模块化的特征.王卓等通过叶绿体和蓝藻的代谢网络的研究,发现它们之间存在保守模块,且叶绿体与其祖先蓝藻的拓扑结构与功能之间非常相似。王正华等综述了代谢网络宏观结构特征所蕴含的生物学意义,以及拓扑特征所揭示的网络演化过程和网络稳健性信息。 产甲烷菌是水生古细菌门中一类可将无机或有机化合物经厌氧发酵转化成甲烷和二氧化碳的严格厌氧的原核微生物,是有机物甲烷化作用中食物链的最后一组成员,其独特的厌氧代谢机制使其在自然界物质循环中起着重要作用。本文通过重构产甲烷的常温古细菌M.acetivorans和嗜热古细菌M.kandleri的代谢网络,首先对2个网络的拓扑结构进行了比较,从全局上对这2个物种的代谢网络进行比较。然后对其代谢网络进行模块化分析,找出网络中的Hub模块,从而从系统水平上来研究这2个代谢网络之间的差异,并分析这2个生物体的功能模块。 2 材料和方法 2.1 具有生长温度和ph值 节点就是一个古细菌M.acetivorans与古细菌M.kandleri是2种产甲烷的古细菌,其中M.acetivorans是甲烷八叠菌属,属常温菌,适合生长温度是35至40摄氏度之间,50℃以上不能生长,p H值范围是6.5-7。而M.kandleri是甲烷嗜热菌属,是从海底火山口分离到的,以氢为电子供体营化能自养生活的超高温菌,其生长温度是84℃~110℃之间,最适合生长的温度是98摄氏度,p H值范围是5.5至7,最适合的p H值是6.5。本文根据KEGG数据库中的数据,重构了它们关于酶的代谢网络。 2.2 代谢网络的构建 采用酶为节点的图(enzyme-centric graph)来表示代谢网络,其中节点代表酶,边代表通过化合物建立的酶之间的关联。若酶E1催化了一个反应,产生产物C和D,而C和D又是酶E2催化的反应的底物,那么存在一条有向边,从E1指向E2。 2.3 计算嵌入参数的参数 (1) 邻节点内边数目的确定 无向图中,一个顶点ni的度D(ni)是与ni相连接的边的数目。 其中,L是网络的所有边数。L(ni)是与节点ni相连的邻节点的边的条数。平均度即是网络中所有节点的度的平均值。 (2) 平均路径长度averpathlength 平均路径长度是连接任何2个点之间最短路径的平均长度,是测量网络整体性质的一种测度。 (3) 直径还要 网络的直径即网络中的所有的最短路径中的最大值。 (4) 近邻之间的联系越紧密。请看 聚集系数反映该顶点的一级近邻之间的集团性质,近邻之间联系越紧密,该顶点的聚集系数越高。 其中,ni表示节点