乳腺癌中TACC3mRNA的表达水平及其基因富集分析.docVIP

乳腺癌中TACC3mRNA的表达水平及其基因富集分析 目录 TOC \o 1-9 \h \z \u 目录 1 正文 1 文1：乳腺癌中TACC3mRNA的表达水平及其基因富集分析 1 1、材料与方法 2 2、结果 3 3、讨论 5 文2：乳腺癌中ezrin的表达及临床意义 6 1 资料和方法 7 2 结 果 8 3 讨 论 9 参考文摘引言： 11 原创性声明（模板） 12 文章致谢（模板） 12 正文 乳腺癌中TACC3mRNA的表达水平及其基因富集分析 文1：乳腺癌中TACC3mRNA的表达水平及其基因富集分析 乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤，是女性肿瘤患者中发病率最高的肿瘤之一，乳腺癌的发病目前已呈年轻化趋势，已经成为危害女性健康头号杀手[1]。在常规手术、化疗等治疗后如果出现复发或者转移，乳腺癌患者的预后往往不良，特别是乳腺癌的治疗进入分子分型的时代，三阴性乳腺癌在早期已经出现转移并且对化疗耐药，死亡风险明显高于其他类型的乳腺癌患者[2]，严重威胁着女性的生命。因此寻找一种敏感性高的指标对乳腺癌的诊疗具有重要意义。 转录相关酸性卷曲蛋白3是TACC家族的重要成员，作为一种非机动微管相关蛋白定位于细胞中心体，对有丝分裂纺锤体的稳定性有重要的意义[3，4]。多个研究发现，TACC3的mRNA在多种癌组织中表达高于癌旁组织或者正常组织，并且高表达TACC3的癌症患者预后较低表达的癌症患者预后差[5，6，7，8]。而TACC3在乳腺癌的研究中发现，TACC3在乳腺癌组织中呈高表达[9]。最新研究发现，TACC3可作为乳腺癌独立的预后因素[10]。近年的基础研究发现TACC3能促进癌细胞增值及癌细胞迁移，与癌症的发展具有密切的关系[7，8，11]。然而关于TACC3是否能够调控相关基因而影响乳腺癌的发生发展报道较少。因此，本研究利用美国国立生物技术信息中心的基因表达汇编公共数据集，探讨TACC3的mRNA水平在乳腺癌中的表达和临床价值，探寻TACC3参与乳腺癌发生发展可能的作用机制。 1、材料与方法 数据收集 在NCBI上的GEO(http：./geo/）公共数据库中下载与乳腺癌相关的GSE42568的基因表达谱数据seriesmatrix数据文件。GSE42568[12]总共有121例样本数据集，其中104例癌组织与17例正常组织。数据集中以探针信号强度反映基因的相对表达量，且数据集中附带有数据相应的临床信息及预后资料。 临床相关性研究 运用R语言将GSE42568表达谱数据进行归一化处理，其中以探针名代表的基因表达量转化为以基因名表示每个基因。GSE42568表达谱数据中附带的临床资料包括数据中每一个乳腺癌患者的年龄、肿瘤分级、淋巴结状态、雌激素受体状态、T分期等临床信息，以及总生存时间等生存分析数据，可进一步进行临床数据相关分析及生存分析。结合目前较常用表达谱数据单基因分析方法，104例乳腺癌样本以TACC3mRNA的表达水平进行高低排序，取中位值将其分为52例TACC3mRNA高表达组和52例TACC3mRNA低表达组，并分析两组的乳腺癌患者的生存时间是否有差异。 基因富集分析（GSEA) 在GSEA网站下载GSEA2-(JAVA版本），将GSE42568数据集导入GSEA软件。参照基因集由GSEA网站MsigDB数据库中提供与生物信号传导相关的基因集，按照defaultweightedenrichmentstatustic的方法，每次分析重复1000次。在GSEA结果中，ES(enrichmentscore）表示GSEA基因富集评分，NES(normalizedenrichmentscore）表示归一化后的基因富集评分，FDR(falsediscoveryrates）是多重假设检验矫正后的P值，GSEA采用NES的绝对值|NES|≥、P及FDR对结果进行过滤。 作图及统计学处理 ，运用t检验分析TACC3mRNA在乳腺癌与正常组织中表达的差异；运用χ2检验分析104例乳腺癌临床资料与TACC3mRNA表达量有无差异；生存分析采用Kaplan-Meier法Log-rank检验，上述统计学方法P认为差异具有统计学意义；在GSEA中，P以及的基因集作为显著基因集结果。 2、结果 在乳腺癌中的表达 GSE42568包含104乳腺癌组织和17例正常组织的表达谱数据，TACC3的mRNA水平在癌组织的表达（中位值）显著高于正常组织（中位值），差异具有统计学意义（t=-，P=，见图1） 图1TACC3在乳腺癌组织及正常组织中的表达 与乳腺癌的临床资料的关系 在GSE42568中，TACC3mRNA与乳腺癌患者的年龄、病理分级、淋巴结转移状态、雌激素受体状态