牛病毒性腹泻病毒Erns多表位蛋白设计验证研究分析.docVIP

牛病毒性腹泻病毒Erns多表位蛋白设计验证研究分析 目录 TOC \o 1-9 \h \z \u 目录 1 正文 1 文1：牛病毒性腹泻病毒Erns多表位蛋白设计验证研究分析 1 1、材料与方法 2 2、结果 5 3、讨论 8 文2：羊感染牛病毒性腹泻病毒的诊治 10 1 发病情况 10 2 临床症状 11 3 病理剖检 11 4 实验室诊断 11 5 治疗措施 11 6 讨论 12 参考文摘引言： 12 原创性声明（模板） 14 文章致谢（模板） 14 正文 牛病毒性腹泻病毒Erns多表位蛋白设计验证研究分析 文1：牛病毒性腹泻病毒Erns多表位蛋白设计验证研究分析 牛病毒性腹泻病毒（Bovineviraldiarrheavirus，BVDV）是牛的重要病原体，主要引起牛病毒性腹泻，口腔及鼻腔黏膜溃烂、坏死，给全球的养殖业造成了巨大的经济损失[1]。BVDV具有高传染性，能够感染各个年龄阶段牛只、任何规模的牛群[2]，一旦BVDV被引入一个地区的牛群中，往往会继续流行，单个牛群的感染状态可以迅速改变。在2年～3年内，它可以从主动感染变为免疫，然后再变为易感状态[3]。然而，对于整个牛群而言，持续性感染(PI)牛才是病毒传播的主要来源，因为它们在环境中持续排出大量病毒[4]，所以检测发现PI牛至关重要。BVDV属于黄病毒科瘟病毒属，为单股正链RNA病毒[5]，病毒蛋白以NH2-Npro-Er-E1-E2-p7-2-3-4A-4B-5A-5B-COOH的顺序编码[6]。在这些编码的蛋白中，结构蛋白Er和E2，以及非结构蛋白3都是最具免疫原性的蛋白质，常被应用于设计ELISA检测牛血清中的特异性抗体[7，8] Er蛋白是一种高度糖基化的蛋白质，主要以同型二聚体的形式存在，机体可以产生针对Er的特异性中和抗体[9]，而且Er蛋白具有RNase活性，能够降解单链和双链RNA，该功能在限制宿主对双链RNA的先天免疫应答中起重要作用，可以作为病毒感染的指标[6]。Er蛋白含有BVDV的主要抗原表位，可以诱导保护性免疫应答，其基因序列是高度保守的，可以作为BVDV基因工程疫苗和免疫诊断的合适候选抗原[10]。在不同分离株中Er蛋白具有遗传和抗原保守性，Er也可以作为鉴定PI动物的有用标记[11，12]。完整Er蛋白常作为诊断抗原用来检测BVDV抗体[13]，然而关于如何筛选出有效的Er多表位蛋白却少有报道。本研究使用生物信息学方法分析Er蛋白理化参数，预测分析其二级和三级结构，使用4种在线预测软件预测其B细胞表位，2种预测软件预测其T细胞表位，并根据获得的结果筛选优势表位的，通过密码子优化确保其在大肠埃希菌中高效表达，最后进行蛋白的纯化和Westernblot验证，为Er多表位蛋白在诊断和疫苗方面的研究奠定基础。 1、材料与方法 序列来源 从NCBIGenBank数据库()获得FASTA格式的牛病毒性腹泻病毒Er蛋白氨基酸序列。 物理化学参数预测 用ExpasyProtParam在线服务器(http:protparam/)获得Er蛋白的物理化学参数，包括分子质量(ku)、理论等电点(pI)、消光系数、不稳定系数、体外和体内半衰期估计、平均疏水性(GRAVY)和脂肪族指数。 Er蛋白的磷酸化和酰基化位点预测 使用服务器(http:.dkervices/NetPhos/)和CSS-PalmOnlineService服务器(http:online)分析Er蛋白的磷酸化和酰基化位点。 跨膜结构域和亚细胞定位预测 通过TMHMMServer在线服务器(http:.dkervices//)分析Er蛋白的的跨膜结构，利用PSORTII预测其亚细胞定位(http: Er蛋白二级结构和二硫键位置预测 使用SOPMA在线服务器预测Er蛋白二级结构(http:npsa-/cgi-binpsa_?page=)，并使用DiNNNA在线服务(http:-clotelab/DiANNA/)预测其二硫键位置。 Er蛋白B细胞表位预测 使用4种预测软件分析Er蛋白的B细胞线性表位，包括ImmunomedicineGroup:Tools(http:.es/Tools/)，ABCpredPredictio(http:raghava/abcpred/ABC_)，IDEBBepipredLinearEpitopePrediction2(http:bcell/)和SVMTriP(http:VMTriP/)。在BCPRED服务器上设置预测长度为20，特异性默认为75%，在ABCpred上，设置预测长度为16，阈值为。。在SMVTriP上设预测长度为20。 Er蛋白T细胞表位预测 用IEDB(h