糖尿病肝脏基因表达谱代谢学分析.pdfVIP

现代生物医学进展 www．biomed．net．ca ProgressinModernBiomedicine 2009 Vo1．9 No．19 · 基 础 研 究 · 糖尿病肝脏基因表达谱代谢学分析球 赵晓龙 王宣春 鹿 斌 杨叶红 胡仁明 (复旦大学附属华山医院内分泌科 上海200040) 摘要 目的：gg讨糖尿病患者肝脏与正常对照肝脏基因表达谱的变化，并进行代谢通路生物信息学分析。方法：应用Affymetrix的 HumanGenomeU133Aarray芯片检测糖尿病肝脏组织(n=2)和正常对照肝脏组织(n=2)的基因表达谱变化，通过DAVID分析平台 对芯片监测到的表达上调的基因进行KEGG通路分析 ，并用RT．PCR验证部分基因的表达情况。结果：以比值大于2或小于 ．2 为准，共有492条基因明显上调，820条基因明显下调；在差异表达明显的前20位基因中，涉及氧化应激、免疫炎症反应和脂代 谢。KEGG代谢通路分析显示：该差异表达基因谱符合2型糖尿病的发病机制 ，其差异表达明显基因的代谢通路涉及胰岛素信号 通路、脂代谢、补体和凝血系统、糖代谢、粘附功能和细胞因子和受体的相互作用，RT-PCR证实差异表达明显基因SOD2mRNA 和CRPmRNA确实表达明显上调。结论：糖尿病肝脏与正常肝脏组织基因表达谱的变化在代谢通路上主要表现为在糖、脂代谢和 胰岛素信号通路、补体和凝血系统等的改变，肝脏在糖尿病发病机制中的作用可能与其参与糖脂代谢和胰岛素的作用异常有关。 关键词 ：糖尿病；基因芯片；KEGG；代谢通路分析 中图分类号 ：R587．1，R587．4 文献标识码：A 文章编号：1673．6273(2009)19．3601．04 M etabolicpathwayanalysisongeneprofilingofdiabeticliver木 ZHA0Xiao-long,WANGXuan-chIln,LUBin,YANG Ye-hong,HURen-ming (DeparnnentofEndocrinology,HuashanHospital,FudanUniversity,Shanghai200040) ABSTRACTObjective：Toinvestigategeneprofileindiabeticlivertissueandperform metabolicpathwayanalysisamong significantlyincreasedordecreased expression gene．M ethods：OLigonucleotidearraywasutilizedtoscreenthedefferenceofgene expressioninbothdiabeticliverandnormallivertissue．KEGG meatbolicpahtwaywasperfomr edamongsignificantlyincreasedor decreasedgene．RT—PCRwasperformedtoassessthemRNA levelofhtegene．Results：Comparewiht htematchednomr altissue，492 geneswasupregulatedna d820geneswasdownregulatedinthediabeticliver．Amonghtefirst20differencegene．theyareinvolvedin oxidativestress，immuneandinflammationresponseandlipidmeatbolism．KEGGmeatbolicpahtwaynaalysisshowedhtatgeneprofileof diabeticliverwasinaccordancewithpathwaychna geintype2diabetes．Signfieantlydifferencegenewasinvolvedinhtemeatbolic pahtwaysuchasinsulinsingalingpathway，complementnadcoagulationcascades，fructosenadmannose，adherensjunction，pen