基于孕妇外周血浆游离DNA的介绍.pptxVIP

基于孕妇外周血浆游离DNA的介绍生物信息部 欧阳国军2017.12.10目录ContentsPart 1 NIPT概述Part 2 胎儿非整倍体检测原理Part 3 生物信息学在NIPT中的运用Part 4 质量控制NIPT概述检测目的:检测胎儿染色体异常操作流程：抽取外周血 上机测序 生物信息NIPT特点：无创 安全近似于产前诊断准确性无法显示图像。计算机可能没有足够的内存以打开该图像，也可能是该图像已损坏。请重新启动计算机，然后重新打开该文件。如果仍然显示红色“x” ，则可能需要删除该 图像，然后重新将其插入。NIPT概述NIPT，简称无创产前筛查，其检测基础是建立在孕妇外周血中存在胎儿 游离DNA的科学发现基础上（Luo et al. 1997）。NIPT概述在失血性贫血胎儿中发现 有胎儿红细胞进入母体血 液循环Chown, J.et al.(1954)母亲血液中检测到胎儿的淋巴细胞Walknowska,J.et.al,(1969)研究利用胎儿细胞做无创产前检测 1989母亲血液中存在胎儿DNA序 列 Simpson, J.L..(1994)孕妇血液中存在胞外DNAKzakov,V.(1995)孕妇血浆与血清中存 在胎儿DNA Lo.Y.M.et al.(1997)通过测序从母亲血液中无创检测胎儿 染色体异倍性Fan HC et al.(2008)NIPT概述胎儿自身DNA可进入母体的外周血(1997年香港人 Luo Dennis 在牛津大 学发现）cfDNA来源：胎儿细胞通过胎盘渗透到母血中，被母体免 疫系统破坏，胎儿DNA残留下来；胎儿细胞凋亡；胎盘滋养层细胞的凋亡Properties of cell free DNASize: 150-200 bpConcentration: 2-5ng/mLHalf life: (0.5-2 hrs)常见染色体非整倍体名称病因发病率唐氏综合征（T21）21-三体1/600-1/800爱德华氏综合征（T18）18-三体1/3500-1/7000帕陶氏综合征（T13）13-三体1/7000-1/20000特纳氏综合征XO1/2500-1/5000（♀）克氏综合症XXY1/500-1/1000（♂）超雄综合征XYY1/1000（♂）超雌综合征XXX1/1000（♀）NIPT概述孕龄 (岁)唐氏综合征发 生率低于30岁1/1000301/900351/400361/300371/230381/180391/135401/106421/60441/35461/20481/16491/12影响唐氏综合症发病因素：物理、化学、生物、社会因素都可能引发染色体异常女性最佳生育年龄是25～29岁，在医学 上将预产期时年龄超过35岁的孕妇称为高龄 孕妇。因此受孕成功后，高龄女性一定要做 好定期产前检查。NIPT的优势方法侵入性孕周技术特点产前筛查孕妇外周血生化筛查非侵入性11-13+614-20+650-60%检出率5%假阳性率40-50%漏诊*62-80%检出率超声颈部透明带非侵入性11-13+65-10%假阳性率，技术要求高产前诊断绒毛取样侵入性10-13+61-5%流产率羊水穿刺侵入性16-210.5-1%流产率脐静脉血穿刺侵入性20-281-2流产率在产前筛查和产前诊断之间缺少一个技术补充，它要具 有产前诊断的高准确性，同时又具有安全、简便、无创 的特点基因水平NIPT概述对于目标疾病有高检出率和低假阳性率筛查孕周范围大临床所需信息少，取材便捷，流程较简单，质量控制相对容易技术有后续的发展空间解决产前诊断技术力量不足的问题NIPT概述NIPT检测T13、T18及T21灵敏度及假阳性率国内、国际研究成果显示：NIPT检测T13、T18及T21有极高的检出率与准 确度目录ContentsPart 1 NIPT概述Part 2 胎儿非整倍体检测原理Part 3 生物信息学在NIPT中的运用Part 4 质量控制胎儿非整倍体检测原理cfDNA ≠ NIPT技术胎儿游离DNA的发现是NIPT技术发展的理论基础胎儿非整倍体检测原理孕妇血浆中~13% 的 DNA片段 来源 于胎儿 ( )~87% 来源于母亲 ( )胎儿非整倍体检测原理主流NIPT检测手段大规模平行测序（massively parallel sequencing，MPS)，基于Unique sequencing tags；达瑞生物目标区域捕获测序（targeted massively parallel sequencing ，t-MPS），直接捕获待测染色体序列，比第 一种方式便宜，测序深度高，只能测定特定染色体；差异SNPs位点分析，该方法基于SNPs对母体和胎儿DNA量的贡献比例。甲基化位点分析（Epigenetic-based