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第 PAGE \* Arabic 1 页/ 共 NUMPAGES \* Arabic 3 页 《生物信息学》课程教学大纲 一、课程基本情况 课程编号：133F04E 学分：1 周学时：2 总学时：34 开课学期：4.1 开课学院：海洋学院 英文名称：Bioinformatics 适用专业：水产，资环 课程类别：专业选修课 课程修读条件：遗传学和分子生物学等。网络课程地址: 课程负责人： 所属基层学术组织：水产 二、课程简介 生物信息学是生命科学领域和信息科学领域的应用型交叉学科。本课程的主要目的是使学生掌握利用因特网上的各种数据库和分析工具解释生命活动现象的基本理论和方法。 三、教学目标 1． 以关键词为基础的数据检索的方法和基本原理； 2． 以核酸和氨基酸序列为基础的数据检索分析的方法和基本原理； 3． 核酸和氨基酸序列分析、结构预测和功能分析的方法和基本原理。 四、教学内容及学时分配 第一章 生物信息学学科的发展和研究内容（2学时） 1. 生物信息学学科发展简况 2. 生物信息学研究内容 3. 本课程主要内容 第二章 生物数据库（6学时） 本章重点难点：各种数据库包含数据的种类。 1. 核苷酸数据库 2. 蛋白质数据库 3. 结构数据库 4. 酶和代谢数据库 5. 文献数据库 6. 向数据库提交、修改核苷酸和蛋白质序列 第三章 关键词或词组为基础的数据库检索（4学时） 本章重点难点：以关键词为基础的数据检索的基本方法和原理。 1. 基本概念 2. Entrez检索方法 3. SRS检索方法 4. DBGET检索方法 第四章 核酸和蛋白质序列为基础的数据库检索（8学时） 本章重点难点：核酸和氨基酸序列功能分析的基本方法和原理。 1. 基本概念 2. BLAST检索分析方法 3. FASTA检索分析方法 第五章 多序列对位排列分析和系谱分析（4学时） 本章重点难点：多序列分析的基本方法。 1. 多序列分析方法 2. 系谱分析方法 第六章 基因预测和基因结构分析（4学时） 本章重点难点：基因预测和基因结构分析的基本方法。 1. 基本原理 2. 分析方法 第七章 蛋白质性质和结构分析（4学时） 本章重点难点：蛋白质化学性质和结构分析的基本方法。 1. 根据已知蛋白质结构确定未知蛋白质结构 2. 蛋白质一级结构分析 3. 蛋白质二级结构分析 4. 蛋白质三级结构分析 5. 蛋白质的跨膜区段分析 6. 保守结构域的分析 第八章 农业类数据库的利用（4学时） 本章重点难点：各种农业类数据库包含数据的种类和检索方法。 1. 植物基因组数据库 2. 动物基因组数据库 3. 其它物种基因组数据库 第九章 核酸序列的其他分析方法（4学时） 本章重点难点：限制性内切酶的消化位点的分析方法和DNA序列染色体定位的分析方法。 1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成 2. 序列变换 3. 分析限制性内切酶的消化（酶切）位点 4. 设计PCR引物 5. DNA序列格式修饰 6. 在染色体上定位DNA序列 五、考核及成绩评定方式（请明确说明教学过程考核方式和期末考核方式，各项考核成绩占课程总成绩的比例，原则上平时成绩比重不低于50%。） 序号 考核方式 成绩比重（%） 1 平时成绩（作业+出勤+课堂回答问题） 60 2 期末成绩（小论文） 40 合计 六、教材及参考书目： 类别 教材名称 编者 出版社 出版时间 教材 生物信息学 周艳红王石平 高等教育出版社 2007 生物信息学，（中文版） 钟扬等译 高等教育出版社 2003 参考书 Bioinformatics: Sequence and Genome analysis. David W. Mount. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press 2001. 生物信息学方法与实践 张成岗贺福初 科学出版社 2002