基于荧光定量pcr分析的氨氧化细菌和氨氧化古菌的垂直分布.docxVIP

基于荧光定量pcr分析的氨氧化细菌和氨氧化古菌的垂直分布 硝化作用是原生动物参与的重要因素。硝化作用的过程也在农业、环境保护、生物技术等领域得到广泛应用。硝化作用主要包括2个过程, 因而硝化微生物也相应的包括两大类:一类是将氨氧化成亚硝酸盐的微生物, 即氨氧化微生物 (ammonia-oxidizing microorganisms, AOM) ;另一类是将亚硝酸盐氧化成硝酸盐的微生物, 即亚硝酸盐氧化菌 (nitrite oxidizing bacteria, NOB) 。其中由氨氧化微生物催化完成的氨氧化阶段是硝化作用的限速阶段［１～３］, 因此, 氨氧化微生物在全球氮循环中的作用尤为重要。在之前的100多年内, 氨氧化细菌 (ammonia-oxidizing bacteria AOB) 一直被认为是进行氨氧化的唯一微生物, 但最近从环境中检测到的泉古菌amo基因［４，５］说明氨氧化古菌 (am-monia-oxidizing archaea AOA) 可能也参与了环境中的氨氧化作用。Kue56ennek等［６］从热带海洋水族箱中的岩石基质分离到第一株氨氧化古菌 (AOA) (nitrosopumilis maritimus) , 最近, Torre等［７］从热泉沉积物中分离培养得到一株嗜热氨氧化古菌 (candidatus nitrosocaldus yellowstonii) , Hatzen-pichler等［８］从热泉中分离到一株中等嗜热氨氧化古菌 (candidatus nitrososphaera gargensis) 。这些已经培养的氨氧化古菌 (AOA) 具有将氨氧化成亚硝酸盐、固定无机碳的能力, 且在有机碳存在条件下, 其生长受到抑制［９］。 在不同的环境中, 氨氧化细菌 (AOB) 和氨氧化古菌 (AOA) 的数量比不一样。在一些土壤、河口沉积物、热泉沉积物以及海洋水生态环境中, AOA amoA基因的数量高于AOB amoA基因的数量, 甚至没有检测到AOB的amoA基因［１０～１４］。这可能是由于这些环境中, 氨浓度较低, 或者环境条件比较极端造成的, 因为相对于AOB来说, AOA能适应氨浓度较低的环境, 对酸碱度和温度的适应范围也较宽［９］。但是, 在一些环境样品中也发现细菌amoA基因的数量高于古菌amoA基因的数量, 如在浮游水生植物的根际, AOB的数量是AOA的10 倍左右［１５］;Santoro等［１６］发现, 在土壤含水土层的好氧盐水部分, AOB的数量是AOA的30 多倍。在氨浓度较高的环境, 或者非极端的环境中, 环境条件能够同时满足AOB和AOA的生长, 由于菌种差异, AOB的生长速率可能高于AOA, 从而造成这些环境中AOB的数量多于AOA, Herrmann等［１７］在模拟的河流环境中, 也确实发现了AOB较于AOA表现出更好的生长能力。 Wuchter等［１８］研究发现在海洋水体中, 亚硝酸盐 (NO２－) 和硝酸盐 (NO３－) 的含量与AOA的数量成正相关的关系, 这说明海洋环境中的氨氧化过程可能主要是由AOA参与完成的。然而在陆地环境中的情况却是相反的。很多研究发现土壤中的硝化作用速率是与AOB的数量成正比, 而与AOA之间的关系并不明显［１９，２０］。这说明不同的环境中, 参与氨氧化过程的主要微生物并不一样, 而且, 同一环境中, 随着环境条件的改变, 参与完成氨氧化过程的主要微生物也可能发生改变［２１］。 由于AOA和AOB生长慢, 代时长, 很多类群无法培养, 采用传统的分离培养方法难以对其进行研究, 然而, 氨氧化细菌 (AOB) 具有较近的系统发育关系, 因此特别适合采用PCR的方法分析他们的群落结构和多样性［２２］。amo基因是微生物氨氧化过程中必须的基因, 在氨氧化细菌 (AOB) 和氨氧化古菌 (AOA) 进行氨氧化的过程中, amo基因编码的氨单加氧酶 (ammonia monooxygenase amo) 能够催化氨 (NH３) 转化为羟胺 (NH２OH) , 进而由细胞色素c催化, 将羟胺转化为亚硝酸盐。因此, amoA基因常用于对氨氧化微生物进行定量的目的基因［２３］。 氨氧化作用对淡水湖泊、尤其是富营养湖泊中氮元素的循环具有重要意义。淡水湖泊沉积物中AOA和AOB数量分布和群落结构是认识氮形态转化和富营养化过程的重要方面。向燕等［２４］对沉积物中AOA和AOB群落结构进行了研究, 但进一步的数量分布研究能进一步的认识硝化作用的空间变化规律。通过分子生物学的方法, 研究AOA和AOB在贵阳百花湖 (N26°39′E106°31′) 沉积物中的垂直分布, 目的在于定量地认识AOA和AOB在淡水沉积物中的空间变化规律以及它们之间的丰度比例关