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基于高基元ssr构建山西地区蒿属植物的分子身份证 水稻是水稻科的一种常见植物。它起源于中国北方黄河，种植历超过10、300年。这是最古老的栽培和驯化植物之一。 1 材料和方法 1.1 材料生态区分布 试验材料共130份黍稷资源,来自4个生态栽培区的9个省/自治区,包括黄土高原春夏糜子区92份(山西83份、宁夏3份、河北1份、甘肃2份、青海1份和陕西2份)、北方春糜子区33份(山西22份、陕西2份、内蒙古4份、甘肃4份和宁夏1份)、华北夏糜子区3份(河南1份、河北2份)和东北春糜子区2份(内蒙古1份和辽宁1份),材料生态区分布见表1,详细来源见附表1。 1.2 方法 1.2.1 提取的dna 剪取三叶期黍稷叶片,采用改良CTAB法 1.2.2 引用试剂筛选 用6份黍稷资源(分别来源于山西、陕西、内蒙古、宁夏、甘肃和河北)(表2)筛选王瑞云等 1.3 计算当是法定的债权 根据电泳结果,读取条带。同一位置有扩增条带的记为1,否则记为0。用软件Power Marker 3.25、Pop Gen 1.32、MEGA 5.0和Ntsys 2.11分别计算遗传多样性参数、构建聚类图和进行主成分分析 2 结果与分析 2.1 多态性标记检测 用35个SSR (表3)扩增地理来源差异较大的6份黍稷资源(表2)发现,除5个标记(RYW2、RYW4、RYW32、RYW34和RYW36)外,其余30个标记扩增条带清晰、多态性较高,其中标记RYW37的电泳结果见图1。 2.2 shrenon多样性指数n,n 用30标记扩增全部试验材料,遗传参数结果见表4。130份材料在30个位点共检测出90个观测等位变异,平均每个位点检出3个;有效等位变异(Na)为2.3186 (RYW26)～2.9982(RYW3),平均为2.7607;Shannon多样性指数(I)为0.9158 (RYW26)～1.0983(RYW3),平均为1.0472;观测杂合度(Ho)为0.5000(RYW28)～0.8678 (RYW43),平均为0.7168;期望观测杂合度(He)为0.5710 (RYW26)～0.6691 (RYW3),平均为0.6686;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.5687(RYW26)～0.6665 (RYW3),平均为0.6360;多态性信息含量(PIC)为0.5151 (RYW50)～0.7898 (RYW30),平均为0.6966。根据Botstein 2.3 资源的类别分布 基于UPGMA对黍稷材料进行聚类分析(图2)表明,130份资源分为3个类群,类群I共19份,类群II共57份,类群III共54份。就山西材料而言,地方品种和育成品种分别划归类群I和III,农家种在3个类群中均有分布。 2.4 资源类别组成 对供试材料进行PCA分析(图3)发现,前3个主成分PC1、PC2和PC3分别解释总变异的7.8%、4.5%和3.8%,总变异16.1%。130份资源划分为4个类群(G1～G4),G1有92份,来自黄土高原春夏糜子区;G2有33份,来自北方春糜子区;G3有3份,来自华北夏糜子区;G4有2份,来自东北春糜子区。PCA聚类结果与资源的地理来源一致。 2.5 不同生态区的材料编码分子身份证编码 利用ID Analysis 4.0软件剔除与其他引物相似系数过高的3个SSR (RYW23、RYW49和RYW51),进一步筛选其余27个标记,发现17个标记(RYW35、RYW40、RYW37、RYW18、RYW30、RYW16、RYW20、RYW19、RYW8、RYW5、RYW3、RYW7、RYW1、RYW14、RYW9、RYW6和RYW10)组合可区分全部材料。用上述17于标记构建黍稷材料的字符串DNA分子身份证。以材料1为例,其字符串DNA分子身份证为01111010110101011,表示在上述标记顺序下材料显示条带为:RYW35无、RYW40有、RYW37有,依次类推,到引物RYW10有。将上述字符串DNA分子身份证导入在线条形码生成器,获得条形码DNA分子身份证。黄土高原春夏糜子区材料的条形码DNA分子身份证见图4-A,其他生态区的见附图1-A。将各供试材料的基本信息和字符串DNA分子身份证录入在线二维码生成框得到二维码DNA分子身份证,黄土高原春夏糜子区材料的二维码DNA分子身份证见图4-B,其他生态区的见附图1-B。 3 讨论 3.1 不同生态区对接保元素资源多样性分析 黍稷是古老的粟类作物,遗传变异丰富。以往研究表明国内外不同生态区黍稷资源的遗传多样性指数分别为0.8599和0.8415;多态性信息含量分别为0.4573和0.4279 3.2 荧光毛细管电泳法 目前SSR标记的检测方法有聚丙烯酰胺凝胶电泳(Polyacrylamide